2013年12月30日月曜日

Repbase Reports 13(12)

今年のRepbase Reports第12号が出版されました。この号では、シーラカンスLatimeria chalumnaeの転移因子を報告しています。
Repbase Reports Volume 13, Issue 12

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され、配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

2013年12月27日金曜日

Repbase Reports 13(11)

今年のRepbase Reports第11号が出版されました。この号でも引き続き、紅藻のヤハズツノマタChondrus crispusの転移因子を報告しています。
Repbase Reports Volume 13, Issue 11

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され、配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

2013年12月26日木曜日

Repbase Reports 13(10)

今年のRepbase Reports第10号が出版されました。この号では、紅藻のヤハズツノマタChondrus crispusの転移因子を報告しています。
Repbase Reports Volume 13, Issue 10

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され、配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

2013年10月23日水曜日

Repbase Reports 13(9)

今年のRepbase Reports第9号が出版されました。この号では、ニシキガメChrysemys picta、ヨウスコウアリゲーターAlligator sinensis、オウシュウトウヒPicea abiesの転移因子を報告しています。
Repbase Reports Volume 13, Issue 9

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され、配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

2013年10月22日火曜日

Repbase Reports 13(8)

今年のRepbase Reports第8号が出版されました。この号でも、ニシキガメChrysemys pictaの転移因子を報告しています。
Repbase Reports Volume 13, Issue 8

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され、配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

2013年10月21日月曜日

Keystone Symposia 2014

Flyerが来ていたので紹介。
Keystone Symposia 2014 "Mobile Genetic Elements and Genome Evolution" が2014年3月9日から14日までNew Mexico州Santa Feで開催されます。

Keystone Symposia 2014 "Mobile Genetic Elements and Genome Evolution"

2013年8月28日水曜日

生物系フリーソフトウェアインストール

私用で使っているMacBook Airが故障し、OSを再インストールした後、アプリケーションを再インストールしました。ちなみにOSはMacOSX 10.7.5 (Lion)。

以下は備忘録代わりのフリーソフトのリスト。

FigTree v.1.4.0
系統樹のビューワー。加工しやすいので重宝している。今回落としたのは、MacOSX executable version。

Mendeley Desktop v.1.9.2
文献管理ソフト。Web上に保存しておけるのは無料版では2GBまでなので以下のToGoDoc Clientと併用している。やがてはEndNoteを代替できるのか期待しているが…

ToGoDocClient v.1.2.5
同じく文献管理ソフト。iPapersが壊れたときに昔のファイルを移行したのでMendeleyと並行して使っている。

Skype v.6.8.0
ウェブ電話ソフト。電話会議やビデオ会議で必要。

DropBox v.2.0.26
クラウド。複数のコンピュータで仕事のファイルを見るために使用。

mi v.2.1.12r3
エディタ。改行なしの表示のためには、TextEditでは代用できないので。改行コード変換にも利用。


Evernote v.5.2.1(App Storeよりダウンロード&インストール)
なんでも記録ソフト。たまに生物系の論文のニュースなどをクリップする。

2013年8月5日月曜日

ヤガ2種の染色体地図

妻が北海道大学で働いていたときの研究成果がInsect Biochem Mol Biolに発表されました。

FISH identification of Helicoverpa armigera and Mamestra brassicae chromosomes by BAC and fosmid probes
Sahara K, Yoshido A, Shibata F, Fujikawa-Kojima N, Okabe T, Tanaka-Okuyama M, Yasukochi Y.
Insect Biochem Mol Biol. 2013 Apr 28;43(8):644-653. doi: 10.1016/j.ibmb.2013.04.003. [Epub ahead of print]
PMID: 23628856 [PubMed - as supplied by publisher]


鱗翅目昆虫2種オオタバコガHelicoverpa armigeraとヨトウガMamestra brassicae(どちらもヤガの仲間)の染色体をBAC-FISHにより同定した論文。

2013年8月1日木曜日

その他の気になった論文まとめ

Dynamic blastomere behaviour reflects human embryo ploidy by the four-cell stage
Chavez SL, Loewke KE, Han J, Moussavi F, Colls P, Munne S, Behr B, Reijo Pera RA.
Nat Commun. 2012 Dec 4;3:1251. doi: 10.1038/ncomms2249.
PMID: 23212380 [PubMed - in process] Free PMC Article
ヒトの初期胚での染色体異数性と細胞分裂のパラメーターが相関していることを示した論文。

Light-induced electron transfer and ATP synthesis in a carotene synthesizing insect
Valmalette JC, Dombrovsky A, Brat P, Mertz C, Capovilla M, Robichon A.
Sci Rep. 2012;2:579. Epub 2012 Aug 16.
PMID: 22900140 [PubMed - in process] Free PMC Article
カロテノイド合成系の遺伝子がアブラムシのゲノムにコードされている。このカロテノイドはアブラムシの体内で光エネルギーを酸化還元のエネルギーに変換している可能性があるという、ちょっと怪しげだが興味深い論文。

The impact of free-ranging domestic cats on wildlife of the United States
Loss SR, Will T, Marra PP.
Nat Commun. 2013 Jan 29;4:1396. doi: 10.1038/ncomms2380.
PMID: 23360987 [PubMed - in process]
イエネコが野生生物に甚大な被害を与えていることを米国での研究で明らかにした研究。そのほとんどは野良猫によるもの。

Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency
Memczak S, Jens M, Elefsinioti A, Torti F, Krueger J, Rybak A, Maier L, Mackowiak SD, Gregersen LH, Munschauer M, Loewer A, Ziebold U, Landthaler M, Kocks C, le Noble F, Rajewsky N.
Nature. 2013 Mar 21;495(7441):333-8. doi: 10.1038/nature11928. Epub 2013 Feb 27.
PMID: 23446348 [PubMed - indexed for MEDLINE]

Natural RNA circles function as efficient microRNA sponges
Hansen TB, Jensen TI, Clausen BH, Bramsen JB, Finsen B, Damgaard CK, Kjems J.
Nature. 2013 Mar 21;495(7441):384-8. doi: 10.1038/nature11993. Epub 2013 Feb 27.
PMID: 23446346 [PubMed - indexed for MEDLINE]

上記2本の論文では、環状RNAにmiRNA活性を制御することで遺伝子の発現をコントロールする機能が見つかったことを報告している。

2013年7月29日月曜日

その他の利己的遺伝子関係論文まとめ

Diversity of bacterial type II toxin–antitoxin systems: a comprehensive search and functional analysis of novel families
Leplae R, Geeraerts D, Hallez R, Guglielmini J, Drèze P, Van Melderen L.
Nucleic Acids Res. 2011 Jul;39(13):5513-25. Epub 2011 Mar 21.
PMID: 21422074 [PubMed - indexed for MEDLINE] Free PMC Article
Type II toxin–antitoxin (TA) systemをバイオインフォマティクスで探索した論文。TA systemはプラスミドだけでなく、染色体の安定した伝播にも寄与しているらしい。

The Repertoire of ICE in Prokaryotes Underscores the Unity, Diversity, and Ubiquity of Conjugation OPEN ACCESS
Guglielmini J, Quintais L, Garcillán-Barcia MP, de la Cruz F, Rocha EP.
PLoS Genet. 2011 Aug;7(8):e1002222. Epub 2011 Aug 18.
原核生物の利己的遺伝因子、integrative conjugative elements (ICE)の総論。ICEは接合を媒介し、ゲノムに挿入されるタイプの利己的遺伝因子。

Non-specific protein–DNA interactions control I-CreI target binding and cleavage
Molina R, Redondo P, Stella S, Marenchino M, D'Abramo M, Gervasio FL, Charles Epinat J, Valton J, Grizot S, Duchateau P, Prieto J, Montoya G.
Nucleic Acids Res. 2012 Aug 1;40(14):6936-45. Epub 2012 Apr 11.
PMID: 22495931 [PubMed - in process] Free PMC Article
Homing endonucleaseの1種I-CreIのDNA認識の機構を解析した論文。

Transposable Elements, Epigenetics, and Genome Evolution
Fedoroff NV.
Science. 2012 Nov 9;338(6108):758-67. No abstract available.
PMID: 23145453 [PubMed - indexed for MEDLINE] Free Article
転移因子の概説記事。

Transposon integration enhances expression of stress response genes
Feng G, Leem YE, Levin HL.
Nucleic Acids Res. 2013 Jan;41(2):775-89. doi: 10.1093/nar/gks1185. Epub 2012 Nov 27.
PMID: 23193295 [PubMed - in process] Free PMC Article
Tf1はストレス応答性の遺伝子のプロモータ領域に挿入する傾向がある。Tf1の挿入はこれらの遺伝子の転写を抑制しない。Tf1のエンハンサー活性は熱により活性化され、熱応答性遺伝子の熱への応答を強める働きをも持つ。

2013年7月26日金曜日

転移因子・利己的遺伝因子の応用の論文まとめ

Structure-guided reprogramming of serine recombinase DNA sequence specificity.
Gaj T, Mercer AC, Gersbach CA, Gordley RM, Barbas CF 3rd.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2011 Jan 11;108(2):498-503. Epub 2010 Dec 27.
セリンリコンビナーゼの仲間invertase GinとTn3 resolvaseの標的配列を、人工進化系を使って変える事に成功した論文。

Retargeting transposon insertions by the adeno-associated virus Rep protein.
Ammar I, Gogol-Döring A, Miskey C, Chen W, Cathomen T, Izsvák Z, Ivics Z.
Nucleic Acids Res. 2012 Aug;40(14):6693-712. doi: 10.1093/nar/gks317. Epub 2012 Apr 19.
PMID: 22523082 [PubMed - indexed for MEDLINE] Free PMC Article
アデノ随伴ウイルスのRepタンパク質を使って転移因子の挿入位置をある程度集中させることに成功した論文。

Chimeric piggyBac transposases for genomic targeting in human cells
Owens JB, Urschitz J, Stoytchev I, Dang NC, Stoytcheva Z, Belcaid M, Maragathavally KJ, Coates CJ, Segal DJ, Moisyadi S.
Nucleic Acids Res. 2012 Aug 1;40(14):6978-91. Epub 2012 Apr 9.
PMID: 22492708 [PubMed - in process] Free PMC Article
Gal4 DNA binding domainとpiggyBacの転移酵素を融合する事で4つに1つが標的のUASサイトに挿入されるようになった事を示す論文。

Chimeric TALE recombinases with programmable DNA sequence specificity
Mercer AC, Gaj T, Fuller RP, Barbas CF 3rd.
Nucleic Acids Res. 2012 Nov 1;40(21):11163-72. doi: 10.1093/nar/gks875. Epub 2012 Sep 26.
PMID: 23019222 [PubMed - in process] Free PMC Article
Xanthomonasのtranscription activator-like effector (TALE)のDNA結合ドメインをDNA invertase Ginにつないで、配列特異的な組換え酵素を作成した論文。zinc finger proteinを用いた系と相補される事が期待される。

Genomic deletion induced by Tol2 transposon excision in zebrafish
Huang P, Xu L, Liang W, Tam CI, Zhang Y, Qi F, Zhu Z, Lin S, Zhang B.
Nucleic Acids Res. 2013 Jan;41(2):e36. doi: 10.1093/nar/gks1035. Epub 2012 Nov 9.
PMID: 23143102 [PubMed - in process] Free PMC Article
Tol2挿入後に転移酵素のmRNAを導入する事で切り出しを誘発し、その結果を解析した論文。不正確に切り出されるTol2の性質がもしかしたら新しい応用につながるかも?という示唆あり。

2013年7月24日水曜日

CRISPR-Cas systemの論文まとめ(2)

Bacteriophage genes that inactivate the CRISPR/Cas bacterial immune system
Bondy-Denomy J, Pawluk A, Maxwell KL, Davidson AR.
Nature. 2013 Jan 17;493(7432):429-32. doi: 10.1038/nature11723. Epub 2012 Dec 16.
PMID: 23242138 [PubMed - in process]
CRISPR-Cas systemを不活化する遺伝子。あるとは思っていたけれど、見つかると新鮮です。

A bacteriophage encodes its own CRISPR/Cas adaptive response to evade host innate immunity
Seed KD, Lazinski DW, Calderwood SB, Camilli A.
Nature. 2013 Feb 28;494(7438):489-91. doi: 10.1038/nature11927.
PMID: 23446421 [PubMed - indexed for MEDLINE]
こちらはbacteriophageにコードされたCRISPR-Cas systemの報告。外来因子を不活化するchromosomal islandの働きを抑える働きを持つ。

Solution properties of the archaeal CRISPR DNA repeat-binding homeodomain protein Cbp2
Kenchappa CS, Heidarsson PO, Kragelund BB, Garrett RA, Poulsen FM.
Nucleic Acids Res. 2013 Mar 1;41(5):3424-35. doi: 10.1093/nar/gks1465. Epub 2013 Jan 15.
PMID: 23325851 [PubMed - in process] Free PMC Article
NMRでCbp2がどのようにCRISPR DNAと結合するか調べた論文。


Comparative genomics of defense systems in archaea and bacteria
Makarova KS, Wolf YI, Koonin EV.
Nucleic Acids Res. 2013 Apr;41(8):4360-77. doi: 10.1093/nar/gkt157. Epub 2013 Mar 6. Review.
PMID: 23470997 [PubMed - indexed for MEDLINE] Free PMC Article
制限修飾酵素系、毒ー解毒剤システム、CRISPR-Cas systemなどの防御に働く遺伝子系の分布を調べた論文。

CRISPR-Cas and restriction–modification systems are compatible and increase phage resistance
Dupuis MÈ, Villion M, Magadán AH, Moineau S.
Nat Commun. 2013 Jul 2;4:2087. doi: 10.1038/ncomms3087.
PMID: 23820428 [PubMed - in process]
CRISPR-Cas systemと制限修飾酵素系の両方が働くと効率よくファージを排除できることを示した論文。

2013年7月23日火曜日

Repbase Reports 13(7)

今年のRepbase Reports第7号が出版されました。今号では、ニシキガメChrysemys pictaの転移因子および反復配列を報告しています。
Repbase Reports Volume 13, Issue 7

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され、配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

2013年7月22日月曜日

転移因子の家畜化関係の論文まとめ

The Human THAP9 Gene Encodes an Active P-Element DNA Transposase
Majumdar S, Singh A, Rio DC.
Science. 2013 Jan 25;339(6118):446-8. doi: 10.1126/science.1231789.
PMID: 23349291 [PubMed - in process]
ヒトのTHAP9遺伝子が転移能力のあるP element型の転移酵素をコードしていることを示した論文。P elementは哺乳類では全く分布していないので、どこから来たのか、そしてどういう機能を持っているのか不思議です。

Crystal structure of Prp8 reveals active site cavity of the spliceosome
Galej WP, Oubridge C, Newman AJ, Nagai K.
Nature. 2013 Jan 31;493(7434):638-43. doi: 10.1038/nature11843. Epub 2013 Jan 23.
PMID: 23354046 [PubMed - in process]
スプライシングにおいて中心的な役割を持つタンパク質Prp8はgroup II intronのmaturase由来のタンパク質であることを配列解析から示唆されていましたが、それを結晶構造からも証明した論文。逆転写酵素ドメインの後ろ側のPDDExK(type II restriction endonuclease-like)ドメインはどこから来たのでしょうか?

Turning gold into ‘junk’: transposable elements utilize central proteins of cellular networks
Abrusán G, Szilágyi A, Zhang Y, Papp B.
Nucleic Acids Res. 2013 Mar 1;41(5):3190-200. doi: 10.1093/nar/gkt011. Epub 2013 Jan 21.
PMID: 23341038 [PubMed - in process] Free PMC Article
転移因子が宿主の遺伝子断片を取り込む場合を出芽酵母とショウジョウバエで解析した論文。ネットワークの中心的な遺伝子が取り込まれる傾向があるらしい。

The Oxytricha trifallax Macronuclear Genome: A Complex Eukaryotic Genome with 16,000 Tiny Chromosomes
Estienne C. Swart, John R. Bracht, Vincent Magrini, Patrick Minx, Xiao Chen, Yi Zhou, Jaspreet S. Khurana, Aaron D. Goldman, Mariusz Nowacki, Klaas Schotanus, Seolkyoung Jung, Robert S. Fulton, Amy Ly, Sean McGrath, Kevin Haub, Jessica L. Wiggins, Donna Storton, John C. Matese, Lance Parsons, Wei-Jen Chang, Michael S. Bowen, Nicholas A. Stover, Thomas A. Jones, Sean R. Eddy, Glenn A. Herrick, Thomas G. Doak, Richard K. Wilson, Elaine R. Mardis, Laura F. Landweber
PLoS Biol. 2013 January; 11(1): e1001473. Published online 2013 January 29. doi: 10.1371/journal.pbio.1001473
PMCID: PMC3558436
繊毛虫Oxytricha trifallaxの大核ゲノムの解読論文。他種との比較から、MuDRとIS1595様の転移酵素が大核ゲノム形成に働いているという示唆を得ている。どちらも接合期にのみ発現する。IS1595様の転移因子の報告は真核生物では初めてかな?

A novel human endogenous retroviral protein inhibits cell-cell fusion
Sugimoto J, Sugimoto M, Bernstein H, Jinno Y, Schust D.
Sci Rep. 2013;3:1462. doi: 10.1038/srep01462.
PMID: 23492904 [PubMed - in process] Free PMC Article
HERVのenvの家畜化で生まれたsuppressynがsyncytinの機能を阻害することを示した論文。

2013年7月19日金曜日

ゲノム解読論文まとめ(4)

脊椎動物ゲノム特集。

The western painted turtle genome, a model for the evolution of extreme physiological adaptations in a slowly evolving lineage
Shaffer HB, Minx P, Warren DE, Shedlock AM, Thomson RC, Valenzuela N, Abramyan J, Amemiya CT, Badenhorst D, Biggar KK, Borchert GM, Botka CW, Bowden RM, Braun EL, Bronikowski AM, Bruneau BG, Buck LT, Capel B, Castoe TA, Czerwinski M, Delehaunty KD, Edwards SV, Fronick CC, Fujita MK, Fulton L, Graves TA, Green RE, Haerty W, Hariharan R, Hernandez O, Hillier LW, Holloway AK, Janes D, Janzen FJ, Kandoth C, Kong L, de Koning AJ, Li Y, Literman R, McGaugh SE, Mork L, O'Laughlin M, Paitz RT, Pollock DD, Ponting CP, Radhakrishnan S, Raney BJ, Richman JM, St John J, Schwartz T, Sethuraman A, Spinks PQ, Storey KB, Thane N, Vinar T, Zimmerman LM, Warren WC, Mardis ER, Wilson RK.
Genome Biol. 2013 Mar 28;14(3):R28. [Epub ahead of print]
PMID: 23537068 [PubMed - as supplied by publisher]
ニシキガメのゲノム報告論文。

The draft genomes of soft-shell turtle and green sea turtle yield insights into the development and evolution of the turtle-specific body plan
Wang Z, Pascual-Anaya J, Zadissa A, Li W, Niimura Y, Huang Z, Li C, White S, Xiong Z, Fang D, Wang B, Ming Y, Chen Y, Zheng Y, Kuraku S, Pignatelli M, Herrero J, Beal K, Nozawa M, Li Q, Wang J, Zhang H, Yu L, Shigenobu S, Wang J, Liu J, Flicek P, Searle S, Wang J, Kuratani S, Yin Y, Aken B, Zhang G, Irie N.
Nat Genet. 2013 Apr 28;45(6):701-6. doi: 10.1038/ng.2615. Epub 2013 Apr 28.
PMID: 23624526 [PubMed - in process]
スッポンとアオウミガメのゲノム報告論文。

Recalibrating Equus evolution using the genome sequence of an early Middle Pleistocene horse
Orlando L, Ginolhac A, Zhang G, Froese D, Albrechtsen A, Stiller M, Schubert M, Cappellini E, Petersen B, Moltke I, Johnson PL, Fumagalli M, Vilstrup JT, Raghavan M, Korneliussen T, Malaspinas AS, Vogt J, Szklarczyk D, Kelstrup CD, Vinther J, Dolocan A, Stenderup J, Velazquez AM, Cahill J, Rasmussen M, Wang X, Min J, Zazula GD, Seguin-Orlando A, Mortensen C, Magnussen K, Thompson JF, Weinstock J, Gregersen K, Røed KH, Eisenmann V, Rubin CJ, Miller DC, Antczak DF, Bertelsen MF, Brunak S, Al-Rasheid KA, Ryder O, Andersson L, Mundy J, Krogh A, Gilbert MT, Kjær K, Sicheritz-Ponten T, Jensen LJ, Olsen JV, Hofreiter M, Nielsen R, Shapiro B, Wang J, Willerslev E.
Nature. 2013 Jul 4;499(7456):74-8. doi: 10.1038/nature12323. Epub 2013 Jun 26.
PMID: 23803765 [PubMed - in process]
56-78万年前の馬の骨からゲノムを抽出し、解析した論文。比較対象として4万3000年前のウマと、現生の5系統のウマ、モウコノウマ、ロバのゲノムを解読し、比較している。

Ground tit genome reveals avian adaptation to living at high altitudes in the Tibetan plateau
Qu Y, Zhao H, Han N, Zhou G, Song G, Gao B, Tian S, Zhang J, Zhang R, Meng X, Zhang Y, Zhang Y, Zhu X, Wang W, Lambert D, Ericson PG, Subramanian S, Yeung C, Zhu H, Jiang Z, Li R, Lei F.
Nat Commun. 2013 Jul 1;4:2071. doi: 10.1038/ncomms3071.
PMID: 23817352 [PubMed - in process]
ヒメサバクガラスのゲノム報告論文。

Evolutionary changes of multiple visual pigment genes in the complete genome of Pacific bluefin tuna
Nakamura Y, Mori K, Saitoh K, Oshima K, Mekuchi M, Sugaya T, Shigenobu Y, Ojima N, Muta S, Fujiwara A, Yasuike M, Oohara I, Hirakawa H, Chowdhury VS, Kobayashi T, Nakajima K, Sano M, Wada T, Tashiro K, Ikeo K, Hattori M, Kuhara S, Gojobori T, Inouye K.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2013 Jul 2;110(27):11061-6. doi: 10.1073/pnas.1302051110. Epub 2013 Jun 18.
PMID: 23781100 [PubMed - in process] Free Article
クロマグロのゲノム報告論文。反復配列については何の報告もなし。

2013年7月11日木曜日

Repbase Reports 13(6)

今年のRepbase Reports第6号が出版されました。今号でも引き続き、ウミヤツメPetromyzon marinusの転移因子および反復配列を報告しています。
Repbase Reports Volume 13, Issue 6

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され、配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

2013年7月10日水曜日

Dada

昨年の2月の学会以来解析していた研究がPLoS ONEに掲載されました。

A Superfamily of DNA Transposons Targeting Multicopy Small RNA Genes

これまではnon-LTR retrotransposonにしか見つかっていなかった、「特定の反復配列の特定の位置に挿入される転移因子」をDNA transposonで発見したという内容です。ゼブラフィッシュ(Danio rerio)とミジンコ(Daphnia pulex)から最初に見つかったので,Dadaと名付けました。

発見を整理すると、
・Dadaは新規のDNA transposon superfamily
・Dadaの転移酵素は真核生物のMuDr, Kolobok, P, hATの各転移因子superfamilyと原核生物のIS256 familyと共通のモチーフを持つ
・Dadaの標的は、U1 snRNA, U6 snRNA, tRNAの各遺伝子である
・U6 snRNA遺伝子に挿入されるDada-U6はゼブラフィッシュを含む硬骨魚類に加えて、ミジンコ、カキ(牡蠣)、多毛類から見つかる

以上から、RNA遺伝子を挿入の標的とする標的配列特異性という転移因子の生存戦略がより普遍的であることが示されました。また、自然に存在する標的特異的な転移因子を用いたトランスジェニック生物の作成という新しいシステムへの道が開けました。

配列特異的な転移因子の研究は私のライフワークとなりつつあります。

2013年7月9日火曜日

Repbase Reports 13(5)

今年のRepbase Reports第5号が出版されました。今号では、ウミヤツメPetromyzon marinusの転移因子および反復配列を報告しています。
Repbase Reports Volume 13, Issue 5

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され、配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

2013年6月28日金曜日

non-LTR retrotransposon論文まとめ

hnRNPL and nucleolin bind LINE-1 RNA and function as host factors to modulate retrotransposition
Peddigari S, Li PW, Rabe JL, Martin SL.
Nucleic Acids Res. 2013 Jan 1;41(1):575-85. doi: 10.1093/nar/gks1075. Epub 2012 Nov 17.
PMID: 23161687 [PubMed - in process] Free Article
マウスのL1のORF2タンパク質の翻訳はIRESにより促される。このIRESにheterogeneous nuclear ribonucleoproteins (hnRNPs)のR、Q、Lとnucleolin (NCL)が結合する事が翻訳、転移に重要である事を示した論文。

Circular retrotransposition products generated by a LINE retrotransposon
Han JS, Shao S.
Nucleic Acids Res. 2012 Nov;40(21):10866-77. doi: 10.1093/nar/gks859. Epub 2012 Sep 12.
PMID: 22977178 [PubMed - indexed for MEDLINE] Free PMC Article
酵母のZorro3が染色体外環状DNAを作ることを示した論文。

LINE-1-Derived Poly(A) Microsatellites Undergo Rapid Shortening and Create Somatic and Germline Mosaicism in Mice
Grandi FC, Rosser JM, An W.
Mol Biol Evol. 2013 Mar;30(3):503-12. doi: 10.1093/molbev/mss251. Epub 2012 Nov 2.
PMID: 23125228 [PubMed - in process]
転移直後のL1のpolyA tailのうち、長いものは急速に短くなる一方、短いものにはあまり変化はないことを示した論文。細胞間での差異とepigeneticsとの関係が協調されている。

Characterization of Non-LTR Retrotransposable TRAS Elements in the Aphids Acyrthosiphon pisum and Myzus persicae (Aphididae, Hemiptera).
Monti V, Serafini C, Manicardi GC, Mandrioli M.
J Hered. 2013 Mar 25. [Epub ahead of print]
PMID: 23530141 [PubMed - as supplied by publisher]
テロメア反復配列に特異的に挿入されるnon-LTR retrotransposonのTRASをアブラムシから見つけた論文。

Widespread horizontal transfer of retrotransposons
Walsh AM, Kortschak RD, Gardner MG, Bertozzi T, Adelson DL.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2013 Jan 15;110(3):1012-6. doi: 10.1073/pnas.1205856110. Epub 2012 Dec 31.
PMID: 23277587 [PubMed - indexed for MEDLINE]
non-LTR retrotransposonのBov-Bが水平伝播したことを示した論文。

2013年6月26日水曜日

古生物学論文まとめ(2)

The Placental Mammal Ancestor and the Post–K-Pg Radiation of Placentals
O'Leary MA, Bloch JI, Flynn JJ, Gaudin TJ, Giallombardo A, Giannini NP, Goldberg SL, Kraatz BP, Luo ZX, Meng J, Ni X, Novacek MJ, Perini FA, Randall ZS, Rougier GW, Sargis EJ, Silcox MT, Simmons NB, Spaulding M, Velazco PM, Weksler M, Wible JR, Cirranello AL.
Science. 2013 Feb 8;339(6120):662-7. doi: 10.1126/science.1229237.
PMID: 23393258 [PubMed - indexed for MEDLINE]
化石記録と現生の哺乳類の形質を比較したところ、有胎盤哺乳類の主なグループは第三紀になってから誕生した事が示唆されたという論文。この分岐年代については多いに議論のあるところです。

Specialized appendages in fuxianhuiids and the head organization of early euarthropods
Yang J, Ortega-Hernández J, Butterfield NJ, Zhang XG.
Nature. 2013 Feb 28;494(7438):468-71. doi: 10.1038/nature11874.
PMID: 23446418 [PubMed - in process]
カンブリア紀の真正節足動物フキシャンフィア類の頭部附属肢を調べた論文。

Tubicolous enteropneusts from the Cambrian period
Caron JB, Morris SC, Cameron CB.
Nature. 2013 Mar 28;495(7442):503-6. doi: 10.1038/nature12017. Epub 2013 Mar 13.
PMID: 23485974 [PubMed - indexed for MEDLINE]
バージェス頁岩層からの半索動物ギボシムシの化石を調べた論文。

Palaeontological evidence for an Oligocene divergence between Old World monkeys and apes
Stevens NJ, Seiffert ER, O'Connor PM, Roberts EM, Schmitz MD, Krause C, Gorscak E, Ngasala S, Hieronymus TL, Temu J.
Nature. 2013 May 30;497(7451):611-4. doi: 10.1038/nature12161. Epub 2013 May 15.
PMID: 23676680 [PubMed - in process]
2520万年前の地層から、初期類人猿の化石と初期旧世界ザルの化石を報告した論文。これによりその時点でこの2系統の霊長類は分岐していた事が示された。

The oldest known primate skeleton and early haplorhine evolution
Ni X, Gebo DL, Dagosto M, Meng J, Tafforeau P, Flynn JJ, Beard KC.
Nature. 2013 Jun 6;498(7452):60-4. doi: 10.1038/nature12200.
PMID: 23739424 [PubMed - in process]
5500万年前の地層から初期直尾猿類の化石を報告した論文。この猿は初期のメガネザルの仲間らしい。これからメガネザルと真猿類(旧世界猿と類人猿)の分岐年代が5500万年以上前に遡る可能性が高くなった。

2013年6月24日月曜日

ゲノム解読論文まとめ(3)

脊椎動物特集。

Genome of the Chinese tree shrew
Fan Y, Huang ZY, Cao CC, Chen CS, Chen YX, Fan DD, He J, Hou HL, Hu L, Hu XT, Jiang XT, Lai R, Lang YS, Liang B, Liao SG, Mu D, Ma YY, Niu YY, Sun XQ, Xia JQ, Xiao J, Xiong ZQ, Xu L, Yang L, Zhang Y, Zhao W, Zhao XD, Zheng YT, Zhou JM, Zhu YB, Zhang GJ, Wang J, Yao YG.
Nat Commun. 2013 Feb 5;4:1426. doi: 10.1038/ncomms2416.
PMID: 23385571 [PubMed - in process]
中国産ツパイ (Tupaia belangeri chinensis) のゲノム報告論文。転移因子の解析の部分はかなり怪しいがとりあえずAluが多くない事は確からしい。

Genomic Diversity and Evolution of the Head Crest in the Rock Pigeon
Shapiro MD, Kronenberg Z, Li C, Domyan ET, Pan H, Campbell M, Tan H, Huff CD, Hu H, Vickrey AI, Nielsen SC, Stringham SA, Hu H, Willerslev E, Gilbert MT, Yandell M, Zhang G, Wang J.
Science. 2013 Mar 1;339(6123):1063-7. doi: 10.1126/science.1230422. Epub 2013 Jan 31.
PMID: 23371554 [PubMed - indexed for MEDLINE]
ドバト(カワラバト)のゲノム報告論文。EphB2という遺伝子がとさかの形成に寄与しているらしく、この遺伝子の変異が進化の過程で一度だけ起こった事が示唆されている。

Sequencing of the sea lamprey (Petromyzon marinus) genome provides insights into vertebrate evolution.
Smith JJ, Kuraku S, Holt C, Sauka-Spengler T, Jiang N, Campbell MS, Yandell MD, Manousaki T, Meyer A, Bloom OE, Morgan JR, Buxbaum JD, Sachidanandam R, Sims C, Garruss AS, Cook M, Krumlauf R, Wiedemann LM, Sower SA, Decatur WA, Hall JA, Amemiya CT, Saha NR, Buckley KM, Rast JP, Das S, Hirano M, McCurley N, Guo P, Rohner N, Tabin CJ, Piccinelli P, Elgar G, Ruffier M, Aken BL, Searle SM, Muffato M, Pignatelli M, Herrero J, Jones M, Brown CT, Chung-Davidson YW, Nanlohy KG, Libants SV, Yeh CY, McCauley DW, Langeland JA, Pancer Z, Fritzsch B, de Jong PJ, Zhu B, Fulton LL, Theising B, Flicek P, Bronner ME, Warren WC, Clifton SW, Wilson RK, Li W.
Nat Genet. 2013 Apr;45(4):415-21. doi: 10.1038/ng.2568. Epub 2013 Feb 24.
PMID: 23435085 [PubMed - in process]
円口類ウミヤツメのゲノム報告論文。反復配列はほとんど解析されていません。

The genome of the platyfish, Xiphophorus maculatus, provides insights into evolutionary adaptation and several complex traits
Schartl M, Walter RB, Shen Y, Garcia T, Catchen J, Amores A, Braasch I, Chalopin D, Volff JN, Lesch KP, Bisazza A, Minx P, Hillier L, Wilson RK, Fuerstenberg S, Boore J, Searle S, Postlethwait JH, Warren WC.
Nat Genet. 2013 Mar 31. doi: 10.1038/ng.2604. [Epub ahead of print]
PMID: 23542700 [PubMed - as supplied by publisher]
プラティのゲノム報告論文。

The zebrafish reference genome sequence and its relationship to the human genome
Howe K, Clark MD, Torroja CF, Torrance J, Berthelot C, Muffato M, Collins JE, Humphray S, McLaren K, Matthews L, McLaren S, Sealy I, Caccamo M, Churcher C, Scott C, Barrett JC, Koch R, Rauch GJ, White S, Chow W, Kilian B, Quintais LT, Guerra-Assunção JA, Zhou Y, Gu Y, Yen J, Vogel JH, Eyre T, Redmond S, Banerjee R, Chi J, Fu B, Langley E, Maguire SF, Laird GK, Lloyd D, Kenyon E, Donaldson S, Sehra H, Almeida-King J, Loveland J, Trevanion S, Jones M, Quail M, Willey D, Hunt A, Burton J, Sims S, McLay K, Plumb B, Davis J, Clee C, Oliver K, Clark R, Riddle C, Eliott D, Threadgold G, Harden G, Ware D, Mortimer B, Kerry G, Heath P, Phillimore B, Tracey A, Corby N, Dunn M, Johnson C, Wood J, Clark S, Pelan S, Griffiths G, Smith M, Glithero R, Howden P, Barker N, Stevens C, Harley J, Holt K, Panagiotidis G, Lovell J, Beasley H, Henderson C, Gordon D, Auger K, Wright D, Collins J, Raisen C, Dyer L, Leung K, Robertson L, Ambridge K, Leongamornlert D, McGuire S, Gilderthorp R, Griffiths C, Manthravadi D, Nichol S, Barker G, Whitehead S, Kay M, Brown J, Murnane C, Gray E, Humphries M, Sycamore N, Barker D, Saunders D, Wallis J, Babbage A, Hammond S, Mashreghi-Mohammadi M, Barr L, Martin S, Wray P, Ellington A, Matthews N, Ellwood M, Woodmansey R, Clark G, Cooper J, Tromans A, Grafham D, Skuce C, Pandian R, Andrews R, Harrison E, Kimberley A, Garnett J, Fosker N, Hall R, Garner P, Kelly D, Bird C, Palmer S, Gehring I, Berger A, Dooley CM, Ersan-Ürün Z, Eser C, Geiger H, Geisler M, Karotki L, Kirn A, Konantz J, Konantz M, Oberländer M, Rudolph-Geiger S, Teucke M, Osoegawa K, Zhu B, Rapp A, Widaa S, Langford C, Yang F, Carter NP, Harrow J, Ning Z, Herrero J, Searle SM, Enright A, Geisler R, Plasterk RH, Lee C, Westerfield M, de Jong PJ, Zon LI, Postlethwait JH, Nüsslein-Volhard C, Hubbard TJ, Roest Crollius H, Rogers J, Stemple DL.
Nature. 2013 Apr 25;496(7446):498-503. doi: 10.1038/nature12111. Epub 2013 Apr 17.
PMID: 23594743 [PubMed - indexed for MEDLINE]
ゼブラフィッシュのゲノム報告論文。概要配列が公開されてからずいぶんとかかっています。ようやくといった感じですね。転移因子ではDNAトランスポゾンが特に多いという報告。といっても転移因子ののレベルの低さはひどすぎる...何もわかっていない人が書くとこうなるという悪い見本です。

2013年6月21日金曜日

ゲノム解読論文まとめ(2)

今回は高等植物特集。

A draft genome sequence of the pulse crop chickpea (Cicer arietinum L.).
Jain M, Misra G, Patel RK, Priya P, Jhanwar S, Khan AW, Shah N, Singh VK, Garg R, Jeena G, Yadav M, Kant C, Sharma P, Yadav G, Bhatia S, Tyagi AK, Chattopadhyay D.
Plant J. 2013 Mar 12. doi: 10.1111/tpj.12173. [Epub ahead of print]
PMID: 23489434 [PubMed - as supplied by publisher]
ヒヨコマメのゲノム報告論文。

Whole-genome sequencing of Oryza brachyantha reveals mechanisms underlying Oryza genome evolution.
Chen J, Huang Q, Gao D, Wang J, Lang Y, Liu T, Li B, Bai Z, Luis Goicoechea J, Liang C, Chen C, Zhang W, Sun S, Liao Y, Zhang X, Yang L, Song C, Wang M, Shi J, Liu G, Liu J, Zhou H, Zhou W, Yu Q, An N, Chen Y, Cai Q, Wang B, Liu B, Min J, Huang Y, Wu H, Li Z, Zhang Y, Yin Y, Song W, Jiang J, Jackson SA, Wing RA, Wang J, Chen M.
Nat Commun. 2013;4:1595. doi: 10.1038/ncomms2596.
PMID: 23481403 [PubMed - in process]
野生の稲のゲノム報告論文。

The draft genome of the fast-growing non-timber forest species moso bamboo (Phyllostachys heterocycla)
Peng Z, Lu Y, Li L, Zhao Q, Feng Q, Gao Z, Lu H, Hu T, Yao N, Liu K, Li Y, Fan D, Guo Y, Li W, Lu Y, Weng Q, Zhou C, Zhang L, Huang T, Zhao Y, Zhu C, Liu X, Yang X, Wang T, Miao K, Zhuang C, Cao X, Tang W, Liu G, Liu Y, Chen J, Liu Z, Yuan L, Liu Z, Huang X, Lu T, Fei B, Ning Z, Han B, Jiang Z.
Nat Genet. 2013 Apr;45(4):456-61. doi: 10.1038/ng.2569. Epub 2013 Feb 24.
PMID: 23435089 [PubMed - in process]
孟宗竹のゲノム報告論文。

Draft genome of the wheat A-genome progenitor Triticum urartu
Ling HQ, Zhao S, Liu D, Wang J, Sun H, Zhang C, Fan H, Li D, Dong L, Tao Y, Gao C, Wu H, Li Y, Cui Y, Guo X, Zheng S, Wang B, Yu K, Liang Q, Yang W, Lou X, Chen J, Feng M, Jian J, Zhang X, Luo G, Jiang Y, Liu J, Wang Z, Sha Y, Zhang B, Wu H, Tang D, Shen Q, Xue P, Zou S, Wang X, Liu X, Wang F, Yang Y, An X, Dong Z, Zhang K, Zhang X, Luo MC, Dvorak J, Tong Y, Wang J, Yang H, Li Z, Wang D, Zhang A, Wang J.
Nature. 2013 Apr 4;496(7443):87-90. doi: 10.1038/nature11997. Epub 2013 Mar 24.
PMID: 23535596 [PubMed - indexed for MEDLINE]
コムギのAゲノムの起源であるウラルツコムギのゲノム報告論文。

Aegilops tauschii draft genome sequence reveals a gene repertoire for wheat adaptation
Jia J, Zhao S, Kong X, Li Y, Zhao G, He W, Appels R, Pfeifer M, Tao Y, Zhang X, Jing R, Zhang C, Ma Y, Gao L, Gao C, Spannagl M, Mayer KF, Li D, Pan S, Zheng F, Hu Q, Xia X, Li J, Liang Q, Chen J, Wicker T, Gou C, Kuang H, He G, Luo Y, Keller B, Xia Q, Lu P, Wang J, Zou H, Zhang R, Xu J, Gao J, Middleton C, Quan Z, Liu G, Wang J; International Wheat Genome Sequencing Consortium, Yang H, Liu X, He Z, Mao L, Wang J.
Nature. 2013 Apr 4;496(7443):91-5. doi: 10.1038/nature12028. Epub 2013 Mar 24.
PMID: 23535592 [PubMed - indexed for MEDLINE]
コムギのDゲノムの起源であるタルホコムギのゲノム報告論文。ゲノムの66%が転移因子由来で、特に3−400万年前に増幅したと報告されています。

2013年5月20日月曜日

Repbase Reports 13(4)

今年のRepbase Reports第4号が出版されました。今号では、マガキCrassostrea gigasとグリーンアノールAnolis carolinensisの転移因子および反復配列を主に報告しています。
Repbase Reports Volume 13, Issue 4

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され、配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

2013年3月29日金曜日

進化論文まとめ

Craniofacial development of hagfishes and the evolution of vertebrates
Oisi Y, Ota KG, Kuraku S, Fujimoto S, Kuratani S.
Nature. 2013 Jan 10;493(7431):175-80. doi: 10.1038/nature11794. Epub 2012 Dec 19.
PMID: 23254938 [PubMed - in process]
最も原始的な形質をとどめる脊椎動物の一群であるヌタウナギ類の顎の発達過程を追った研究。ヌタウナギとヤツメウナギが姉妹群であることを発生学的にサポートしている。

Discrete genetic modules are responsible for complex burrow evolution in Peromyscus mice
Weber JN, Peterson BK, Hoekstra HE.
Nature. 2013 Jan 17;493(7432):402-5. doi: 10.1038/nature11816.
PMID: 23325221 [PubMed - in process]
2種のネズミの巣穴の形の違いがわずかな数の対立遺伝子座で制御されていることを示している。「拡張された表現型」を生み出す進化に迫った画期的な研究。

A Y-like social chromosome causes alternative colony organization in fire ants
Nature. 2013 Jan 31;493(7434):664-8. doi: 10.1038/nature11832. Epub 2013 Jan 16.
PMID: 23334415 [PubMed - in process]
アリSolenopsis invictaの、女王を複数持つコロニーと単独のコロニーの違いは、1つの巨大な(13MB)超遺伝子座によって支配されていることを示した論文。この超遺伝子座の対立遺伝子間では組み換えが完全に抑制されている。

A critical transition in leaf evolution facilitated the Cretaceous angiosperm revolution
de Boer HJ, Eppinga MB, Wassen MJ, Dekker SC.
Nat Commun. 2012;3:1221. doi: 10.1038/ncomms2217.
PMID: 23187621 [PubMed - in process] Free PMC Article
葉内の水輸送経路が二酸化炭素輸送経路より短くなったために、白亜紀の被子植物の急速な進化が可能になったことを示した論文。

Developmental evidence for serial homology of the vertebrate jaw and gill arch skeleton
Gillis JA, Modrell MS, Baker CV.
Nat Commun. 2013 Feb 5;4:1436. doi: 10.1038/ncomms2429.
PMID: 23385581 [PubMed - in process]
顎と鰓弓の相同性をDlxの発現パターンの比較から検証した論文。

2013年3月27日水曜日

Repbase Reports 13 (3)

今年のRepbase Reports第3号が出版されました。今号では、マガキCrassostrea gigas、チャイニーズハムスターCricetulus griseus、とムラサキツメクサ(アカツメクサ)Trifolium pratenseの転移因子および反復配列を報告しています。
Repbase Reports Volume 13, Issue 3

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され、配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

2013年3月21日木曜日

CRISPR-Cas systemの論文まとめ

Modulation of CRISPR locus transcription by the repeat-binding protein Cbp1 in Sulfolobus
Deng L, Kenchappa CS, Peng X, She Q, Garrett RA.
Nucleic Acids Res. 2012 Mar 1;40(6):2470-80. Epub 2011 Dec 1.
PMID: 22139923 [PubMed - in process] Free PMC Article
古細菌Sulfolobales類のCbp1 (CRISPR DNA repeat binding protein)の機能を解析した論文。

The Streptococcus thermophilus CRISPR/Cas system provides immunity in Escherichia coli
Sapranauskas R, Gasiunas G, Fremaux C, Barrangou R, Horvath P, Siksnys V.
Nucleic Acids Res. 2011 Nov 1;39(21):9275-82. Epub 2011 Aug 3.
Streptococcus thermophilusのCRISPR/Cas Systemを大腸菌に移植し、機能する事を示した論文。免疫系に必須のタンパク質はCas9だけ。

A Programmable Dual-RNA-Guided DNA Endonuclease in Adaptive Bacterial Immunity.
Jinek M, Chylinski K, Fonfara I, Hauer M, Doudna JA, Charpentier E.
Science. 2012 Aug 17;337(6096):816-21. doi: 10.1126/science.1225829. Epub 2012 Jun 28.
PMID: 22745249 [PubMed - indexed for MEDLINE]
Cas9のHNHヌクレアーゼはRNAに相補的なDNA鎖を切断し、RuvC-like domainは非相補的な鎖を切断することを示した。

Multiplex Genome Engineering Using CRISPR/Cas Systems
Cong L, Ran FA, Cox D, Lin S, Barretto R, Habib N, Hsu PD, Wu X, Jiang W, Marraffini LA, Zhang F.
Science. 2013 Feb 15;339(6121):819-23. doi: 10.1126/science.1231143. Epub 2013 Jan 3.
PMID: 23287718 [PubMed - indexed for MEDLINE]
RNA-Guided Human Genome Engineering via Cas9
Mali P, Yang L, Esvelt KM, Aach J, Guell M, DiCarlo JE, Norville JE, Church GM.
Science. 2013 Feb 15;339(6121):823-6. doi: 10.1126/science.1232033. Epub 2013 Jan 3.
PMID: 23287722 [PubMed - indexed for MEDLINE]

この2本の論文は、原核生物の獲得免疫系CRISPR/Cas Systemsを利用して、ヒト細胞とマウス細胞で、特定のRNA配列に対応するゲノムに変異を加える事に成功したという論文。まだ特異性は低いが、RNAを複数種類加える事で同時に何カ所もの座位に変異を加える事ができる点が有望。

2013年3月19日火曜日

91.泡沫候補ではない?:Endogenous foamy viruses

1年9ヶ月ぶりに新しい記事をホームページに載せました。
「91.泡沫候補ではない?:Endogenous foamy viruses」

「81. Relics of RELIKs:endogenous lentiviruses」では内在性レンチウイルスを発見した論文を紹介しましたが、今回は、内在性フォーミーウイルスを発見した論文を紹介しました。これらの内在性レトロウイルスやレトロウイルスが逆転写したRNAウイルスなどの残骸の解析の仕事は、「paleovirology(古ウイルス学)」と呼ばれています。

2013年2月25日月曜日

Repbase Reports 13(2)

今年のRepbase Reports第2号が出版されました。今号では、シロイヌナズナの近縁種Arabidopsis lyrata、イチゴFragaria vesca、ムラサキウニStrongylocentrotus purpuratusの転移因子および反復配列を報告しています。

また、これまでに配列特異的な挿入しか知られていないnon-LTR retrotransposonのR2の仲間でありながら、配列特異的に挿入されない3種のR2も報告しています。

Repbase Reports Volume 13, Issue 2

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され、配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

2013年2月15日金曜日

古生物学論文まとめ

Ediacaran life on land
Retallack GJ.
Nature. 2013 Jan 3;493(7430):89-92. doi: 10.1038/nature11777. Epub 2012 Dec 12.
PMID: 23235827 [PubMed - in process]
原生代最後の時代、エディアカラ紀の多細胞生物が陸上にいたことを示す研究。

Development of teeth and jaws in the earliest jawed vertebrates
Rücklin M, Donoghue PC, Johanson Z, Trinajstic K, Marone F, Stampanoni M.
Nature. 2012 Nov 29;491(7426):748-51. doi: 10.1038/nature11555. Epub 2012 Oct 17.
PMID: 23075852 [PubMed - indexed for MEDLINE]
初期の脊椎動物のグループPlacodermの顎の構造を解析して、顎と歯の初期進化に迫った研究。

A sclerite-bearing stem group entoproct from the early Cambrian and its implications
Zhang Z, Holmer LE, Skovsted CB, Brock GA, Budd GE, Fu D, Zhang X, Shu D, Han J, Liu J, Wang H, Butler A, Li G.
Sci Rep. 2013;3:1066. doi: 10.1038/srep01066. Epub 2013 Jan 17.
PMID: 23336066 [PubMed - in process] Free PMC Article
澄江の地層から見つかった化石の1つが内肛動物(ススコケムシの仲間)であることを示した論文。

The oldest echinoderm faunas from Gondwana show that echinoderm body plan diversification was rapid
Smith AB, Zamora S, Alvaro JJ.
Nat Commun. 2013 Jan 22;4:1385. doi: 10.1038/ncomms2391.
PMID: 23340425 [PubMed - in process]
棘皮動物の化石をモロッコの地層から見つけ、棘皮動物が5億1000万年前には既に多様化していたことを示した論文。

Reduced plumage and flight ability of a new Jurassic paravian theropod from China
Godefroit P, Demuynck H, Dyke G, Hu D, Escuillié F, Claeys P.
Nat Commun. 2013 Jan 22;4:1394. doi: 10.1038/ncomms2389.
PMID: 23340434 [PubMed - in process]
ジュラ紀中後期の地層から新しい羽毛恐竜を見つけたことで、当時の羽毛恐竜の多様性を示した論文。

2013年2月13日水曜日

昆虫の遺伝子組換えを目で見て判定できる優性マーカー

友人の論文の日本語要旨が公開されていたので紹介。

昆虫の遺伝子組換えを目で見て判定できる優性マーカー

原著論文は以下。
A visible dominant marker for insect transgenesis
Osanai-Futahashi M, Ohde T, Hirata J, Uchino K, Futahashi R, Tamura T, Niimi T, Sezutsu H.
Nat Commun. 2012;3:1295. doi: 10.1038/ncomms2312.
PMID: 23250425 [PubMed - in process] Free PMC Article

2013年2月12日火曜日

Repbase Reports 13(1)

今年最初のRepbase Reportsが出版されました。今号では、カモノハシOrnithorhynchus anatinus、グリーンアノールAnolis carolinensis、マガキCrassostrea gigas、イネの真菌性病原体のPuccinia graminis、イチゴFragaria vescaの転移因子および反復配列を報告しています。

また、線虫C. elegansで報告されている、spliced leader exonに特異的に挿入されるnon-LTR retrotransposonのNeSL、回虫類で報告されている28S ribosomal RNA geneに特異的に挿入されるnon-LTR retrotransposonのR4を他の線虫から報告しています。

Repbase Reports Volume 13, Issue 1

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され、配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

2013年2月8日金曜日

ゲノム解読論文まとめ

Repeated polyploidization of Gossypium genomes and the evolution of spinnable cotton fibres
Paterson AH, Wendel JF, Gundlach H, Guo H, Jenkins J, Jin D, Llewellyn D, Showmaker KC, Shu S, Udall J, Yoo MJ, Byers R, Chen W, Doron-Faigenboim A, Duke MV, Gong L, Grimwood J, Grover C, Grupp K, Hu G, Lee TH, Li J, Lin L, Liu T, Marler BS, Page JT, Roberts AW, Romanel E, Sanders WS, Szadkowski E, Tan X, Tang H, Xu C, Wang J, Wang Z, Zhang D, Zhang L, Ashrafi H, Bedon F, Bowers JE, Brubaker CL, Chee PW, Das S, Gingle AR, Haigler CH, Harker D, Hoffmann LV, Hovav R, Jones DC, Lemke C, Mansoor S, ur Rahman M, Rainville LN, Rambani A, Reddy UK, Rong JK, Saranga Y, Scheffler BE, Scheffler JA, Stelly DM, Triplett BA, Van Deynze A, Vaslin MF, Waghmare VN, Walford SA, Wright RJ, Zaki EA, Zhang T, Dennis ES, Mayer KF, Peterson DG, Rokhsar DS, Wang X, Schmutz J.
Nature. 2012 Dec 20;492(7429):423-7. doi: 10.1038/nature11798.
PMID: 23257886 [PubMed - in process]
綿のゲノムをシーケンスし、綿の性質の変化が何に起因しているのかを解析した研究。綿は過去に倍数化を繰り返した結果、被子植物の祖先の30-36倍体に相当しており、由来の異なるゲノムの間の相同組み換えが綿の性質が大きく変わる場合に貢献していることを示している。

The genome of Prunus mume
Zhang Q, Chen W, Sun L, Zhao F, Huang B, Yang W, Tao Y, Wang J, Yuan Z, Fan G, Xing Z, Han C, Pan H, Zhong X, Shi W, Liang X, Du D, Sun F, Xu Z, Hao R, Lv T, Lv Y, Zheng Z, Sun M, Luo L, Cai M, Gao Y, Wang J, Yin Y, Xu X, Cheng T, Wang J.
Nat Commun. 2012 Dec 27;3:1318. doi: 10.1038/ncomms2290.
PMID: 23271652 [PubMed - in process] Free PMC Article
梅のゲノムを次世代シーケンサーで読んだ研究。

The draft genome of the carcinogenic human liver fluke Clonorchis sinensis.
Wang X, Chen W, Huang Y, Sun J, Men J, Liu H, Luo F, Guo L, Lv X, Deng C, Zhou C, Fan Y, Li X, Huang L, Hu Y, Liang C, Hu X, Xu J, Yu X.
Genome Biol. 2011 Oct 24;12(10):R107. [Epub ahead of print]
肝吸虫(肝臓ジストマ)のゲノムを解析した論文。

Comparative Analysis of Bat Genomes Provides Insight into the Evolution of Flight and Immunity
Zhang G, Cowled C, Shi Z, Huang Z, Bishop-Lilly KA, Fang X, Wynne JW, Xiong Z, Baker ML, Zhao W, Tachedjian M, Zhu Y, Zhou P, Jiang X, Ng J, Yang L, Wu L, Xiao J, Feng Y, Chen Y, Sun X, Zhang Y, Marsh GA, Crameri G, Broder CC, Frey KG, Wang LF, Wang J.
Science. 2013 Jan 25;339(6118):456-60. doi: 10.1126/science.1230835. Epub 2012 Dec 20.
PMID: 23258410 [PubMed - in process]
様々な有害な病原体の宿主となりうるコウモリの仲間2種(Pteropus alecto, Myotis davidii)のゲノムを比較解析した論文。DNA damage checkpointとnuclear factor κB pathwaysの遺伝子群での正の自然選択が空を飛ぶことの起源に関係しているらしい。

Insights into bilaterian evolution from three spiralian genomes
Simakov O, Marletaz F, Cho SJ, Edsinger-Gonzales E, Havlak P, Hellsten U, Kuo DH, Larsson T, Lv J, Arendt D, Savage R, Osoegawa K, de Jong P, Grimwood J, Chapman JA, Shapiro H, Aerts A, Otillar RP, Terry AY, Boore JL, Grigoriev IV, Lindberg DR, Seaver EC, Weisblat DA, Putnam NH, Rokhsar DS.
Nature. 2013 Jan 24;493(7433):526-31. doi: 10.1038/nature11696. Epub 2012 Dec 19.
PMID: 23254933 [PubMed - in process]
環輪動物3種、軟体動物のLottia gigantea、環形動物のCapitella teletaHelobdella robustaのゲノムを解析、比較した論文。まとめて1つの論文になるとは意外です。

2013年2月1日金曜日

コケイン症候群とpiggyBac

5年前の論文ですが気になったので紹介。
An abundant evolutionarily conserved CSB-PiggyBac fusion protein expressed in Cockayne syndrome.
Newman JC, Bailey AD, Fan HY, Pavelitz T, Weiner AM.
PLoS Genet. 2008 Mar 21;4(3):e1000031.

コケイン症候群(Cockayne syndrome)はDNA修復の一種、TC-NER(転写に共役したヌクレオチド除去修復)の機能不全が原因で、CSA、CSBの2つの相補群からなる。紫外線への過敏化に加えて、発育不全など発達異常も引き起こす。CSBはSWI/SNF-like DNA-dependent ATPaseである。CSBに関する不思議な性質として、CSBの完全欠損ではコケイン症候群を発症しない。劣性遺伝病なので変異をホモで持たない場合には異常は生じないが、一方で完全にCSB遺伝子を持たない場合にも発達異常は表れない。弱い紫外線感受性を示すだけである。また、CSBの点変異(塩基置換とフレームシフト)はエクソン6以降の場合がほとんどである。エクソン5と6の境界はタンパク質にして466番目のアミノ酸に相当する。マウスに、ヒトで見られるCSBの点変異を導入した場合には紫外線への過敏症は認められるが発達異常は顕著ではない。これらの事実はCSBの単純な機能欠損がコケイン症候群を引き起こしているわけではないことを示している。

2013年1月21日月曜日

トカゲ類の白亜紀末大量絶滅

白亜紀末の大量絶滅では、恐竜を含む大型爬虫類が絶滅しました。一方でトカゲ類は絶滅しなかったわけですが、実際には大きな打撃を受けており、多くの系統が絶滅していたことがわかりました。

Mass extinction of lizards and snakes at the Cretaceous–Paleogene boundary
Longrich NR, Bhullar BA, Gauthier JA.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Dec 26;109(52):21396-401. doi: 10.1073/pnas.1211526110. Epub 2012 Dec 10.
PMID: 23236177 [PubMed - in process]

白亜紀末の大量絶滅により、トカゲとヘビの仲間は種レベルでは実に83%もが絶滅しており、形態の多様性も大きく減少しました。生き残ったものには小型で生息域の大きいものが多く見られました。また、トカゲ類の多様性は白亜紀末の大量絶滅後1000万年ほど回復しなかったそうです。

2013年1月18日金曜日

TcBusterとSPIN(ON)をヒト細胞で転移させる

トランスポゾンを使って有用な配列をゲノムに組み込む方法はいくつか実用化されています。また、トランスポゾンによって遺伝子を破壊したり、プロモーターを解析したりと言った事も行われています。これまでに実用化されているトランスポゾンとしては、Mariner/Tc1 superfamilyに属するSleeping Beauty、piggyBac superfamilyに属するpiggyBac、hAT superfamilyに属するTol2などがあります。以下の論文では別のhAT superfamilyの転移因子をヒト細胞中で転移させ、その特徴を解析しています。

A resurrected mammalian hAT transposable element and a closely related insect element are highly active in human cell culture
Li X, Ewis H, Hice RH, Malani N, Parker N, Zhou L, Feschotte C, Bushman FD, Atkinson PW, Craig NL.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Oct 22. [Epub ahead of print]
PMID: 23091042 [PubMed - as supplied by publisher] Free Article

hAT superfamilyに属する2種類のトランスポゾン、TcBusterとSPIN(ON)がヒト細胞で転移する事を確認した論文。SPINは哺乳類のいくつかの種で比較的最近転移していた事がわかっていたもので、その配列を基に再構成して転移可能にしている。どちらもトランスポゾンも転移酵素以外のタンパク質は転移に必須ではなく、今後のmutagenesisやゲノム工学に役立つ事が期待される。

さて、トランスポゾンを使ったmutagenesisやゲノム工学では、ゲノム中のどの位置、どういう配列に挿入されるかが問題となる。他に手法が確立されている3種類のトランスポゾンの内、Mariner/Tc1 superfamilyに属するSleeping BeautyはTA2塩基のtarget site duplication(TSD)を作り、piggyBac superfamilyに属するpiggyBacはTTAAの4塩基のTSDを作る事が知られている。Tol2もhAT superfamilyに属する。一般にhAT superfamilyに属するものは8塩基のTSDを作る。TcBusterとSPIN(ON)も8塩基のTSDを作り、その中央2塩基はTAである場合が非常に多い事が実験的に示された。従って、実用化されつつあるトランスポゾンは全て中央部がTAの配列を認識して挿入する事になる。これでは転移先に偏りがあるので、別の性質を持つトランスポゾンを実用化することもまだまだ大きな価値がありそうである。

2013年1月17日木曜日

Repbase Reports 12 (12)

ひと月ほど前になりますが、昨年の最後のRepbase Reportsが12/20に出版されました。今号では、真菌類のBlumeria graminis、黄熱病を媒介するネッタイシマカAedes aegypti、マガキCrassostrea gigasの転移因子および反復配列を報告しています。

Repbase Reports Volume 12, Issue 12

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され、配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

2013年1月9日水曜日

データベースのサポート

新年明けましておめでとうございます。
今年のブログは問題提起から始めたいと思います。

今日の科学においてデータベースは必要不可欠なものとなっています。私も京都大学に在籍していた頃にKEGGの運営をそばから見ていましたし、現在はGIRIでRepbaseの維持運営に携わっています。世の中には無数のデータベースが存在していますが、長期に渡って維持されているものは決して多くありません。公表された直後から放置され、顧みられることが無いデータベースも少なくありません。

これには少なくとも2つの要因があると思います。一つは、データベースの構築の際には多くの情報が得られ、その後その研究者が研究を続けていく上で役立ちます。一方で、最初は膨大な情報が得られますが、その後追加されていく情報は当初に比べれば少なく、知的好奇心を原動力に仕事する研究者が、維持していくことに熱心になれないのも道理です。

もう一つの要因は以下の記事が示すように、研究者だけではなく、社会全体がデータベースの維持をあまり評価していないことです。昨年の9月5日付けのNatureのNews記事では、NIHからのデータベースのサポートが大幅に減額されたことを紹介し、その問題点を指摘しています。

Databases fight funding cuts

データベースにはそれぞれコンセプトがあります。例えばRepbaseは元来ヒトゲノム配列から反復配列を取り除くための配列情報集として始まった経歴もあり、多数の転移因子の配列を元に過去の配列を復元したコンセンサス配列を多く収集しています(収集といっても大多数は我々が解析、登録したものですが)。これは個々の反復配列を探す場合に、コンセンサス配列に対して相同性検索をかける方が、代表的な配列1つにかけるよりも感度が高いためです。また、階層構造化した分類システムを採用しています。最近では反復配列、転移因子のデータベースとしてGypsyDBやSINEBaseなどといったそれぞれの転移因子のグループに特化したデータベースや、生物種に特化したデータベースもありますが、網羅的なデータベースとしてはRepbaseは唯一無二のものです。一方でRepbaseにはない細かい分類やモチーフ配列の情報があるデータベースがあるのも事実です。このため、データを1つにまとめれば他のデータベースは要らないかというとそうではなく、それぞれのデータベースが個性を持って相補しあっていることが科学の発展のために重要です。

記事ではデータベースの維持はデータベースの設計構築とは別の組織、予算で運営するという提案をしています。しかし、コンセプトを維持していくためには、やはり開発したグループがデータベースを発展させていく環境を整備していくことがより重要であると私は考えます。コンセプトを失ったデータベースはただの情報のたまり場になり、有用性を失っていくのではないでしょうか?