2013年6月28日金曜日

non-LTR retrotransposon論文まとめ

hnRNPL and nucleolin bind LINE-1 RNA and function as host factors to modulate retrotransposition
Peddigari S, Li PW, Rabe JL, Martin SL.
Nucleic Acids Res. 2013 Jan 1;41(1):575-85. doi: 10.1093/nar/gks1075. Epub 2012 Nov 17.
PMID: 23161687 [PubMed - in process] Free Article
マウスのL1のORF2タンパク質の翻訳はIRESにより促される。このIRESにheterogeneous nuclear ribonucleoproteins (hnRNPs)のR、Q、Lとnucleolin (NCL)が結合する事が翻訳、転移に重要である事を示した論文。

Circular retrotransposition products generated by a LINE retrotransposon
Han JS, Shao S.
Nucleic Acids Res. 2012 Nov;40(21):10866-77. doi: 10.1093/nar/gks859. Epub 2012 Sep 12.
PMID: 22977178 [PubMed - indexed for MEDLINE] Free PMC Article
酵母のZorro3が染色体外環状DNAを作ることを示した論文。

LINE-1-Derived Poly(A) Microsatellites Undergo Rapid Shortening and Create Somatic and Germline Mosaicism in Mice
Grandi FC, Rosser JM, An W.
Mol Biol Evol. 2013 Mar;30(3):503-12. doi: 10.1093/molbev/mss251. Epub 2012 Nov 2.
PMID: 23125228 [PubMed - in process]
転移直後のL1のpolyA tailのうち、長いものは急速に短くなる一方、短いものにはあまり変化はないことを示した論文。細胞間での差異とepigeneticsとの関係が協調されている。

Characterization of Non-LTR Retrotransposable TRAS Elements in the Aphids Acyrthosiphon pisum and Myzus persicae (Aphididae, Hemiptera).
Monti V, Serafini C, Manicardi GC, Mandrioli M.
J Hered. 2013 Mar 25. [Epub ahead of print]
PMID: 23530141 [PubMed - as supplied by publisher]
テロメア反復配列に特異的に挿入されるnon-LTR retrotransposonのTRASをアブラムシから見つけた論文。

Widespread horizontal transfer of retrotransposons
Walsh AM, Kortschak RD, Gardner MG, Bertozzi T, Adelson DL.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2013 Jan 15;110(3):1012-6. doi: 10.1073/pnas.1205856110. Epub 2012 Dec 31.
PMID: 23277587 [PubMed - indexed for MEDLINE]
non-LTR retrotransposonのBov-Bが水平伝播したことを示した論文。

2013年6月26日水曜日

古生物学論文まとめ(2)

The Placental Mammal Ancestor and the Post–K-Pg Radiation of Placentals
O'Leary MA, Bloch JI, Flynn JJ, Gaudin TJ, Giallombardo A, Giannini NP, Goldberg SL, Kraatz BP, Luo ZX, Meng J, Ni X, Novacek MJ, Perini FA, Randall ZS, Rougier GW, Sargis EJ, Silcox MT, Simmons NB, Spaulding M, Velazco PM, Weksler M, Wible JR, Cirranello AL.
Science. 2013 Feb 8;339(6120):662-7. doi: 10.1126/science.1229237.
PMID: 23393258 [PubMed - indexed for MEDLINE]
化石記録と現生の哺乳類の形質を比較したところ、有胎盤哺乳類の主なグループは第三紀になってから誕生した事が示唆されたという論文。この分岐年代については多いに議論のあるところです。

Specialized appendages in fuxianhuiids and the head organization of early euarthropods
Yang J, Ortega-Hernández J, Butterfield NJ, Zhang XG.
Nature. 2013 Feb 28;494(7438):468-71. doi: 10.1038/nature11874.
PMID: 23446418 [PubMed - in process]
カンブリア紀の真正節足動物フキシャンフィア類の頭部附属肢を調べた論文。

Tubicolous enteropneusts from the Cambrian period
Caron JB, Morris SC, Cameron CB.
Nature. 2013 Mar 28;495(7442):503-6. doi: 10.1038/nature12017. Epub 2013 Mar 13.
PMID: 23485974 [PubMed - indexed for MEDLINE]
バージェス頁岩層からの半索動物ギボシムシの化石を調べた論文。

Palaeontological evidence for an Oligocene divergence between Old World monkeys and apes
Stevens NJ, Seiffert ER, O'Connor PM, Roberts EM, Schmitz MD, Krause C, Gorscak E, Ngasala S, Hieronymus TL, Temu J.
Nature. 2013 May 30;497(7451):611-4. doi: 10.1038/nature12161. Epub 2013 May 15.
PMID: 23676680 [PubMed - in process]
2520万年前の地層から、初期類人猿の化石と初期旧世界ザルの化石を報告した論文。これによりその時点でこの2系統の霊長類は分岐していた事が示された。

The oldest known primate skeleton and early haplorhine evolution
Ni X, Gebo DL, Dagosto M, Meng J, Tafforeau P, Flynn JJ, Beard KC.
Nature. 2013 Jun 6;498(7452):60-4. doi: 10.1038/nature12200.
PMID: 23739424 [PubMed - in process]
5500万年前の地層から初期直尾猿類の化石を報告した論文。この猿は初期のメガネザルの仲間らしい。これからメガネザルと真猿類(旧世界猿と類人猿)の分岐年代が5500万年以上前に遡る可能性が高くなった。

2013年6月24日月曜日

ゲノム解読論文まとめ(3)

脊椎動物特集。

Genome of the Chinese tree shrew
Fan Y, Huang ZY, Cao CC, Chen CS, Chen YX, Fan DD, He J, Hou HL, Hu L, Hu XT, Jiang XT, Lai R, Lang YS, Liang B, Liao SG, Mu D, Ma YY, Niu YY, Sun XQ, Xia JQ, Xiao J, Xiong ZQ, Xu L, Yang L, Zhang Y, Zhao W, Zhao XD, Zheng YT, Zhou JM, Zhu YB, Zhang GJ, Wang J, Yao YG.
Nat Commun. 2013 Feb 5;4:1426. doi: 10.1038/ncomms2416.
PMID: 23385571 [PubMed - in process]
中国産ツパイ (Tupaia belangeri chinensis) のゲノム報告論文。転移因子の解析の部分はかなり怪しいがとりあえずAluが多くない事は確からしい。

Genomic Diversity and Evolution of the Head Crest in the Rock Pigeon
Shapiro MD, Kronenberg Z, Li C, Domyan ET, Pan H, Campbell M, Tan H, Huff CD, Hu H, Vickrey AI, Nielsen SC, Stringham SA, Hu H, Willerslev E, Gilbert MT, Yandell M, Zhang G, Wang J.
Science. 2013 Mar 1;339(6123):1063-7. doi: 10.1126/science.1230422. Epub 2013 Jan 31.
PMID: 23371554 [PubMed - indexed for MEDLINE]
ドバト(カワラバト)のゲノム報告論文。EphB2という遺伝子がとさかの形成に寄与しているらしく、この遺伝子の変異が進化の過程で一度だけ起こった事が示唆されている。

Sequencing of the sea lamprey (Petromyzon marinus) genome provides insights into vertebrate evolution.
Smith JJ, Kuraku S, Holt C, Sauka-Spengler T, Jiang N, Campbell MS, Yandell MD, Manousaki T, Meyer A, Bloom OE, Morgan JR, Buxbaum JD, Sachidanandam R, Sims C, Garruss AS, Cook M, Krumlauf R, Wiedemann LM, Sower SA, Decatur WA, Hall JA, Amemiya CT, Saha NR, Buckley KM, Rast JP, Das S, Hirano M, McCurley N, Guo P, Rohner N, Tabin CJ, Piccinelli P, Elgar G, Ruffier M, Aken BL, Searle SM, Muffato M, Pignatelli M, Herrero J, Jones M, Brown CT, Chung-Davidson YW, Nanlohy KG, Libants SV, Yeh CY, McCauley DW, Langeland JA, Pancer Z, Fritzsch B, de Jong PJ, Zhu B, Fulton LL, Theising B, Flicek P, Bronner ME, Warren WC, Clifton SW, Wilson RK, Li W.
Nat Genet. 2013 Apr;45(4):415-21. doi: 10.1038/ng.2568. Epub 2013 Feb 24.
PMID: 23435085 [PubMed - in process]
円口類ウミヤツメのゲノム報告論文。反復配列はほとんど解析されていません。

The genome of the platyfish, Xiphophorus maculatus, provides insights into evolutionary adaptation and several complex traits
Schartl M, Walter RB, Shen Y, Garcia T, Catchen J, Amores A, Braasch I, Chalopin D, Volff JN, Lesch KP, Bisazza A, Minx P, Hillier L, Wilson RK, Fuerstenberg S, Boore J, Searle S, Postlethwait JH, Warren WC.
Nat Genet. 2013 Mar 31. doi: 10.1038/ng.2604. [Epub ahead of print]
PMID: 23542700 [PubMed - as supplied by publisher]
プラティのゲノム報告論文。

The zebrafish reference genome sequence and its relationship to the human genome
Howe K, Clark MD, Torroja CF, Torrance J, Berthelot C, Muffato M, Collins JE, Humphray S, McLaren K, Matthews L, McLaren S, Sealy I, Caccamo M, Churcher C, Scott C, Barrett JC, Koch R, Rauch GJ, White S, Chow W, Kilian B, Quintais LT, Guerra-Assunção JA, Zhou Y, Gu Y, Yen J, Vogel JH, Eyre T, Redmond S, Banerjee R, Chi J, Fu B, Langley E, Maguire SF, Laird GK, Lloyd D, Kenyon E, Donaldson S, Sehra H, Almeida-King J, Loveland J, Trevanion S, Jones M, Quail M, Willey D, Hunt A, Burton J, Sims S, McLay K, Plumb B, Davis J, Clee C, Oliver K, Clark R, Riddle C, Eliott D, Threadgold G, Harden G, Ware D, Mortimer B, Kerry G, Heath P, Phillimore B, Tracey A, Corby N, Dunn M, Johnson C, Wood J, Clark S, Pelan S, Griffiths G, Smith M, Glithero R, Howden P, Barker N, Stevens C, Harley J, Holt K, Panagiotidis G, Lovell J, Beasley H, Henderson C, Gordon D, Auger K, Wright D, Collins J, Raisen C, Dyer L, Leung K, Robertson L, Ambridge K, Leongamornlert D, McGuire S, Gilderthorp R, Griffiths C, Manthravadi D, Nichol S, Barker G, Whitehead S, Kay M, Brown J, Murnane C, Gray E, Humphries M, Sycamore N, Barker D, Saunders D, Wallis J, Babbage A, Hammond S, Mashreghi-Mohammadi M, Barr L, Martin S, Wray P, Ellington A, Matthews N, Ellwood M, Woodmansey R, Clark G, Cooper J, Tromans A, Grafham D, Skuce C, Pandian R, Andrews R, Harrison E, Kimberley A, Garnett J, Fosker N, Hall R, Garner P, Kelly D, Bird C, Palmer S, Gehring I, Berger A, Dooley CM, Ersan-Ürün Z, Eser C, Geiger H, Geisler M, Karotki L, Kirn A, Konantz J, Konantz M, Oberländer M, Rudolph-Geiger S, Teucke M, Osoegawa K, Zhu B, Rapp A, Widaa S, Langford C, Yang F, Carter NP, Harrow J, Ning Z, Herrero J, Searle SM, Enright A, Geisler R, Plasterk RH, Lee C, Westerfield M, de Jong PJ, Zon LI, Postlethwait JH, Nüsslein-Volhard C, Hubbard TJ, Roest Crollius H, Rogers J, Stemple DL.
Nature. 2013 Apr 25;496(7446):498-503. doi: 10.1038/nature12111. Epub 2013 Apr 17.
PMID: 23594743 [PubMed - indexed for MEDLINE]
ゼブラフィッシュのゲノム報告論文。概要配列が公開されてからずいぶんとかかっています。ようやくといった感じですね。転移因子ではDNAトランスポゾンが特に多いという報告。といっても転移因子ののレベルの低さはひどすぎる...何もわかっていない人が書くとこうなるという悪い見本です。

2013年6月21日金曜日

ゲノム解読論文まとめ(2)

今回は高等植物特集。

A draft genome sequence of the pulse crop chickpea (Cicer arietinum L.).
Jain M, Misra G, Patel RK, Priya P, Jhanwar S, Khan AW, Shah N, Singh VK, Garg R, Jeena G, Yadav M, Kant C, Sharma P, Yadav G, Bhatia S, Tyagi AK, Chattopadhyay D.
Plant J. 2013 Mar 12. doi: 10.1111/tpj.12173. [Epub ahead of print]
PMID: 23489434 [PubMed - as supplied by publisher]
ヒヨコマメのゲノム報告論文。

Whole-genome sequencing of Oryza brachyantha reveals mechanisms underlying Oryza genome evolution.
Chen J, Huang Q, Gao D, Wang J, Lang Y, Liu T, Li B, Bai Z, Luis Goicoechea J, Liang C, Chen C, Zhang W, Sun S, Liao Y, Zhang X, Yang L, Song C, Wang M, Shi J, Liu G, Liu J, Zhou H, Zhou W, Yu Q, An N, Chen Y, Cai Q, Wang B, Liu B, Min J, Huang Y, Wu H, Li Z, Zhang Y, Yin Y, Song W, Jiang J, Jackson SA, Wing RA, Wang J, Chen M.
Nat Commun. 2013;4:1595. doi: 10.1038/ncomms2596.
PMID: 23481403 [PubMed - in process]
野生の稲のゲノム報告論文。

The draft genome of the fast-growing non-timber forest species moso bamboo (Phyllostachys heterocycla)
Peng Z, Lu Y, Li L, Zhao Q, Feng Q, Gao Z, Lu H, Hu T, Yao N, Liu K, Li Y, Fan D, Guo Y, Li W, Lu Y, Weng Q, Zhou C, Zhang L, Huang T, Zhao Y, Zhu C, Liu X, Yang X, Wang T, Miao K, Zhuang C, Cao X, Tang W, Liu G, Liu Y, Chen J, Liu Z, Yuan L, Liu Z, Huang X, Lu T, Fei B, Ning Z, Han B, Jiang Z.
Nat Genet. 2013 Apr;45(4):456-61. doi: 10.1038/ng.2569. Epub 2013 Feb 24.
PMID: 23435089 [PubMed - in process]
孟宗竹のゲノム報告論文。

Draft genome of the wheat A-genome progenitor Triticum urartu
Ling HQ, Zhao S, Liu D, Wang J, Sun H, Zhang C, Fan H, Li D, Dong L, Tao Y, Gao C, Wu H, Li Y, Cui Y, Guo X, Zheng S, Wang B, Yu K, Liang Q, Yang W, Lou X, Chen J, Feng M, Jian J, Zhang X, Luo G, Jiang Y, Liu J, Wang Z, Sha Y, Zhang B, Wu H, Tang D, Shen Q, Xue P, Zou S, Wang X, Liu X, Wang F, Yang Y, An X, Dong Z, Zhang K, Zhang X, Luo MC, Dvorak J, Tong Y, Wang J, Yang H, Li Z, Wang D, Zhang A, Wang J.
Nature. 2013 Apr 4;496(7443):87-90. doi: 10.1038/nature11997. Epub 2013 Mar 24.
PMID: 23535596 [PubMed - indexed for MEDLINE]
コムギのAゲノムの起源であるウラルツコムギのゲノム報告論文。

Aegilops tauschii draft genome sequence reveals a gene repertoire for wheat adaptation
Jia J, Zhao S, Kong X, Li Y, Zhao G, He W, Appels R, Pfeifer M, Tao Y, Zhang X, Jing R, Zhang C, Ma Y, Gao L, Gao C, Spannagl M, Mayer KF, Li D, Pan S, Zheng F, Hu Q, Xia X, Li J, Liang Q, Chen J, Wicker T, Gou C, Kuang H, He G, Luo Y, Keller B, Xia Q, Lu P, Wang J, Zou H, Zhang R, Xu J, Gao J, Middleton C, Quan Z, Liu G, Wang J; International Wheat Genome Sequencing Consortium, Yang H, Liu X, He Z, Mao L, Wang J.
Nature. 2013 Apr 4;496(7443):91-5. doi: 10.1038/nature12028. Epub 2013 Mar 24.
PMID: 23535592 [PubMed - indexed for MEDLINE]
コムギのDゲノムの起源であるタルホコムギのゲノム報告論文。ゲノムの66%が転移因子由来で、特に3−400万年前に増幅したと報告されています。