2011年1月31日月曜日

南京虫

昨日新聞を読んでいたところ、南京虫(トコジラミ)がMountain View市にもついにやって来たという記事が...

南京虫は英名bedbug、学名はCimex lectularius。半翅目の昆虫です。半翅目には非常に栄養の偏った食生活をおくる昆虫が多く所属しています。トコジラミもその一種で血液だけを餌にしています。刺されるととてもかゆいらしいので今のところ私は被害に遭っていないようです。

タイミング良く(?)トコジラミのtranscriptomeの論文が出ていました。
Transcriptomics of the Bed Bug (Cimex lectularius)
Bai X, Mamidala P, Rajarapu SP, Jones SC, Mittapalli O
PLoS ONE 2011. 6(1): e16336. doi:10.1371/journal.pone.0016336

他に南京虫の共生細菌の論文を1つ紹介。
Wolbachia as a bacteriocyte-associated nutritional mutualist.
Hosokawa T, Koga R, Kikuchi Y, Meng XY, Fukatsu T.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2010 Jan 12;107(2):769-74. Epub 2009 Dec 22.
今回は論文を読んでいないので、産総研のプレスリリースを参照してください。

2011年1月30日日曜日

転移因子から転写因子へ:DAYSLEEPER, FHY3, and FAR1

ホームページに記事を追加しました。
今回紹介する論文は、植物のトランスポゾンに由来する3つの転写因子の話です。
ゲノム解読の進展に伴い、転移因子のコードするタンパク質に良く似た遺伝子があり、自然選択を受けている例が多く報告されてきています。しかし、機能まで報告があるのはテロメラーゼやRAG1など、そのごく一部です。最近これらの例を勉強しているので機会を見てホームページにアップしていきたいと思います。

2011年1月29日土曜日

American Coot & American Wigeon

2011/01/22 at Alviso

American Coot Fulica americana(黒い体に白い嘴の鳥たち)とAmerican Wigeon Anas americana(♂)(中央の茶色い体に青い嘴の鳥とその類)
American Cootは和名アメリカオオバン、ツル目クイナ科。
American Wigeonは和名アメリカヒドリ、カモ目カモ科。外見通りマガモに近縁。
ツルとカモは全く違うグループですが、泳いでいるのを見るととても良く似ていて気づきませんでした。確かにCootは嘴がとがっていて、陸に上がるとクイナの歩き方をするのでカモとははっきりと区別できます。
Cootが潜って捕った餌をWigeonが横取りする様子を眺めながら。

2011年1月27日木曜日

Turkey Vulture

2011/01/22 at Alviso

Beginner's luck第2弾。
前回のGolden Eagleに引き続きAlvisoのDon Edwards Environment Education Centerに向かう途中に猛禽を発見しました。
Turkey Vulture Cathartes aura
和名ヒメコンドル、タカ目コンドル科。
このTurkey Vultureは轢死したスカンクの死骸を狙ってやって来た奴です。食事のお預けをさせてしまいました。

2011年1月26日水曜日

retrovirology学会

BMCのメーリングリストからの情報。

Frontiers of retrovirology:
Complex retroviruses, retroelements and their hosts

が2011/10/03(月)-10/05(水)までオランダ アムステルダムで開催されます。
レトロウイルス中心ですが、レトロトランスポゾンの話もあるようです。

2009年に開催された前回の学会のHPはこちら

2011年1月25日火曜日

All About Owls

1/22にDon Edwards San Francisco Bay National Wildlife RefugeのEnviromental Education Centerに再び出かけ、"All About Owls"と題されたクラスに参加してきました。ぬいぐるみとスライドを利用した講義は子供にもわかるものでなかなか興味深いものでした。
この辺りで見られるフクロウは、主なものが、Great Horned Owl(Bubo virginianus), Western Screech-Owl(Megascops kennicottii), Barn Owl(Tyto alba), Burrowing Owl(Athene cunicularia)の4種。あまり一般的でないものに、Northern Pygmy Owl(Glaucidium gnoma)とSaw-whet Owl(Aegolius acadicus)。だそうです。
講義の後はフクロウの吐き出したペレット(糞ではない)の解体。ペレットはほとんどが獣の毛と骨。担当したペレットはネズミの頭蓋骨が出てきたので、ネズミの骨と毛だったようです。ペレットはCenterのドアのすぐ外に落ちていたりと、フクロウが適当に吐き落として行くようです。

2011年1月24日月曜日

植物ゲノム解読

エゾヘビイチゴのゲノム解読。イチゴの原種。
The genome of woodland strawberry (Fragaria vesca)
Shulaev V, Sargent DJ, Crowhurst RN, Mockler TC, Folkerts O, Delcher AL, Jaiswal P, Mockaitis K, Liston A, Mane SP, Burns P, Davis TM, Slovin JP, Bassil N, Hellens RP, Evans C, Harkins T, Kodira C, Desany B, Crasta OR, Jensen RV, Allan AC, Michael TP, Setubal JC, Celton JM, Rees DJ, Williams KP, Holt SH, Rojas JJ, Chatterjee M, Liu B, Silva H, Meisel L, Adato A, Filichkin SA, Troggio M, Viola R, Ashman TL, Wang H, Dharmawardhana P, Elser J, Raja R, Priest HD, Bryant DW Jr, Fox SE, Givan SA, Wilhelm LJ, Naithani S, Christoffels A, Salama DY, Carter J, Girona EL, Zdepski A, Wang W, Kerstetter RA, Schwab W, Korban SS, Davik J, Monfort A, Denoyes-Rothan B, Arus P, Mittler R, Flinn B, Aharoni A, Bennetzen JL, Salzberg SL, Dickerman AW, Velasco R, Borodovsky M, Veilleux RE, Folta KM.
Nat Genet. 2011 Feb;43(2):109-16. Epub 2010 Dec 26.

転移因子の多くはLTR retrotransposon。次いでCACTA(EnSpm)、hATと続く。

カカオノキのゲノム解読。チョコレートの原料。
The genome of Theobroma cacao
Argout X, Salse J, Aury JM, Guiltinan MJ, Droc G, Gouzy J, Allegre M, Chaparro C, Legavre T, Maximova SN, Abrouk M, Murat F, Fouet O, Poulain J, Ruiz M, Roguet Y, Rodier-Goud M, Barbosa-Neto JF, Sabot F, Kudrna D, Ammiraju JS, Schuster SC, Carlson JE, Sallet E, Schiex T, Dievart A, Kramer M, Gelley L, Shi Z, Bérard A, Viot C, Boccara M, Risterucci AM, Guignon V, Sabau X, Axtell MJ, Ma Z, Zhang Y, Brown S, Bourge M, Golser W, Song X, Clement D, Rivallan R, Tahi M, Akaza JM, Pitollat B, Gramacho K, D'Hont A, Brunel D, Infante D, Kebe I, Costet P, Wing R, McCombie WR, Guiderdoni E, Quetier F, Panaud O, Wincker P, Bocs S, Lanaud C.
Nat Genet. 2011 Feb;43(2):101-8. Epub 2010 Dec 26.

やはり一番多い転移因子はLTR retrotransposon。3番目に多い転移因子がMuDRに属す。

2011年1月21日金曜日

ugly bug contest

Scientific American 60 Seconds Science 2009/11/13号より。

アリゾナ州立大学と北アリゾナ大学で"最も醜い"虫コンテストを毎年やっているそうです。醜いかどうかはさておき、モデル昆虫が多く含まれていることから、特に面白い昆虫を探してきたと言うよりも一般的な昆虫に興味を持ってもらうための企画なのでしょう。

2010年の候補の英名を訳しておきます。和名が無いものが多いので適当に何の仲間かだけでも。
assassin bug:サシガメ
earwig:ハサミムシForficula auricularia(サイトにはForficulina auriculariaとあるがおそらく誤り。)
flour beetle:コクヌストモドキTribolium confusum
fruit fly:ショウジョウバエDrosophila melanogaster
house cricket:ヨーロッパイエコオロギAcheta domesticus
house fly:イエバエMusca domestica
jewel wasp:寄生蜂の仲間Nasonia vitripennis
male ant:雄のアリHarpegnathos saltator
milkweed bug:カメムシの一種Oncopeltus fasciatus
yellow dragonfly:トンボの一種

このうち、D. melanogasterN. vitripennisH. saltatorはゲノム解読が終了したモデル昆虫ですし、T. confusumT. castaneumの近縁種です。ちなみに私は昔実験で、F. auriculariaA. domesticusを使ったことがあるので、なんとなく親しみがあります。

2011年1月20日木曜日

繊毛虫の大核形成

ホームページを更新しました。
今回の記事は、繊毛虫の大核形成に転移因子の転移酵素が遺伝子化して関わっているという話です。昔から転移因子と大核形成の関係はコメントされてきましたが、直接的な関係を示した論文が発表されたのは一昨年からです。ただし、Nowackiらの論文は転移因子が切り出されないと大核形成がうまく進まないことを示してはいますが、転移因子の大核形成へのcontributionを示しているとは必ずしも言えません。なので上の2本の論文がでた昨年からわかってきたと言ってもよさそうです。上の2つの論文は綺麗に転移酵素由来遺伝子(おそらくorthologの関係)が大核形成に寄与することを示しています。

PiggyMac, a domesticated piggyBac transposase involved in programmed genome rearrangements in the ciliate Paramecium tetraurelia.
Baudry C, Malinsky S, Restituito M, Kapusta A, Rosa S, Meyer E, Bétermier M.
Genes Dev. 2009 Nov 1;23(21):2478-83. PubMed PMID: 19884254

A domesticated piggyBac transposase plays key roles in heterochromatin dynamics and DNA cleavage during programmed DNA deletion in Tetrahymena thermophila.
Cheng CY, Vogt A, Mochizuki K, Yao MC.
Mol Biol Cell. 2010 May 15;21(10):1753-62. Epub 2010 Mar 31.

A functional role for transposases in a large eukaryotic genome.
Nowacki M, Higgins BP, Maquilan GM, Swart EC, Doak TG, Landweber LF.
Science. 2009 May 15;324(5929):935-8. Epub 2009 Apr 16. PubMed PMID: 19372392.

2011年1月19日水曜日

Jurassic Park

高校時代に映画館で見た記憶がある今や古典的SF映画。
原作が1990年、映画が1993年というからかれこれ20年前のものだが、見直すと実に時代を先取りした内容。もちろんいろいろと科学的におかしな点はあるのだが、実現可能に見えるようにうまく構成されている。恐竜のDNAの破片をつなぎ合わせるのに遠縁のカエルのDNAを使うのは性転換の複線なのだろうが、おそらく雌しかいない環境で起こるのは性転換よりは単為生殖だろう。実際、爬虫類では単為生殖が確認されていることだし。

2011年1月18日火曜日

Spring has come! (2)

シリコンバレーに春がやってきました。桜の花が咲き始めました。日本の桜、いわゆるソメイヨシノなどとは違いますが、桜の仲間です。

2011年1月17日月曜日

Spring has come! (1)

シリコンバレーに春がやってきました。菜の花が満開です。

2011年1月14日金曜日

Penguin Chick

先日Monterey Bay Aquariumからペンギンの赤ちゃんが生まれたというメールが来ました。
Our First Penguin Chick!
Monterey Bay Aquariumではペンギンの赤ちゃんが生まれたのは初めてだそうです。もっと生まれやすいものだと思っていたのですが...とWikipediaを見てみたら日本のペンギン飼育は非常に進んでいるようです。

ケープペンギンは学名Spheniscus demersus。英名はAfrican PenguinあるいはBlack-footed Penguin。
同属には、他に
フンボルトペンギンSpheniscus humboldti
ガラパゴスペンギンSpheniscus mendiculus
マゼランペンギンSpheniscus magellanicus がいます。

2011年1月13日木曜日

Leishmania

独立問題に揺れるスーダンでリーシュマニア症が流行しているそうです。
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20110113-00000027-jij-int
LeishmaniaTrypanosomaに近縁な原生生物で、内臓リーシュマニア症、皮膚リーシュマニア症などの病気を引き起こす寄生虫です。これらの寄生虫はマラリア原虫などと並ぶ重要な風土病の病原体なので、ゲノム解析も重点的に進行しています。

Trypanosoma brucei(睡眠病):Science 309(5733):416-22, 2005
Trypanosoma cruzi(シャガス病):Science 309(5733):409-15, 2005
Leishmania major(皮膚リーシュマニア症):Science 309(5733):436-42, 2005
Leishmania infantum(内臓リーシュマニア症):Nat Genet 39(7):839-47, 2007
Leishmania braziliensis(皮膚リーシュマニア症):Nat Genet 39(7):839-47, 2007

同時に自然界のベクターとなる媒介昆虫のゲノム解析も進行しています。
Glossina morsitans(ツェツェバエ、T. bruceiの媒介昆虫)
Rhodnius prolixus(サシガメの一種、T. cruziの媒介昆虫)
Phlebotomus papatasi(サシチョウバエの一種、L. majorの媒介昆虫)

また、Lutzomyia longipalpis(サシチョウバエの一種、L. braziliensisの媒介昆虫)でもEST解析が進行中です。これらの解析が予防や治療に結びつくと良いのですが。

2011年1月12日水曜日

問診票の英語

問診票の医学英語のメモ。歯医者の問診票用に調べた物です。

器官の英単語
cardiovascular:心臓と循環器系の
heart valve:心臓の弁
joint:関節
sinus:副鼻腔洞
gastrointestinal:胃腸の
thyroid:甲状腺
neurological:神経の

病気・症状の英単語
disease:病気
disorder:不調、障害、疾患
defect:欠陥、欠乏、不足
infection:感染
angina (angina pectoris): 狭心症
arteriosclerosis:動脈硬化
congestive:鬱(うっ)血の
endocarditis:心内膜炎
heart attack:心臓発作、心筋梗塞
heart murmur:心雑音
low blood pressure:低血圧
high blood pressure:高血圧
rheumatic:リューマチの
anemia:貧血
hemophilia:血友病
arthritis:関節炎
systemic lupus erythematosus:全身性エリテマトーデス
asthma:(気管支)喘息
bronchitis:気管支炎
emphysema:肺気腫
tuberculosis:結核
cancer:癌
diabete:糖尿病
eating disorder:摂食障害(拒食症、過食症など)
malnutrition:栄養失調
G.E. (Gastroesophageal) reflux:逆流性食道炎
heartburn:胸やけ
stroke:脳卒中
graucoma:緑内障
hepatitis:肝炎
jaundice:黄疸
epilepsy:てんかん
fainting spells:失神
seizure:(てんかんなどの)発作
night sweat:寝汗
osteoporosis:骨粗鬆(しょう)症.
swollen glands in neck:
headache:頭痛
migraine:偏頭痛
sexually transmitted disease (STD):性行為感染症
excessive urination:大量に尿がでること、頻尿
hypocalcemia:低カルシウム血症
myeloma:ミエローマ
allergic:アレルギーの
hay fever:花粉症
earache:耳痛
sore:ただれたところ、炎症
ulcer:潰瘍
injury:けが、傷害
autoimmune:自己免疫の
cyanotic:チアノーゼ(血中酸素不足)の
bleed:出血する

薬・処置等の英単語
treatment:治療、処置
operation:手術
medication:投薬
antibiotics:抗生物質
local anesthetics:局所麻酔
barbiturates:バルビツール酸塩(鎮痛剤・催眠剤)
sedatives:鎮静剤
sulfa drugs:サルファ剤
codeine:コデイン(鎮痛剤・鎮静剤)
narcotics:麻酔剤、睡眠剤
orthopedic:整形外科の
prosthetic:人工器官の

歯科関係の英単語
dental:歯の、歯医者の
gum:歯肉、歯茎
jaw:あご
periodontal:歯周(病)の
orthodontic:歯列矯正の
fluoridated:(虫歯防止のため)フッ化物が水道水に添加されている
denture:部分義歯
dentures:総入れ歯

その他
chronic:慢性の
recurrent:再発性の、回帰性の
transplanted:(臓器)移植された
pregnant:妊娠中の
nursing:授乳中の

2011年1月11日火曜日

ワムシのIS5様転移因子

論文メモ。

A single-copy IS5-like transposon in the genome of a bdelloid rotifer.
Gladyshev EA, Arkhipova IR.
Mol Biol Evol. 2009 Aug;26(8):1921-9. Epub 2009 May 14. PubMed PMID: 19443853.

ワムシのゲノムからシングルコピーのIS5様転移因子を発見したという論文。IS5は原核生物の転移因子の一群でIS4、ISL2などを含む。真核生物ではHarbinger/PIFとISL2EUの2グループがこのIS5と近縁だが、ワムシのIS5様転移因子はそれらとは異なる系統で原核生物のISL2により近い。このIS5様転移因子が転移酵素をコードしており、変異を蓄積していないこと、転写されていないことが報告されている。とりわけて機能的、進化的に意義があるわけではない論文だが、原核から真核への転移因子の水平伝播の例としては意味があるかもしれない。
この論文では他に、真核のIS5様因子の第3グループとしてTrichomonas vaginalis等から転移因子を発見し、ISL2PRとグループ名をつけている。

2011年1月10日月曜日

内在性レンチウイルス

ホームページに論文紹介をアップ。
レトロウイルスの内、HIVなどの含まれるレンチウイルスもゲノム中に挿入された状態だけで維持されるendogenous retrovirusの形態があることを報告した2本の論文を紹介。

Discovery and analysis of the first endogenous lentivirus.
Katzourakis A, Tristem M, Pybus OG, Gifford RJ.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2007 Apr 10;104(15):6261-5. Epub 2007 Mar 23.

A transitional endogenous lentivirus from the genome of a basal primate and implications for lentivirus evolution.
Gifford RJ, Katzourakis A, Tristem M, Pybus OG, Winters M, Shafer RW.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Dec 23;105(51):20362-7. Epub 2008 Dec 15.

ちなみに彼らのホームページはこちら→Paleovirology

2011年1月8日土曜日

イヌワシ

先日Año Nuevoに行くために割と良い双眼鏡を買ったのでその活用のために、今日は朝からDon Edwards National Wildlife RefugeのEnvironmental Education Centerが開催する野鳥観察会「Beginning Bird Watching」に参加。朝の高速はきつかったが、無事始まる前に会場に到着し、説明を小一時間ほど聞いた後、観察会。Centerのすぐ近くで、鴨(カモ)、鵜(ウ)、鴫(シギ)、鷺(サギ)、鴎(カモメ)、鷭(バン)、鳰(カイツブリ)、ペリカンなどの類を観察。海際なので水鳥がほとんど。あと兎(ウサギ)が一匹。

しかし、今日一番の収穫は行きの車から見たGolden Eagle。学名Aquila chrysaetos、和名はイヌワシ。道路脇の枯れ木に留まっていたのだが、車で近づいても全然動じなかった。後続車が来たのでやむなく移動し、写真は2枚だけ。

2011年1月7日金曜日

Repbase Reports 11(1)

Repbase Reportsの今年の第1号が公開されました。
http://www.girinst.org/2011/vol11/issue1/
この号は最近ゲノムが読まれたCulex quinquefasciatusの特集号です。私はこのうち、LTR retrotransposon以外(主にnon-LTR retrotransposon)を担当しました。
Culex quinquefasciatusは蚊の1種で、フィラリアやウエストナイル熱ウイルスを媒介する害虫です。以前はCulex pipiensの亜種Culex pipiens quinquefasciatusとされていました。 英名がsouthern house mosquitoですが和名はネッタイイエカ。
(注)内容を読むには登録が必要です。登録は無料です。

2011年1月6日木曜日

アルディの全身化石骨

TFT(Todai for tomorrow)のメールから情報を転記。

東京大学総合研究博物館で440万年前の人類Ardipithecus ramidusの最も完全な骨格化石、通称「アルディ」のレプリカが展示公開中です。
特別公開展示 「アルディの全身化石骨」
2010年12月18日(土)〜2011年2月6日(日)

ヒマラヤ・ホットスポット-東京大学ヒマラヤ植物調査50周年展
が同時開催中。
2010年12月18日(土)~2011年2月27日(日)

2011年1月5日水曜日

Bornavirus加筆

年末にホームページにUpした、ゲノムに挿入されたBornavirus関係の論文に見落としがあったので、加筆修正。
抜けていたのは以下の論文。

Endogenous viral elements in animal genomes.
Katzourakis A, Gifford RJ.
PLoS Genet. 2010 Nov 18;6(11):e1001191. PubMed PMID: 21124940; PubMed Central PMCID:PMC2987831.

紹介した3つの論文の中では一番最後に出版された論文ですが、同時に最も網羅的な論文です。この論文を読むとBornavirusのゲノムへの挿入は氷山の一角だということがよくわかります。研究にはやはり流行とか時期とかそういったものがあるらしく、同じことに焦点を当てた研究が同時進行で進んでいるものですね。

2011年1月4日火曜日

野鳥の大量死

野鳥の大量死が話題になっています。
大量死したのはRed-winged Blackbird (Agelaius phoeniceus)だそうです。シリコンバレーでもレストランのテラスで食べ残しを漁っている姿をよく見かけます。ヒトを全然恐れずテーブルにもあがってきます。夏には見かけないのでどこに行っているのか?
性的二型が顕著な種で雄は名前通り黒い体に、翼の上側が赤い。雌は地味な茶褐色。和名はハゴロモカラス。

下は近くのショッピングセンターで撮影した水浴びするBlackbirdたち。

2011年1月3日月曜日

Northern Elephant Seal

有給休暇を取ってAño Nuevo State Preserveへキタゾウアザラシを見に行ってきました。ちなみにAño Nuevoはスペイン語で新年の意味。ぴったりです。
雄は最大で4m、2.3t。平均でも1.8t。
残念ながら雄同士の戦いを見ることは出来ませんでしたが、すごく近づいて見られる野生の巨獣に興奮しまくりでした。

2011年1月1日土曜日

謹賀新年

あけましておめでとうございます。今年は飛躍の年としたいと思います。
卯年なので昨年撮影したウサギの写真をアップしました。


Cottontail rabbit Sylvilagus sp.


Blacktail Jackrabbit Lepus californicus