生物系フリーソフトウェアインストール

私用で使っているMacBook Airが故障し、OSを再インストールした後、アプリケーションを再インストールしました。ちなみにOSはMacOSX 10.7.5 (Lion)。

以下は備忘録代わりのフリーソフトのリスト。

FigTree v.1.4.0
系統樹のビューワー。加工しやすいので重宝している。今回落としたのは、MacOSX executable version。

Mendeley Desktop v.1.9.2
文献管理ソフト。Web上に保存しておけるのは無料版では2GBまでなので以下のToGoDoc Clientと併用している。やがてはEndNoteを代替できるのか期待しているが…

ToGoDocClient v.1.2.5
同じく文献管理ソフト。iPapersが壊れたときに昔のファイルを移行したのでMendeleyと並行して使っている。

Skype v.6.8.0
ウェブ電話ソフト。電話会議やビデオ会議で必要。

DropBox v.2.0.26
クラウド。複数のコンピュータで仕事のファイルを見るために使用。

mi v.2.1.12r3
エディタ。改行なしの表示のためには、TextEditでは代用できないので。改行コード変換にも利用。


Evernote v.5.2.1（App Storeよりダウンロード＆インストール）
なんでも記録ソフト。たまに生物系の論文のニュースなどをクリップする。

ヤガ２種の染色体地図

妻が北海道大学で働いていたときの研究成果がInsect Biochem Mol Biolに発表されました。

FISH identification of Helicoverpa armigera and Mamestra brassicae chromosomes by BAC and fosmid probes
Sahara K, Yoshido A, Shibata F, Fujikawa-Kojima N, Okabe T, Tanaka-Okuyama M, Yasukochi Y.
Insect Biochem Mol Biol. 2013 Apr 28;43(8):644-653. doi: 10.1016/j.ibmb.2013.04.003. [Epub ahead of print]
PMID: 23628856 [PubMed - as supplied by publisher]


鱗翅目昆虫２種オオタバコガHelicoverpa armigeraとヨトウガMamestra brassicae（どちらもヤガの仲間）の染色体をBAC-FISHにより同定した論文。

その他の気になった論文まとめ

Dynamic blastomere behaviour reflects human embryo ploidy by the four-cell stage
Chavez SL, Loewke KE, Han J, Moussavi F, Colls P, Munne S, Behr B, Reijo Pera RA.
Nat Commun. 2012 Dec 4;3:1251. doi: 10.1038/ncomms2249.
PMID: 23212380 [PubMed - in process] Free PMC Article
ヒトの初期胚での染色体異数性と細胞分裂のパラメーターが相関していることを示した論文。

Light-induced electron transfer and ATP synthesis in a carotene synthesizing insect
Valmalette JC, Dombrovsky A, Brat P, Mertz C, Capovilla M, Robichon A.
Sci Rep. 2012;2:579. Epub 2012 Aug 16.
PMID: 22900140 [PubMed - in process] Free PMC Article
カロテノイド合成系の遺伝子がアブラムシのゲノムにコードされている。このカロテノイドはアブラムシの体内で光エネルギーを酸化還元のエネルギーに変換している可能性があるという、ちょっと怪しげだが興味深い論文。

The impact of free-ranging domestic cats on wildlife of the United States
Loss SR, Will T, Marra PP.
Nat Commun. 2013 Jan 29;4:1396. doi: 10.1038/ncomms2380.
PMID: 23360987 [PubMed - in process]
イエネコが野生生物に甚大な被害を与えていることを米国での研究で明らかにした研究。そのほとんどは野良猫によるもの。

Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency
Memczak S, Jens M, Elefsinioti A, Torti F, Krueger J, Rybak A, Maier L, Mackowiak SD, Gregersen LH, Munschauer M, Loewer A, Ziebold U, Landthaler M, Kocks C, le Noble F, Rajewsky N.
Nature. 2013 Mar 21;495(7441):333-8. doi: 10.1038/nature11928. Epub 2013 Feb 27.
PMID: 23446348 [PubMed - indexed for MEDLINE]

Natural RNA circles function as efficient microRNA sponges
Hansen TB, Jensen TI, Clausen BH, Bramsen JB, Finsen B, Damgaard CK, Kjems J.
Nature. 2013 Mar 21;495(7441):384-8. doi: 10.1038/nature11993. Epub 2013 Feb 27.
PMID: 23446346 [PubMed - indexed for MEDLINE]

上記２本の論文では、環状RNAにmiRNA活性を制御することで遺伝子の発現をコントロールする機能が見つかったことを報告している。