今年のRepbase Reports第２号が出版されました。今号では､シロイヌナズナの近縁種Arabidopsis lyrata、イチゴFragaria vesca、ムラサキウニStrongylocentrotus purpuratusの転移因子および反復配列を報告しています｡
また、これまでに配列特異的な挿入しか知られていないnon-LTR retrotransposonのR2の仲間でありながら、配列特異的に挿入されない３種のR2も報告しています。
Repbase Reports Volume 13, Issue 2
Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され､配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。
2013年2月25日月曜日
2013年2月15日金曜日
古生物学論文まとめ
Ediacaran life on land
Retallack GJ.
Nature. 2013 Jan 3;493(7430):89-92. doi: 10.1038/nature11777. Epub 2012 Dec 12.
PMID: 23235827 [PubMed - in process]
原生代最後の時代、エディアカラ紀の多細胞生物が陸上にいたことを示す研究。
Development of teeth and jaws in the earliest jawed vertebrates
Rücklin M, Donoghue PC, Johanson Z, Trinajstic K, Marone F, Stampanoni M.
Nature. 2012 Nov 29;491(7426):748-51. doi: 10.1038/nature11555. Epub 2012 Oct 17.
PMID: 23075852 [PubMed - indexed for MEDLINE]
初期の脊椎動物のグループPlacodermの顎の構造を解析して、顎と歯の初期進化に迫った研究。
A sclerite-bearing stem group entoproct from the early Cambrian and its implications
Zhang Z, Holmer LE, Skovsted CB, Brock GA, Budd GE, Fu D, Zhang X, Shu D, Han J, Liu J, Wang H, Butler A, Li G.
Sci Rep. 2013;3:1066. doi: 10.1038/srep01066. Epub 2013 Jan 17.
PMID: 23336066 [PubMed - in process] Free PMC Article
澄江の地層から見つかった化石の１つが内肛動物（ススコケムシの仲間）であることを示した論文｡
The oldest echinoderm faunas from Gondwana show that echinoderm body plan diversification was rapid
Smith AB, Zamora S, Alvaro JJ.
Nat Commun. 2013 Jan 22;4:1385. doi: 10.1038/ncomms2391.
PMID: 23340425 [PubMed - in process]
棘皮動物の化石をモロッコの地層から見つけ､棘皮動物が5億1000万年前には既に多様化していたことを示した論文｡
Reduced plumage and flight ability of a new Jurassic paravian theropod from China
Godefroit P, Demuynck H, Dyke G, Hu D, Escuillié F, Claeys P.
Nat Commun. 2013 Jan 22;4:1394. doi: 10.1038/ncomms2389.
PMID: 23340434 [PubMed - in process]
ジュラ紀中後期の地層から新しい羽毛恐竜を見つけたことで、当時の羽毛恐竜の多様性を示した論文｡
Retallack GJ.
Nature. 2013 Jan 3;493(7430):89-92. doi: 10.1038/nature11777. Epub 2012 Dec 12.
PMID: 23235827 [PubMed - in process]
原生代最後の時代、エディアカラ紀の多細胞生物が陸上にいたことを示す研究。
Development of teeth and jaws in the earliest jawed vertebrates
Rücklin M, Donoghue PC, Johanson Z, Trinajstic K, Marone F, Stampanoni M.
Nature. 2012 Nov 29;491(7426):748-51. doi: 10.1038/nature11555. Epub 2012 Oct 17.
PMID: 23075852 [PubMed - indexed for MEDLINE]
初期の脊椎動物のグループPlacodermの顎の構造を解析して、顎と歯の初期進化に迫った研究。
A sclerite-bearing stem group entoproct from the early Cambrian and its implications
Zhang Z, Holmer LE, Skovsted CB, Brock GA, Budd GE, Fu D, Zhang X, Shu D, Han J, Liu J, Wang H, Butler A, Li G.
Sci Rep. 2013;3:1066. doi: 10.1038/srep01066. Epub 2013 Jan 17.
PMID: 23336066 [PubMed - in process] Free PMC Article
澄江の地層から見つかった化石の１つが内肛動物（ススコケムシの仲間）であることを示した論文｡
The oldest echinoderm faunas from Gondwana show that echinoderm body plan diversification was rapid
Smith AB, Zamora S, Alvaro JJ.
Nat Commun. 2013 Jan 22;4:1385. doi: 10.1038/ncomms2391.
PMID: 23340425 [PubMed - in process]
棘皮動物の化石をモロッコの地層から見つけ､棘皮動物が5億1000万年前には既に多様化していたことを示した論文｡
Reduced plumage and flight ability of a new Jurassic paravian theropod from China
Godefroit P, Demuynck H, Dyke G, Hu D, Escuillié F, Claeys P.
Nat Commun. 2013 Jan 22;4:1394. doi: 10.1038/ncomms2389.
PMID: 23340434 [PubMed - in process]
ジュラ紀中後期の地層から新しい羽毛恐竜を見つけたことで、当時の羽毛恐竜の多様性を示した論文｡
2013年2月13日水曜日
昆虫の遺伝子組換えを目で見て判定できる優性マーカー
友人の論文の日本語要旨が公開されていたので紹介。
昆虫の遺伝子組換えを目で見て判定できる優性マーカー
原著論文は以下。
A visible dominant marker for insect transgenesis
Osanai-Futahashi M, Ohde T, Hirata J, Uchino K, Futahashi R, Tamura T, Niimi T, Sezutsu H.
Nat Commun. 2012;3:1295. doi: 10.1038/ncomms2312.
PMID: 23250425 [PubMed - in process] Free PMC Article
昆虫の遺伝子組換えを目で見て判定できる優性マーカー
原著論文は以下。
A visible dominant marker for insect transgenesis
Osanai-Futahashi M, Ohde T, Hirata J, Uchino K, Futahashi R, Tamura T, Niimi T, Sezutsu H.
Nat Commun. 2012;3:1295. doi: 10.1038/ncomms2312.
PMID: 23250425 [PubMed - in process] Free PMC Article
2013年2月12日火曜日
Repbase Reports 13(1)
今年最初のRepbase Reportsが出版されました。今号では､カモノハシOrnithorhynchus anatinus、グリーンアノールAnolis carolinensis、マガキCrassostrea gigas、イネの真菌性病原体のPuccinia graminis、イチゴFragaria vescaの転移因子および反復配列を報告しています｡
また、線虫C. elegansで報告されている、spliced leader exonに特異的に挿入されるnon-LTR retrotransposonのNeSL、回虫類で報告されている28S ribosomal RNA geneに特異的に挿入されるnon-LTR retrotransposonのR4を他の線虫から報告しています。
Repbase Reports Volume 13, Issue 1
Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され､配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。
また、線虫C. elegansで報告されている、spliced leader exonに特異的に挿入されるnon-LTR retrotransposonのNeSL、回虫類で報告されている28S ribosomal RNA geneに特異的に挿入されるnon-LTR retrotransposonのR4を他の線虫から報告しています。
Repbase Reports Volume 13, Issue 1
Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され､配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。
2013年2月8日金曜日
ゲノム解読論文まとめ
Repeated polyploidization of Gossypium genomes and the evolution of spinnable cotton fibres
Paterson AH, Wendel JF, Gundlach H, Guo H, Jenkins J, Jin D, Llewellyn D, Showmaker KC, Shu S, Udall J, Yoo MJ, Byers R, Chen W, Doron-Faigenboim A, Duke MV, Gong L, Grimwood J, Grover C, Grupp K, Hu G, Lee TH, Li J, Lin L, Liu T, Marler BS, Page JT, Roberts AW, Romanel E, Sanders WS, Szadkowski E, Tan X, Tang H, Xu C, Wang J, Wang Z, Zhang D, Zhang L, Ashrafi H, Bedon F, Bowers JE, Brubaker CL, Chee PW, Das S, Gingle AR, Haigler CH, Harker D, Hoffmann LV, Hovav R, Jones DC, Lemke C, Mansoor S, ur Rahman M, Rainville LN, Rambani A, Reddy UK, Rong JK, Saranga Y, Scheffler BE, Scheffler JA, Stelly DM, Triplett BA, Van Deynze A, Vaslin MF, Waghmare VN, Walford SA, Wright RJ, Zaki EA, Zhang T, Dennis ES, Mayer KF, Peterson DG, Rokhsar DS, Wang X, Schmutz J.
Nature. 2012 Dec 20;492(7429):423-7. doi: 10.1038/nature11798.
PMID: 23257886 [PubMed - in process]
綿のゲノムをシーケンスし､綿の性質の変化が何に起因しているのかを解析した研究｡綿は過去に倍数化を繰り返した結果､被子植物の祖先の30-36倍体に相当しており、由来の異なるゲノムの間の相同組み換えが綿の性質が大きく変わる場合に貢献していることを示している｡
The genome of Prunus mume
Zhang Q, Chen W, Sun L, Zhao F, Huang B, Yang W, Tao Y, Wang J, Yuan Z, Fan G, Xing Z, Han C, Pan H, Zhong X, Shi W, Liang X, Du D, Sun F, Xu Z, Hao R, Lv T, Lv Y, Zheng Z, Sun M, Luo L, Cai M, Gao Y, Wang J, Yin Y, Xu X, Cheng T, Wang J.
Nat Commun. 2012 Dec 27;3:1318. doi: 10.1038/ncomms2290.
PMID: 23271652 [PubMed - in process] Free PMC Article
梅のゲノムを次世代シーケンサーで読んだ研究。
The draft genome of the carcinogenic human liver fluke Clonorchis sinensis.
Wang X, Chen W, Huang Y, Sun J, Men J, Liu H, Luo F, Guo L, Lv X, Deng C, Zhou C, Fan Y, Li X, Huang L, Hu Y, Liang C, Hu X, Xu J, Yu X.
Genome Biol. 2011 Oct 24;12(10):R107. [Epub ahead of print]
肝吸虫（肝臓ジストマ）のゲノムを解析した論文｡
Comparative Analysis of Bat Genomes Provides Insight into the Evolution of Flight and Immunity
Zhang G, Cowled C, Shi Z, Huang Z, Bishop-Lilly KA, Fang X, Wynne JW, Xiong Z, Baker ML, Zhao W, Tachedjian M, Zhu Y, Zhou P, Jiang X, Ng J, Yang L, Wu L, Xiao J, Feng Y, Chen Y, Sun X, Zhang Y, Marsh GA, Crameri G, Broder CC, Frey KG, Wang LF, Wang J.
Science. 2013 Jan 25;339(6118):456-60. doi: 10.1126/science.1230835. Epub 2012 Dec 20.
PMID: 23258410 [PubMed - in process]
様々な有害な病原体の宿主となりうるコウモリの仲間2種（Pteropus alecto, Myotis davidii）のゲノムを比較解析した論文｡DNA damage checkpointとnuclear factor κB pathwaysの遺伝子群での正の自然選択が空を飛ぶことの起源に関係しているらしい｡
Insights into bilaterian evolution from three spiralian genomes
Simakov O, Marletaz F, Cho SJ, Edsinger-Gonzales E, Havlak P, Hellsten U, Kuo DH, Larsson T, Lv J, Arendt D, Savage R, Osoegawa K, de Jong P, Grimwood J, Chapman JA, Shapiro H, Aerts A, Otillar RP, Terry AY, Boore JL, Grigoriev IV, Lindberg DR, Seaver EC, Weisblat DA, Putnam NH, Rokhsar DS.
Nature. 2013 Jan 24;493(7433):526-31. doi: 10.1038/nature11696. Epub 2012 Dec 19.
PMID: 23254933 [PubMed - in process]
環輪動物3種、軟体動物のLottia gigantea、環形動物のCapitella teletaとHelobdella robustaのゲノムを解析、比較した論文｡まとめて1つの論文になるとは意外です。
Paterson AH, Wendel JF, Gundlach H, Guo H, Jenkins J, Jin D, Llewellyn D, Showmaker KC, Shu S, Udall J, Yoo MJ, Byers R, Chen W, Doron-Faigenboim A, Duke MV, Gong L, Grimwood J, Grover C, Grupp K, Hu G, Lee TH, Li J, Lin L, Liu T, Marler BS, Page JT, Roberts AW, Romanel E, Sanders WS, Szadkowski E, Tan X, Tang H, Xu C, Wang J, Wang Z, Zhang D, Zhang L, Ashrafi H, Bedon F, Bowers JE, Brubaker CL, Chee PW, Das S, Gingle AR, Haigler CH, Harker D, Hoffmann LV, Hovav R, Jones DC, Lemke C, Mansoor S, ur Rahman M, Rainville LN, Rambani A, Reddy UK, Rong JK, Saranga Y, Scheffler BE, Scheffler JA, Stelly DM, Triplett BA, Van Deynze A, Vaslin MF, Waghmare VN, Walford SA, Wright RJ, Zaki EA, Zhang T, Dennis ES, Mayer KF, Peterson DG, Rokhsar DS, Wang X, Schmutz J.
Nature. 2012 Dec 20;492(7429):423-7. doi: 10.1038/nature11798.
PMID: 23257886 [PubMed - in process]
綿のゲノムをシーケンスし､綿の性質の変化が何に起因しているのかを解析した研究｡綿は過去に倍数化を繰り返した結果､被子植物の祖先の30-36倍体に相当しており、由来の異なるゲノムの間の相同組み換えが綿の性質が大きく変わる場合に貢献していることを示している｡
The genome of Prunus mume
Zhang Q, Chen W, Sun L, Zhao F, Huang B, Yang W, Tao Y, Wang J, Yuan Z, Fan G, Xing Z, Han C, Pan H, Zhong X, Shi W, Liang X, Du D, Sun F, Xu Z, Hao R, Lv T, Lv Y, Zheng Z, Sun M, Luo L, Cai M, Gao Y, Wang J, Yin Y, Xu X, Cheng T, Wang J.
Nat Commun. 2012 Dec 27;3:1318. doi: 10.1038/ncomms2290.
PMID: 23271652 [PubMed - in process] Free PMC Article
梅のゲノムを次世代シーケンサーで読んだ研究。
The draft genome of the carcinogenic human liver fluke Clonorchis sinensis.
Wang X, Chen W, Huang Y, Sun J, Men J, Liu H, Luo F, Guo L, Lv X, Deng C, Zhou C, Fan Y, Li X, Huang L, Hu Y, Liang C, Hu X, Xu J, Yu X.
Genome Biol. 2011 Oct 24;12(10):R107. [Epub ahead of print]
肝吸虫（肝臓ジストマ）のゲノムを解析した論文｡
Comparative Analysis of Bat Genomes Provides Insight into the Evolution of Flight and Immunity
Zhang G, Cowled C, Shi Z, Huang Z, Bishop-Lilly KA, Fang X, Wynne JW, Xiong Z, Baker ML, Zhao W, Tachedjian M, Zhu Y, Zhou P, Jiang X, Ng J, Yang L, Wu L, Xiao J, Feng Y, Chen Y, Sun X, Zhang Y, Marsh GA, Crameri G, Broder CC, Frey KG, Wang LF, Wang J.
Science. 2013 Jan 25;339(6118):456-60. doi: 10.1126/science.1230835. Epub 2012 Dec 20.
PMID: 23258410 [PubMed - in process]
様々な有害な病原体の宿主となりうるコウモリの仲間2種（Pteropus alecto, Myotis davidii）のゲノムを比較解析した論文｡DNA damage checkpointとnuclear factor κB pathwaysの遺伝子群での正の自然選択が空を飛ぶことの起源に関係しているらしい｡
Insights into bilaterian evolution from three spiralian genomes
Simakov O, Marletaz F, Cho SJ, Edsinger-Gonzales E, Havlak P, Hellsten U, Kuo DH, Larsson T, Lv J, Arendt D, Savage R, Osoegawa K, de Jong P, Grimwood J, Chapman JA, Shapiro H, Aerts A, Otillar RP, Terry AY, Boore JL, Grigoriev IV, Lindberg DR, Seaver EC, Weisblat DA, Putnam NH, Rokhsar DS.
Nature. 2013 Jan 24;493(7433):526-31. doi: 10.1038/nature11696. Epub 2012 Dec 19.
PMID: 23254933 [PubMed - in process]
環輪動物3種、軟体動物のLottia gigantea、環形動物のCapitella teletaとHelobdella robustaのゲノムを解析、比較した論文｡まとめて1つの論文になるとは意外です。
2013年2月1日金曜日
コケイン症候群とpiggyBac
5年前の論文ですが気になったので紹介。
An abundant evolutionarily conserved CSB-PiggyBac fusion protein expressed in Cockayne syndrome.
Newman JC, Bailey AD, Fan HY, Pavelitz T, Weiner AM.
PLoS Genet. 2008 Mar 21;4(3):e1000031.
コケイン症候群（Cockayne syndrome）はDNA修復の一種、TC-NER(転写に共役したヌクレオチド除去修復)の機能不全が原因で、CSA、CSBの2つの相補群からなる。紫外線への過敏化に加えて､発育不全など発達異常も引き起こす。CSBはSWI/SNF-like DNA-dependent ATPaseである。CSBに関する不思議な性質として､CSBの完全欠損ではコケイン症候群を発症しない。劣性遺伝病なので変異をホモで持たない場合には異常は生じないが､一方で完全にCSB遺伝子を持たない場合にも発達異常は表れない｡弱い紫外線感受性を示すだけである｡また、CSBの点変異（塩基置換とフレームシフト）はエクソン6以降の場合がほとんどである。エクソン5と6の境界はタンパク質にして466番目のアミノ酸に相当する。マウスに、ヒトで見られるCSBの点変異を導入した場合には紫外線への過敏症は認められるが発達異常は顕著ではない。これらの事実はCSBの単純な機能欠損がコケイン症候群を引き起こしているわけではないことを示している｡
An abundant evolutionarily conserved CSB-PiggyBac fusion protein expressed in Cockayne syndrome.
Newman JC, Bailey AD, Fan HY, Pavelitz T, Weiner AM.
PLoS Genet. 2008 Mar 21;4(3):e1000031.
コケイン症候群（Cockayne syndrome）はDNA修復の一種、TC-NER(転写に共役したヌクレオチド除去修復)の機能不全が原因で、CSA、CSBの2つの相補群からなる。紫外線への過敏化に加えて､発育不全など発達異常も引き起こす。CSBはSWI/SNF-like DNA-dependent ATPaseである。CSBに関する不思議な性質として､CSBの完全欠損ではコケイン症候群を発症しない。劣性遺伝病なので変異をホモで持たない場合には異常は生じないが､一方で完全にCSB遺伝子を持たない場合にも発達異常は表れない｡弱い紫外線感受性を示すだけである｡また、CSBの点変異（塩基置換とフレームシフト）はエクソン6以降の場合がほとんどである。エクソン5と6の境界はタンパク質にして466番目のアミノ酸に相当する。マウスに、ヒトで見られるCSBの点変異を導入した場合には紫外線への過敏症は認められるが発達異常は顕著ではない。これらの事実はCSBの単純な機能欠損がコケイン症候群を引き起こしているわけではないことを示している｡
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