2013年3月29日金曜日

進化論文まとめ

Craniofacial development of hagfishes and the evolution of vertebrates
Oisi Y, Ota KG, Kuraku S, Fujimoto S, Kuratani S.
Nature. 2013 Jan 10;493(7431):175-80. doi: 10.1038/nature11794. Epub 2012 Dec 19.
PMID: 23254938 [PubMed - in process]
最も原始的な形質をとどめる脊椎動物の一群であるヌタウナギ類の顎の発達過程を追った研究。ヌタウナギとヤツメウナギが姉妹群であることを発生学的にサポートしている。

Discrete genetic modules are responsible for complex burrow evolution in Peromyscus mice
Weber JN, Peterson BK, Hoekstra HE.
Nature. 2013 Jan 17;493(7432):402-5. doi: 10.1038/nature11816.
PMID: 23325221 [PubMed - in process]
2種のネズミの巣穴の形の違いがわずかな数の対立遺伝子座で制御されていることを示している。「拡張された表現型」を生み出す進化に迫った画期的な研究。

A Y-like social chromosome causes alternative colony organization in fire ants
Nature. 2013 Jan 31;493(7434):664-8. doi: 10.1038/nature11832. Epub 2013 Jan 16.
PMID: 23334415 [PubMed - in process]
アリSolenopsis invictaの、女王を複数持つコロニーと単独のコロニーの違いは、1つの巨大な(13MB)超遺伝子座によって支配されていることを示した論文。この超遺伝子座の対立遺伝子間では組み換えが完全に抑制されている。

A critical transition in leaf evolution facilitated the Cretaceous angiosperm revolution
de Boer HJ, Eppinga MB, Wassen MJ, Dekker SC.
Nat Commun. 2012;3:1221. doi: 10.1038/ncomms2217.
PMID: 23187621 [PubMed - in process] Free PMC Article
葉内の水輸送経路が二酸化炭素輸送経路より短くなったために、白亜紀の被子植物の急速な進化が可能になったことを示した論文。

Developmental evidence for serial homology of the vertebrate jaw and gill arch skeleton
Gillis JA, Modrell MS, Baker CV.
Nat Commun. 2013 Feb 5;4:1436. doi: 10.1038/ncomms2429.
PMID: 23385581 [PubMed - in process]
顎と鰓弓の相同性をDlxの発現パターンの比較から検証した論文。

2013年3月27日水曜日

Repbase Reports 13 (3)

今年のRepbase Reports第3号が出版されました。今号では、マガキCrassostrea gigas、チャイニーズハムスターCricetulus griseus、とムラサキツメクサ(アカツメクサ)Trifolium pratenseの転移因子および反復配列を報告しています。
Repbase Reports Volume 13, Issue 3

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され、配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

2013年3月21日木曜日

CRISPR-Cas systemの論文まとめ

Modulation of CRISPR locus transcription by the repeat-binding protein Cbp1 in Sulfolobus
Deng L, Kenchappa CS, Peng X, She Q, Garrett RA.
Nucleic Acids Res. 2012 Mar 1;40(6):2470-80. Epub 2011 Dec 1.
PMID: 22139923 [PubMed - in process] Free PMC Article
古細菌Sulfolobales類のCbp1 (CRISPR DNA repeat binding protein)の機能を解析した論文。

The Streptococcus thermophilus CRISPR/Cas system provides immunity in Escherichia coli
Sapranauskas R, Gasiunas G, Fremaux C, Barrangou R, Horvath P, Siksnys V.
Nucleic Acids Res. 2011 Nov 1;39(21):9275-82. Epub 2011 Aug 3.
Streptococcus thermophilusのCRISPR/Cas Systemを大腸菌に移植し、機能する事を示した論文。免疫系に必須のタンパク質はCas9だけ。

A Programmable Dual-RNA-Guided DNA Endonuclease in Adaptive Bacterial Immunity.
Jinek M, Chylinski K, Fonfara I, Hauer M, Doudna JA, Charpentier E.
Science. 2012 Aug 17;337(6096):816-21. doi: 10.1126/science.1225829. Epub 2012 Jun 28.
PMID: 22745249 [PubMed - indexed for MEDLINE]
Cas9のHNHヌクレアーゼはRNAに相補的なDNA鎖を切断し、RuvC-like domainは非相補的な鎖を切断することを示した。

Multiplex Genome Engineering Using CRISPR/Cas Systems
Cong L, Ran FA, Cox D, Lin S, Barretto R, Habib N, Hsu PD, Wu X, Jiang W, Marraffini LA, Zhang F.
Science. 2013 Feb 15;339(6121):819-23. doi: 10.1126/science.1231143. Epub 2013 Jan 3.
PMID: 23287718 [PubMed - indexed for MEDLINE]
RNA-Guided Human Genome Engineering via Cas9
Mali P, Yang L, Esvelt KM, Aach J, Guell M, DiCarlo JE, Norville JE, Church GM.
Science. 2013 Feb 15;339(6121):823-6. doi: 10.1126/science.1232033. Epub 2013 Jan 3.
PMID: 23287722 [PubMed - indexed for MEDLINE]

この2本の論文は、原核生物の獲得免疫系CRISPR/Cas Systemsを利用して、ヒト細胞とマウス細胞で、特定のRNA配列に対応するゲノムに変異を加える事に成功したという論文。まだ特異性は低いが、RNAを複数種類加える事で同時に何カ所もの座位に変異を加える事ができる点が有望。

2013年3月19日火曜日

91.泡沫候補ではない?:Endogenous foamy viruses

1年9ヶ月ぶりに新しい記事をホームページに載せました。
「91.泡沫候補ではない?:Endogenous foamy viruses」

「81. Relics of RELIKs:endogenous lentiviruses」では内在性レンチウイルスを発見した論文を紹介しましたが、今回は、内在性フォーミーウイルスを発見した論文を紹介しました。これらの内在性レトロウイルスやレトロウイルスが逆転写したRNAウイルスなどの残骸の解析の仕事は、「paleovirology(古ウイルス学)」と呼ばれています。