2014年4月28日月曜日

Repbase Reports 14(3)

今年のRepbase Reports第3号が出版されました。この号では、ハキリアリ2種(Acromyrmex echinatior, Atta cephalotes、アカシュウカクアリPogonomyrmex barbatus)の転移因子を報告しています。また、テロメア反復配列に特異的に挿入されるレトロトランスポゾンのTRASとSARTをいくつかの節足動物から報告しています。
Repbase Reports Volume 14, Issue 3

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され、配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

2014年3月8日土曜日

Repbase Reports 14(2)

今年のRepbase Reports第2号が出版されました。この号では、アリ2種(アルゼンチンアリLinepithema humile、ヒアリSolenopsis invicta)の転移因子を報告しています。
Repbase Reports Volume 14, Issue 2

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され、配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

2014年3月7日金曜日

Repbase Reports 14(1)

今年のRepbase Reports第1号が出版されました。この号では、紅藻ヤハズツノマタChondrus crispusの転移因子を報告しています。
Repbase Reports Volume 14, Issue 1

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され、配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

2014年1月17日金曜日

紅藻ゲノム論文

The First Symbiont-Free Genome Sequence of Marine Red Alga, Susabi-nori (Pyropia yezoensis).
Nakamura Y, Sasaki N, Kobayashi M, Ojima N, Yasuike M, Shigenobu Y, Satomi M, Fukuma Y, Shiwaku K, Tsujimoto A, Kobayashi T, Nakayama I, Ito F, Nakajima K, Sano M, Wada T, Kuhara S, Inouye K, Gojobori T, Ikeo K.
PLoS One. 2013;8(3):e57122. doi: 10.1371/journal.pone.0057122. Epub 2013 Mar 11.
PMID: 23536760 [PubMed - in process] Free PMC Article
海苔のゲノム報告論文。この海苔は紅藻類。転移因子の報告はなし。

Genome structure and metabolic features in the red seaweed Chondrus crispus shed light on evolution of the Archaeplastida.
Collén J, Porcel B, Carré W, Ball SG, Chaparro C, Tonon T, Barbeyron T, Michel G, Noel B, Valentin K, Elias M, Artiguenave F, Arun A, Aury JM, Barbosa-Neto JF, Bothwell JH, Bouget FY, Brillet L, Cabello-Hurtado F, Capella-Gutiérrez S, Charrier B, Cladière L, Cock JM, Coelho SM, Colleoni C, Czjzek M, Da Silva C, Delage L, Denoeud F, Deschamps P, Dittami SM, Gabaldón T, Gachon CM, Groisillier A, Hervé C, Jabbari K, Katinka M, Kloareg B, Kowalczyk N, Labadie K, Leblanc C, Lopez PJ, McLachlan DH, Meslet-Cladiere L, Moustafa A, Nehr Z, Nyvall Collén P, Panaud O, Partensky F, Poulain J, Rensing SA, Rousvoal S, Samson G, Symeonidi A, Weissenbach J, Zambounis A, Wincker P, Boyen C.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2013 Mar 26;110(13):5247-52. doi: 10.1073/pnas.1221259110. Epub 2013 Mar 15.
PMID: 23503846 [PubMed - indexed for MEDLINE] Free PMC Article
同じく紅藻のヤハズツノマタのゲノム報告論文。この種は大量の転移因子を含んでいる。その一部は既にRepbase Reportsで報告済み。

Genome of the red alga Porphyridium purpureum
Bhattacharya D, Price DC, Xin Chan C, Qiu H, Rose N, Ball S, Weber AP, Cecilia Arias M, Henrissat B, Coutinho PM, Krishnan A, Zäuner S, Morath S, Hilliou F, Egizi A, Perrineau MM, Yoon HS.
Nat Commun. 2013 Jun 17;4:1941. doi: 10.1038/ncomms2931.
PMID: 23770768 [PubMed - in process]
同じく紅藻のPorphyridium purpureumのゲノム報告論文。

2014年1月16日木曜日

ゲノム報告論文(その他)

Pan genome of the phytoplankton Emiliania underpins its global distribution
Read BA, Kegel J, Klute MJ, Kuo A, Lefebvre SC, Maumus F, Mayer C, Miller J, Monier A, Salamov A, Young J, Aguilar M, Claverie JM, Frickenhaus S, Gonzalez K, Herman EK, Lin YC, Napier J, Ogata H, Sarno AF, Shmutz J, Schroeder D, de Vargas C, Verret F, von Dassow P, Valentin K, Van de Peer Y, Wheeler G; Emiliania huxleyi Annotation Consortium, Dacks JB, Delwiche CF, Dyhrman ST, Glöckner G, John U, Richards T, Worden AZ, Zhang X, Grigoriev IV.
Nature. 2013 Jul 11;499(7457):209-13. doi: 10.1038/nature12221. Epub 2013 Jun 12.
PMID: 23760476 [PubMed - indexed for MEDLINE]
円石藻Emiliania huxleyiのゲノム報告論文。

Draft Assembly of the Symbiodinium minutum Nuclear Genome Reveals Dinoflagellate Gene Structure.
Shoguchi E, Shinzato C, Kawashima T, Gyoja F, Mungpakdee S, Koyanagi R, Takeuchi T, Hisata K, Tanaka M, Fujiwara M, Hamada M, Seidi A, Fujie M, Usami T, Goto H, Yamasaki S, Arakaki N, Suzuki Y, Sugano S, Toyoda A, Kuroki Y, Fujiyama A, Medina M, Coffroth MA, Bhattacharya D, Satoh N.
Curr Biol. 2013 Jul 9. doi:pii: S0960-9822(13)00687-8. 10.1016/j.cub.2013.05.062. [Epub ahead of print]
PMID: 23850284 [PubMed - as supplied by publisher]
渦虫藻Symbiodinium minutumのゲノム報告論文。遺伝子が全て同じ方向を向いているというのは面白い。

Genomic evidence for ameiotic evolution in the bdelloid rotifer Adineta vaga
Flot JF, Hespeels B, Li X, Noel B, Arkhipova I, Danchin EG, Hejnol A, Henrissat B, Koszul R, Aury JM, Barbe V, Barthélémy RM, Bast J, Bazykin GA, Chabrol O, Couloux A, Da Rocha M, Da Silva C, Gladyshev E, Gouret P, Hallatschek O, Hecox-Lea B, Labadie K, Lejeune B, Piskurek O, Poulain J, Rodriguez F, Ryan JF, Vakhrusheva OA, Wajnberg E, Wirth B, Yushenova I, Kellis M, Kondrashov AS, Mark Welch DB, Pontarotti P, Weissenbach J, Wincker P, Jaillon O, Van Doninck K.
Nature. 2013 Aug 22;500(7463):453-7. doi: 10.1038/nature12326. Epub 2013 Jul 21.
PMID: 23873043 [PubMed - indexed for MEDLINE]
ヒルガタワムシのゲノム報告論文。無性生殖をする動物として転移因子の挙動が気になります。Arkhipovaのラボが転移因子同定に関わっているので多分しっかり解析されているはず。

The Genome of Anopheles darlingi, the main neotropical malaria vector
Marinotti O, Cerqueira GC, de Almeida LG, Ferro MI, Loreto EL, Zaha A, Teixeira SM, Wespiser AR, Almeida E Silva A, Schlindwein AD, Pacheco AC, Silva AL, Graveley BR, Walenz BP, Lima Bde A, Ribeiro CA, Nunes-Silva CG, de Carvalho CR, Soares CM, de Menezes CB, Matiolli C, Caffrey D, Araújo DA, de Oliveira DM, Golenbock D, Grisard EC, Fantinatti-Garboggini F, de Carvalho FM, Barcellos FG, Prosdocimi F, May G, Azevedo Junior GM, Guimarães GM, Goldman GH, Padilha IQ, Batista Jda S, Ferro JA, Ribeiro JM, Fietto JL, Dabbas KM, Cerdeira L, Agnez-Lima LF, Brocchi M, de Carvalho MO, Teixeira Mde M, Diniz Maia Mde M, Goldman MH, Cruz Schneider MP, Felipe MS, Hungria M, Nicolás MF, Pereira M, Montes MA, Cantão ME, Vincentz M, Rafael MS, Silverman N, Stoco PH, Souza RC, Vicentini R, Gazzinelli RT, Neves Rde O, Silva R, Astolfi-Filho S, Maciel TE, Urményi TP, Tadei WP, Camargo EP, de Vasconcelos AT.
Nucleic Acids Res. 2013 Aug;41(15):7387-400. doi: 10.1093/nar/gkt484. Epub 2013 Jun 12.
PMID: 23761445 [PubMed - indexed for MEDLINE] Free PMC Article
マラリアベクターのAnopheles darlingiのゲノム報告論文。Anopheles gambiaeとは1億年ほど前に分岐した蚊で、新大陸に適応したグループだそうです。反復配列の量はAnopheles gambiaeに比べるとずいぶんと少ない。

The locust genome provides insight into swarm formation and long-distance flight
Wang X, Fang X, Yang P, Jiang X, Jiang F, Zhao D, Li B, Cui F, Wei J, Ma C, Wang Y, He J, Luo Y, Wang Z, Guo X, Guo W, Wang X, Zhang Y, Yang M, Hao S, Chen B, Ma Z, Yu D, Xiong Z, Zhu Y, Fan D, Han L, Wang B, Chen Y, Wang J, Yang L, Zhao W, Feng Y, Chen G, Lian J, Li Q, Huang Z, Yao X, Lv N, Zhang G, Li Y, Wang J, Wang J, Zhu B, Kang L.
Nat Commun. 2014 Jan 14;5:2957. doi: 10.1038/ncomms3957.
PMID: 24423660 [PubMed - in process]
トノサマバッタLocusta migratoriaのゲノム報告論文。6.5GBのゲノムはこれまで読まれた動物ゲノムで最大。この大きさは転移因子の増殖による。

2014年1月9日木曜日

緑色植物ゲノム論文

The high-quality draft genome of peach (Prunus persica) identifies unique patterns of genetic diversity, domestication and genome evolution
The International Peach Genome Initiative, Verde I, Abbott AG, Scalabrin S, Jung S, Shu S, Marroni F, Zhebentyayeva T, Dettori MT, Grimwood J, Cattonaro F, Zuccolo A, Rossini L, Jenkins J, Vendramin E, Meisel LA, Decroocq V, Sosinski B, Prochnik S, Mitros T, Policriti A, Cipriani G, Dondini L, Ficklin S, Goodstein DM, Xuan P, Fabbro CD, Aramini V, Copetti D, Gonzalez S, Horner DS, Falchi R, Lucas S, Mica E, Maldonado J, Lazzari B, Bielenberg D, Pirona R, Miculan M, Barakat A, Testolin R, Stella A, Tartarini S, Tonutti P, Arús P, Orellana A, Wells C, Main D, Vizzotto G, Silva H, Salamini F, Schmutz J, Morgante M, Rokhsar DS.
Nat Genet. 2013 May;45(5):487-94. doi: 10.1038/ng.2586. Epub 2013 Mar 24.
PMID: 23525075 [PubMed - indexed for MEDLINE]
桃のゲノム報告論文。

The Norway spruce genome sequence and conifer genome evolution
Nystedt B, Street NR, Wetterbom A, Zuccolo A, Lin YC, Scofield DG, Vezzi F, Delhomme N, Giacomello S, Alexeyenko A, Vicedomini R, Sahlin K, Sherwood E, Elfstrand M, Gramzow L, Holmberg K, Hällman J, Keech O, Klasson L, Koriabine M, Kucukoglu M, Käller M, Luthman J, Lysholm F, Niittylä T, Olson A, Rilakovic N, Ritland C, Rosselló JA, Sena J, Svensson T, Talavera-López C, Theißen G, Tuominen H, Vanneste K, Wu ZQ, Zhang B, Zerbe P, Arvestad L, Bhalerao R, Bohlmann J, Bousquet J, Garcia Gil R, Hvidsten TR, de Jong P, MacKay J, Morgante M, Ritland K, Sundberg B, Thompson SL, Van de Peer Y, Andersson B, Nilsson O, Ingvarsson PK, Lundeberg J, Jansson S.
Nature. 2013 May 30;497(7451):579-84. doi: 10.1038/nature12211. Epub 2013 May 22.
PMID: 23698360 [PubMed - indexed for MEDLINE]
針葉樹オウシュウトウヒのゲノム報告論文。20GBという巨大なゲノムは最近のゲノム重複によってではなく、LTRレトロトランスポゾンを主とする転移因子の蓄積による。

Architecture and evolution of a minute plant genome
Ibarra-Laclette E, Lyons E, Hernández-Guzmán G, Pérez-Torres CA, Carretero-Paulet L, Chang TH, Lan T, Welch AJ, Juárez MJ, Simpson J, Fernández-Cortés A, Arteaga-Vázquez M, Góngora-Castillo E, Acevedo-Hernández G, Schuster SC, Himmelbauer H, Minoche AE, Xu S, Lynch M, Oropeza-Aburto A, Cervantes-Pérez SA, de Jesús Ortega-Estrada M, Cervantes-Luevano JI, Michael TP, Mockler T, Bryant D, Herrera-Estrella A, Albert VA, Herrera-Estrella L.
Nature. 2013 Jun 6;498(7452):94-8. doi: 10.1038/nature12132. Epub 2013 May 12.
PMID: 23665961 [PubMed - indexed for MEDLINE]
たった82MBの極小ゲノムを持つ被子植物タヌキモのゲノム報告論文。レトロトランスポゾンはほとんどないらしい。

上記の2論文はちょうど良い対比ですね。

Genome sequence of the date palm Phoenix dactylifera L
Al-Mssallem IS, Hu S, Zhang X, Lin Q, Liu W, Tan J, Yu X, Liu J, Pan L, Zhang T, Yin Y, Xin C, Wu H, Zhang G, Ba Abdullah MM, Huang D, Fang Y, Alnakhli YO, Jia S, Yin A, Alhuzimi EM, Alsaihati BA, Al-Owayyed SA, Zhao D, Zhang S, Al-Otaibi NA, Sun G, Majrashi MA, Li F, Tala, Wang J, Yun Q, Alnassar NA, Wang L, Yang M, Al-Jelaify RF, Liu K, Gao S, Chen K, Alkhaldi SR, Liu G, Zhang M, Guo H, Yu J.
Nat Commun. 2013;4:2274. doi: 10.1038/ncomms3274.
PMID: 23917264 [PubMed - in process] Free PMC Article
ナツメヤシのゲノム報告論文。2011年にAl-Dous EKらが報告していますが、それが全体で382Mbだったのに対して,今回のものは、508MBでより完全になっています。
CopiaがGypsyよりも多いのがヤシの特徴だと書いてあるが、強調するようなものなのか?

Oil palm genome sequence reveals divergence of interfertile species in Old and New worlds
Singh R, Ong-Abdullah M, Low ET, Manaf MA, Rosli R, Nookiah R, Ooi LC, Ooi SE, Chan KL, Halim MA, Azizi N, Nagappan J, Bacher B, Lakey N, Smith SW, He D, Hogan M, Budiman MA, Lee EK, DeSalle R, Kudrna D, Goicoechea JL, Wing RA, Wilson RK, Fulton RS, Ordway JM, Martienssen RA, Sambanthamurthi R.
Nature. 2013 Aug 15;500(7462):335-9. doi: 10.1038/nature12309. Epub 2013 Jul 24.
PMID: 23883927 [PubMed - indexed for MEDLINE]
アブラヤシElaeis guineensisのゲノム報告論文。反復配列の解析はただ既知の配列に対してBLASTしただけで、何もされていない不完全なものです。この種特有の反復配列の解析がまったくされていません。