大麦小麦

パンコムギ（Triticum aestivum）とオオムギ（Hordeum vulgare）のゲノムがNatureに報告されています。コムギオオムギともにゲノムサイズが大きく、重要な作物でありながらゲノム解析が遅れていました。オオムギのゲノムサイズは半数体あたり5.1GBだそうです。オオムギのゲノムの8割はなんらかの反復配列で構成されています。その３／４はLTRレトロトランスポゾンとのこと。オオムギは２倍体ですが、コムギは過去の交雑により似た染色体が６本ずつ存在する疑似６倍体で合計サイズはなんと17GB。やはりゲノムの８割程度が反復配列だそうです。

Analysis of the bread wheat genome using whole-genome shotgun sequencing
Brenchley R, Spannagl M, Pfeifer M, Barker GL, D'Amore R, Allen AM, McKenzie N, Kramer M, Kerhornou A, Bolser D, Kay S, Waite D, Trick M, Bancroft I, Gu Y, Huo N, Luo MC, Sehgal S, Gill B, Kianian S, Anderson O, Kersey P, Dvorak J, McCombie WR, Hall A, Mayer KF, Edwards KJ, Bevan MW, Hall N.
Nature. 2012 Nov 29;491(7426):705-10. doi: 10.1038/nature11650.
PMID: 23192148 [PubMed - in process]


A physical, genetic and functional sequence assembly of the barley genome
International Barley Genome Sequencing Consortium, Mayer KF, Waugh R, Brown JW, Schulman A, Langridge P, Platzer M, Fincher GB, Muehlbauer GJ, Sato K, Close TJ, Wise RP, Stein N.
Nature. 2012 Nov 29;491(7426):711-6. doi: 10.1038/nature11543. Epub 2012 Oct 17.
PMID: 23075845 [PubMed - in process]