ES細胞のエンハンサーと転移因子

論文メモ｡

Enhancers in embryonic stem cells are enriched for transposable elements and genetic variations associated with cancers OPEN ACCESS
Teng L, Firpi HA, Tan K.
Nucleic Acids Res. 2011 Sep 1;39(17):7371-9. Epub 2011 Jun 17.

ヒストン修飾の情報を基にエンハンサーを推測するプログラムを作成し､その予測結果を検証した論文｡embryonic stem cell（ES細胞）では、T細胞やB細胞に比べて遙かに多くの転移因子由来配列が予測されたエンハンサーに含まれていることがわかった。ここでは転移因子由来配列としてBoreotheriaに共通に保存された配列を用いているので、それ以前に転移したMIR、L2などが多く見つかってきているがこれはデータセットによるバイアスの可能性が高い｡著者らはこの結果をエピジェネティックな転写抑制がES細胞では解除されていることが転移因子由来配列がエンハンサーとして多く見つかる理由だと考えている｡