2011年10月12日水曜日

グリーンアノールのゲノム

グリーンアノール(Anolis carolinensis)のゲノムが解読されました。鳥類以外の爬虫類で初のゲノム報告です。

The genome of the green anole lizard and a comparative analysis with birds and mammals
Alföldi J, Di Palma F, Grabherr M, Williams C, Kong L, Mauceli E, Russell P, Lowe CB, Glor RE, Jaffe JD, Ray DA, Boissinot S, Shedlock AM, Botka C, Castoe TA, Colbourne JK, Fujita MK, Moreno RG, Ten Hallers BF, Haussler D, Heger A, Heiman D, Janes DE, Johnson J, de Jong PJ, Koriabine MY, Lara M, Novick PA, Organ CL, Peach SE, Poe S, Pollock DD, de Queiroz K, Sanger T, Searle S, Smith JD, Smith Z, Swofford R, Turner-Maier J, Wade J, Young S, Zadissa A, Edwards SV, Glenn TC, Schneider CJ, Losos JB, Lander ES, Breen M, Ponting CP, Lindblad-Toh K.
Nature. 2011 Aug 31;477(7366):587-91. doi: 10.1038/nature10390.

論文中では、アノールのLINEは5グループ(L1, L2, CR1, RTE, R4)とありますが、実際には、他にRTEXとVingiが存在します(いずれも報告済み)。原著は以下。

RTEX:
Non-LTR retrotransposons in tetrapods
Kojima K, Jurka J.
Repbase Reports 2010 Mar;10(3):488

Vingi:
Recent expansion of a new Ingi-related clade of Vingi non-LTR retrotransposons in hedgehogs
Kojima KK, Kapitonov VV, Jurka J.
Mol Biol Evol. 2011 Jan;28(1):17-20. Epub 2010 Aug 17.

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