2012年9月14日金曜日

ナミハダニのゲノム

ナミハダニ(Tetranychus urticae)のゲノムが解読されました。節足動物の4大グループ(鋏角類、多足類、甲殻類、昆虫類)の内、鋏角類では初めての報告です。

鋏角類といえば、以前やっていたテロメア反復配列の研究で、昆虫型のTTAGGでも動物普遍型のTTAGGGでも線虫型のTTACGGでもないことが示唆されており、どのような構造をしているのか気になっていました。この論文では、TTAGGタイプのテロメアを持っていると書かれています。しかもTTAGGタイプのテロメア反復配列の間にTRASに似たnon-LTR retrotransposonが挿入されているそうです。カイコとその近縁種で見つかったTRASはテロメア反復配列と同じ向き、つまり(TTAGG)nの向きに挿入され、別のグループSARTは逆向き、(CCTAA)nに挿入されています。ナミハダニのTRASはカイコのTRASと同じ向きに挿入されています。TRASは系統解析から元々起源が古いことが予測されていたので順当な結果ではあります。

The genome of Tetranychus urticae reveals herbivorous pest adaptations
Grbić M, Van Leeuwen T, Clark RM, Rombauts S, Rouzé P, Grbić V, Osborne EJ, Dermauw W, Thi Ngoc PC, Ortego F, Hernández-Crespo P, Diaz I, Martinez M, Navajas M, Sucena E, Magalhães S, Nagy L, Pace RM, Djuranović S, Smagghe G, Iga M, Christiaens O, Veenstra JA, Ewer J, Villalobos RM, Hutter JL, Hudson SD, Velez M, Yi SV, Zeng J, Pires-Dasilva A, Roch F, Cazaux M, Navarro M, Zhurov V, Acevedo G, Bjelica A, Fawcett JA, Bonnet E, Martens C, Baele G, Wissler L, Sanchez-Rodriguez A, Tirry L, Blais C, Demeestere K, Henz SR, Gregory TR, Mathieu J, Verdon L, Farinelli L, Schmutz J, Lindquist E, Feyereisen R, Van de Peer Y.
Nature. 2011 Nov 23;479(7374):487-92. doi: 10.1038/nature10640.

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