2014年1月16日木曜日

ゲノム報告論文(その他)

Pan genome of the phytoplankton Emiliania underpins its global distribution
Read BA, Kegel J, Klute MJ, Kuo A, Lefebvre SC, Maumus F, Mayer C, Miller J, Monier A, Salamov A, Young J, Aguilar M, Claverie JM, Frickenhaus S, Gonzalez K, Herman EK, Lin YC, Napier J, Ogata H, Sarno AF, Shmutz J, Schroeder D, de Vargas C, Verret F, von Dassow P, Valentin K, Van de Peer Y, Wheeler G; Emiliania huxleyi Annotation Consortium, Dacks JB, Delwiche CF, Dyhrman ST, Glöckner G, John U, Richards T, Worden AZ, Zhang X, Grigoriev IV.
Nature. 2013 Jul 11;499(7457):209-13. doi: 10.1038/nature12221. Epub 2013 Jun 12.
PMID: 23760476 [PubMed - indexed for MEDLINE]
円石藻Emiliania huxleyiのゲノム報告論文。

Draft Assembly of the Symbiodinium minutum Nuclear Genome Reveals Dinoflagellate Gene Structure.
Shoguchi E, Shinzato C, Kawashima T, Gyoja F, Mungpakdee S, Koyanagi R, Takeuchi T, Hisata K, Tanaka M, Fujiwara M, Hamada M, Seidi A, Fujie M, Usami T, Goto H, Yamasaki S, Arakaki N, Suzuki Y, Sugano S, Toyoda A, Kuroki Y, Fujiyama A, Medina M, Coffroth MA, Bhattacharya D, Satoh N.
Curr Biol. 2013 Jul 9. doi:pii: S0960-9822(13)00687-8. 10.1016/j.cub.2013.05.062. [Epub ahead of print]
PMID: 23850284 [PubMed - as supplied by publisher]
渦虫藻Symbiodinium minutumのゲノム報告論文。遺伝子が全て同じ方向を向いているというのは面白い。

Genomic evidence for ameiotic evolution in the bdelloid rotifer Adineta vaga
Flot JF, Hespeels B, Li X, Noel B, Arkhipova I, Danchin EG, Hejnol A, Henrissat B, Koszul R, Aury JM, Barbe V, Barthélémy RM, Bast J, Bazykin GA, Chabrol O, Couloux A, Da Rocha M, Da Silva C, Gladyshev E, Gouret P, Hallatschek O, Hecox-Lea B, Labadie K, Lejeune B, Piskurek O, Poulain J, Rodriguez F, Ryan JF, Vakhrusheva OA, Wajnberg E, Wirth B, Yushenova I, Kellis M, Kondrashov AS, Mark Welch DB, Pontarotti P, Weissenbach J, Wincker P, Jaillon O, Van Doninck K.
Nature. 2013 Aug 22;500(7463):453-7. doi: 10.1038/nature12326. Epub 2013 Jul 21.
PMID: 23873043 [PubMed - indexed for MEDLINE]
ヒルガタワムシのゲノム報告論文。無性生殖をする動物として転移因子の挙動が気になります。Arkhipovaのラボが転移因子同定に関わっているので多分しっかり解析されているはず。

The Genome of Anopheles darlingi, the main neotropical malaria vector
Marinotti O, Cerqueira GC, de Almeida LG, Ferro MI, Loreto EL, Zaha A, Teixeira SM, Wespiser AR, Almeida E Silva A, Schlindwein AD, Pacheco AC, Silva AL, Graveley BR, Walenz BP, Lima Bde A, Ribeiro CA, Nunes-Silva CG, de Carvalho CR, Soares CM, de Menezes CB, Matiolli C, Caffrey D, Araújo DA, de Oliveira DM, Golenbock D, Grisard EC, Fantinatti-Garboggini F, de Carvalho FM, Barcellos FG, Prosdocimi F, May G, Azevedo Junior GM, Guimarães GM, Goldman GH, Padilha IQ, Batista Jda S, Ferro JA, Ribeiro JM, Fietto JL, Dabbas KM, Cerdeira L, Agnez-Lima LF, Brocchi M, de Carvalho MO, Teixeira Mde M, Diniz Maia Mde M, Goldman MH, Cruz Schneider MP, Felipe MS, Hungria M, Nicolás MF, Pereira M, Montes MA, Cantão ME, Vincentz M, Rafael MS, Silverman N, Stoco PH, Souza RC, Vicentini R, Gazzinelli RT, Neves Rde O, Silva R, Astolfi-Filho S, Maciel TE, Urményi TP, Tadei WP, Camargo EP, de Vasconcelos AT.
Nucleic Acids Res. 2013 Aug;41(15):7387-400. doi: 10.1093/nar/gkt484. Epub 2013 Jun 12.
PMID: 23761445 [PubMed - indexed for MEDLINE] Free PMC Article
マラリアベクターのAnopheles darlingiのゲノム報告論文。Anopheles gambiaeとは1億年ほど前に分岐した蚊で、新大陸に適応したグループだそうです。反復配列の量はAnopheles gambiaeに比べるとずいぶんと少ない。

The locust genome provides insight into swarm formation and long-distance flight
Wang X, Fang X, Yang P, Jiang X, Jiang F, Zhao D, Li B, Cui F, Wei J, Ma C, Wang Y, He J, Luo Y, Wang Z, Guo X, Guo W, Wang X, Zhang Y, Yang M, Hao S, Chen B, Ma Z, Yu D, Xiong Z, Zhu Y, Fan D, Han L, Wang B, Chen Y, Wang J, Yang L, Zhao W, Feng Y, Chen G, Lian J, Li Q, Huang Z, Yao X, Lv N, Zhang G, Li Y, Wang J, Wang J, Zhu B, Kang L.
Nat Commun. 2014 Jan 14;5:2957. doi: 10.1038/ncomms3957.
PMID: 24423660 [PubMed - in process]
トノサマバッタLocusta migratoriaのゲノム報告論文。6.5GBのゲノムはこれまで読まれた動物ゲノムで最大。この大きさは転移因子の増殖による。

1 件のコメント:

  1. 小島さん
    日本の遺伝研の山田と申します。以前GIRIカンファでお会いしました。
    次回のGIRIのカンファレンスは計画されているでしょうか?

    これとは別の質問ですが、イントロンと遺伝子間のトランスポゾンに関しては明らかな違いがあるのでしょうか。

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