緑色植物ゲノム論文

The high-quality draft genome of peach (Prunus persica) identifies unique patterns of genetic diversity, domestication and genome evolution
The International Peach Genome Initiative, Verde I, Abbott AG, Scalabrin S, Jung S, Shu S, Marroni F, Zhebentyayeva T, Dettori MT, Grimwood J, Cattonaro F, Zuccolo A, Rossini L, Jenkins J, Vendramin E, Meisel LA, Decroocq V, Sosinski B, Prochnik S, Mitros T, Policriti A, Cipriani G, Dondini L, Ficklin S, Goodstein DM, Xuan P, Fabbro CD, Aramini V, Copetti D, Gonzalez S, Horner DS, Falchi R, Lucas S, Mica E, Maldonado J, Lazzari B, Bielenberg D, Pirona R, Miculan M, Barakat A, Testolin R, Stella A, Tartarini S, Tonutti P, Arús P, Orellana A, Wells C, Main D, Vizzotto G, Silva H, Salamini F, Schmutz J, Morgante M, Rokhsar DS.
Nat Genet. 2013 May;45(5):487-94. doi: 10.1038/ng.2586. Epub 2013 Mar 24.
PMID: 23525075 [PubMed - indexed for MEDLINE]
桃のゲノム報告論文｡

The Norway spruce genome sequence and conifer genome evolution
Nystedt B, Street NR, Wetterbom A, Zuccolo A, Lin YC, Scofield DG, Vezzi F, Delhomme N, Giacomello S, Alexeyenko A, Vicedomini R, Sahlin K, Sherwood E, Elfstrand M, Gramzow L, Holmberg K, Hällman J, Keech O, Klasson L, Koriabine M, Kucukoglu M, Käller M, Luthman J, Lysholm F, Niittylä T, Olson A, Rilakovic N, Ritland C, Rosselló JA, Sena J, Svensson T, Talavera-López C, Theißen G, Tuominen H, Vanneste K, Wu ZQ, Zhang B, Zerbe P, Arvestad L, Bhalerao R, Bohlmann J, Bousquet J, Garcia Gil R, Hvidsten TR, de Jong P, MacKay J, Morgante M, Ritland K, Sundberg B, Thompson SL, Van de Peer Y, Andersson B, Nilsson O, Ingvarsson PK, Lundeberg J, Jansson S.
Nature. 2013 May 30;497(7451):579-84. doi: 10.1038/nature12211. Epub 2013 May 22.
PMID: 23698360 [PubMed - indexed for MEDLINE]
針葉樹オウシュウトウヒのゲノム報告論文。20GBという巨大なゲノムは最近のゲノム重複によってではなく、LTRレトロトランスポゾンを主とする転移因子の蓄積による。

Architecture and evolution of a minute plant genome
Ibarra-Laclette E, Lyons E, Hernández-Guzmán G, Pérez-Torres CA, Carretero-Paulet L, Chang TH, Lan T, Welch AJ, Juárez MJ, Simpson J, Fernández-Cortés A, Arteaga-Vázquez M, Góngora-Castillo E, Acevedo-Hernández G, Schuster SC, Himmelbauer H, Minoche AE, Xu S, Lynch M, Oropeza-Aburto A, Cervantes-Pérez SA, de Jesús Ortega-Estrada M, Cervantes-Luevano JI, Michael TP, Mockler T, Bryant D, Herrera-Estrella A, Albert VA, Herrera-Estrella L.
Nature. 2013 Jun 6;498(7452):94-8. doi: 10.1038/nature12132. Epub 2013 May 12.
PMID: 23665961 [PubMed - indexed for MEDLINE]
たった82MBの極小ゲノムを持つ被子植物タヌキモのゲノム報告論文。レトロトランスポゾンはほとんどないらしい。

上記の２論文はちょうど良い対比ですね。

Genome sequence of the date palm Phoenix dactylifera L
Al-Mssallem IS, Hu S, Zhang X, Lin Q, Liu W, Tan J, Yu X, Liu J, Pan L, Zhang T, Yin Y, Xin C, Wu H, Zhang G, Ba Abdullah MM, Huang D, Fang Y, Alnakhli YO, Jia S, Yin A, Alhuzimi EM, Alsaihati BA, Al-Owayyed SA, Zhao D, Zhang S, Al-Otaibi NA, Sun G, Majrashi MA, Li F, Tala, Wang J, Yun Q, Alnassar NA, Wang L, Yang M, Al-Jelaify RF, Liu K, Gao S, Chen K, Alkhaldi SR, Liu G, Zhang M, Guo H, Yu J.
Nat Commun. 2013;4:2274. doi: 10.1038/ncomms3274.
PMID: 23917264 [PubMed - in process] Free PMC Article
ナツメヤシのゲノム報告論文｡2011年にAl-Dous EKらが報告していますが、それが全体で382Mbだったのに対して，今回のものは、508MBでより完全になっています。
CopiaがGypsyよりも多いのがヤシの特徴だと書いてあるが、強調するようなものなのか？

Oil palm genome sequence reveals divergence of interfertile species in Old and New worlds
Singh R, Ong-Abdullah M, Low ET, Manaf MA, Rosli R, Nookiah R, Ooi LC, Ooi SE, Chan KL, Halim MA, Azizi N, Nagappan J, Bacher B, Lakey N, Smith SW, He D, Hogan M, Budiman MA, Lee EK, DeSalle R, Kudrna D, Goicoechea JL, Wing RA, Wilson RK, Fulton RS, Ordway JM, Martienssen RA, Sambanthamurthi R.
Nature. 2013 Aug 15;500(7462):335-9. doi: 10.1038/nature12309. Epub 2013 Jul 24.
PMID: 23883927 [PubMed - indexed for MEDLINE]
アブラヤシElaeis guineensisのゲノム報告論文｡反復配列の解析はただ既知の配列に対してBLASTしただけで、何もされていない不完全なものです。この種特有の反復配列の解析がまったくされていません。