2012年8月27日月曜日

バナナのゲノム

バナナのゲノムが報告されました。バナナは単子葉植物の中で、穀物と姉妹群を形成するショウガ目Zingiberalesに属します。食用になっているバナナのほとんどは種が無いことからわかるようにクローンです。栽培されているバナナの半分は単一の三倍体クローン(Cavendish)に由来しています。遺伝的多様性がないため、もし病気が発生すると栽培に大打撃となります。そこで病気に対処するためにもゲノム解読が期待されていました。

The banana (Musa acuminata) genome and the evolution of monocotyledonous plants
D'Hont A, Denoeud F, Aury JM, Baurens FC, Carreel F, Garsmeur O, Noel B, Bocs S, Droc G, Rouard M, Da Silva C, Jabbari K, Cardi C, Poulain J, Souquet M, Labadie K, Jourda C, Lengellé J, Rodier-Goud M, Alberti A, Bernard M, Correa M, Ayyampalayam S, Mckain MR, Leebens-Mack J, Burgess D, Freeling M, Mbéguié-A-Mbéguié D, Chabannes M, Wicker T, Panaud O, Barbosa J, Hribova E, Heslop-Harrison P, Habas R, Rivallan R, Francois P, Poiron C, Kilian A, Burthia D, Jenny C, Bakry F, Brown S, Guignon V, Kema G, Dita M, Waalwijk C, Joseph S, Dievart A, Jaillon O, Leclercq J, Argout X, Lyons E, Almeida A, Jeridi M, Dolezel J, Roux N, Risterucci AM, Weissenbach J, Ruiz M, Glaszmann JC, Quétier F, Yahiaoui N, Wincker P.
Nature. 2012 Aug 9;488(7410):213-7.
PMID: 22801500 [PubMed - in process]

Musa acuminataのゲノムが解読され、ゲノムサイズは523MB、バナナはこれまでに3回の全ゲノム重複を起こして来た事がわかりました。転移因子はゲノム全体の半分をしめ、植物の例に漏れず、LTRレトロトランスポゾンが多く、non-LTRレトロトランスポゾンはゲノムの約5.5%、DNAトランスポゾンはたった1.3%でした。しかも他の植物に見つかるEn/Spm(CACTA)やMarinerは全く存在せず、見つかった3つのスーパーファミリー(hAT, Harbinger, MuDR (Mutator))の内、hATがほとんどを占めました。

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