diversity-generating retroelement (DGR)

論文メモ。
Conservation of the C-type lectin fold for massive sequence variation in a Treponema diversity-generating retroelement
Le Coq J, Ghosh P.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2011 Aug 30;108(35):14649-53. Epub 2011 Aug 22.

以前ホームページでも紹介したdiversity-generating retroelement (DGR)はタンパク質の多様性を生み出すメカニズムとして機能する。DGRによって多様化することが知られているタンパク質としてMtdの結晶構造が決定され、C-type lectin foldを持ち、変異が導入されるアミノ酸がタンパク質の表面に分布している事が示されている。しかし、C-type lectin foldは非常に保存性の低いタンパク質のフォールドなので、これがどの程度普遍的であるのかはまだ定かではなかった。この論文ではDGRによって多様化する別のタンパク質TvpAの構造を報告している。TvpAはMtdと16%しかアミノ酸が一致しないが、同様にC-type lectin foldを持ち、変異が導入される位置がタンパク質表面に分布していた。また、どちらもformylglycine-generating enzymeに構造が似ている事がわかり、少なくともformylglycine-generating enzyme型のC-type lectin foldを持つタンパク質はDGRによって多様化できることがわかった。