CTCFとalternative splicing

論文メモ｡

CTCF-promoted RNA polymerase II pausing links DNA methylation to splicing
Shukla S, Kavak E, Gregory M, Imashimizu M, Shutinoski B, Kashlev M, Oberdoerffer P, Sandberg R, Oberdoerffer S.
Nature. 2011 Oct 2;479(7371):74-79. doi: 10.1038/nature10442. [Epub ahead of print]

alternative splicingはtranscriptomeの多様化の一因である。スプライソソームの形成は転写と共役して起こり､DNA上の構造が影響することが示唆されている。最近ではエクソンはイントロンとは異なったヒストンメチル化パターンを持ち、ヌクレオソームの占める割合が多く、DNAメチル化の程度も多いことなどが観察されている。この論文では､CCCTC-binding factor (CTCF)がRNA polymerase IIを一時停止させることで上流側の弱いエクソンをmRNAに取り込むよう誘導することを報告している。