1001系統のシロイヌナズナ

1001 Genome ProjectはシロイヌナズナArabidopsis thalianaの1001系統のゲノムを解読し､地理的多様性とそれぞれの環境への適応を調べるという壮大なプロジェクトです。その第1弾の論文がNature GeneticsとNatureから出版されました。

Whole-genome sequencing of multiple Arabidopsis thaliana populations
Cao J, Schneeberger K, Ossowski S, Günther T, Bender S, Fitz J, Koenig D, Lanz C, Stegle O, Lippert C, Wang X, Ott F, Müller J, Alonso-Blanco C, Borgwardt K, Schmid KJ, Weigel D.
Nat Genet. 2011 Aug 28;43(10):956-63. doi: 10.1038/ng.911.

この論文は8カ所から80系統のシロイヌナズナを報告しています。

Multiple reference genomes and transcriptomes for Arabidopsis thaliana OPEN ACCESS
Gan X, Stegle O, Behr J, Steffen JG, Drewe P, Hildebrand KL, Lyngsoe R, Schultheiss SJ, Osborne EJ, Sreedharan VT, Kahles A, Bohnert R, Jean G, Derwent P, Kersey P, Belfield EJ, Harberd NP, Kemen E, Toomajian C, Kover PX, Clark RM, Rätsch G, Mott R.
Nature. 2011 Aug 28;477(7365):419-23. doi: 10.1038/nature10414.

こちらは18の株のゲノムとトランスクリプトームを報告しています｡3分の1のタンパク質コード配列はリファレンスゲノムを基準に考えると18の数のいずれかで"壊れている"ことがわかりました。しかし、別の遺伝子予測モデルを使うと実際には壊れていないと予想されました。すなわち、単一の株の配列を正常な遺伝子と考えるのは間違いで､実際には複数の異なる配列がそれぞれ正常な種内多型として存在しているということでしょう。