ホーミングエンドヌクレアーゼの標的認識

ホーミングエンドヌクレアーゼは自身の入っている配列の対立遺伝子座の配列を特異的に切断する活性を持っています。切断された対立遺伝子座には自身の配列を鋳型に修復をさせることでコピー数を増やします。進化の過程では標的の変異に対する耐性と、他の配列を切らない標的特異性の両者のバランスが重要になってきます。以下の論文では､どのように標的を認識しているのかを解析しています｡

Comprehensive homing endonuclease target site specificity profiling reveals evolutionary constraints and enables genome engineering applications
Li H, Ulge UY, Hovde BT, Doyle LA, Monnat RJ Jr.
Nucleic Acids Res. 2012 Mar 1;40(6):2587-98. Epub 2011 Nov 25.
PMID: 22121229 [PubMed - in process] Free PMC Article

LAGLIDADG型のホーミングエンドヌクレアーゼであるI-CreIとI-MsoIについて、それぞれの標的DNAに１塩基ずつ置換を入れたものに対する結合と切断能を解析している。この２種のホーミングエンドヌクレアーゼはよく似た配列を認識するが、どの塩基を認識するかは全く異なっていた。