マルミミゾウ

読売オンラインでマルミミゾウがサバンナゾウと別種というニュースを見たが､出典が無かったので調べたところ､時事ドットコムで発見｡PLoS Biologyだった。出典がないと真偽が確かめられないのでニュースでは出典を明記して欲しいものだ｡

Genomic DNA Sequences from Mastodon and Woolly Mammoth Reveal Deep Speciation of Forest and Savanna Elephants

著者らは化石種アメリカマストドンMammut americanumの5万年から13万年前の歯から、核ゲノムを次世代シーケンサーとPCRを使って配列決定｡39763 bp 375 lociを5種のゾウ（上記に加えて化石種ウーリーマンモスMammuthus primigeniusと現生種3種。サバンナゾウLoxodonta africana、マルミミゾウLoxodonta cyclotis、アジアゾウElephas maximus）で比較している。
アメリカマストドンを外群にして近隣結合法で系統解析すると、サバンナゾウとマルミミゾウ、アジアゾウとウーリーマンモスがそれぞれ近縁だった。多型を利用してマルコフ連鎖モンテカルロ法で集団遺伝学的に解析を行い、それぞれの組が同程度に遺伝的に離れていることを見つけた｡これら4種の共通祖先の化石記録からサバンナゾウ／マルミミゾウとアジアゾウ／ウーリーマンモスの分岐年代を400万年から900万円前とするとサバンナゾウとマルミミゾウの分岐は約190万年から710万年前になる。（時事ドットコムの580万年から780万年前の記述は著者らの2007年のミトコンドリアゲノムの解析によるアジアゾウとマンモスの分岐年代推定の結果で今回の結果ではない。）
化石ゲノムをメインの解析対象ではなく、外群にしてしまうところについにそこまで来たかという感慨深いものがある。

Tsunami of Genome Science

進化学会のメールから情報を引用｡
第９回国際ゲノム会議（The 9th International Workshop on Advanced Genomics）が2011年7月12～14日の3日間学術総合センター・一橋記念講堂（東京、神保町）で開催。
大会ホームページ（英語）
大会ホームページ（日本語）

卵菌と真菌のゲノム解読

Science 330(6010)に4本連続で植物病原体のゲノム解読の論文。

卵菌Phytophthora infestans2株（PIC99189, 90128）と近縁種3種（Phytophthora ipomoeae strain PIC99167, Phytophthora mirabilis strain PIC99114 and Phytophthora phaseoli strain F18）。以前報告されたゲノムは､Phytophthora infestans strain T30-4のもの。
Genome evolution following host jumps in the Irish potato famine pathogen lineage.
Raffaele S, Farrer RA, Cano LM, Studholme DJ, MacLean D, Thines M, Jiang RH, Zody MC, Kunjeti SG, Donofrio NM, Meyers BC, Nusbaum C, Kamoun S.
Science. 2010 Dec 10;330(6010):1540-3. PubMed PMID: 21148391.

真菌（子嚢菌類。うどんこ病の病原体）Blumeria graminis f.sp. hordei他2種（Erysiphe pisi, Golovinomyces orontii）。
Genome expansion and gene loss in powdery mildew fungi reveal tradeoffs in extreme parasitism.
3: Spanu PD, Abbott JC, Amselem J, Burgis TA, Soanes DM, Stüber K, Ver Loren van Themaat E, Brown JK, Butcher SA, Gurr SJ, Lebrun MH, Ridout CJ, Schulze-Lefert P, Talbot NJ, Ahmadinejad N, Ametz C, Barton GR, Benjdia M, Bidzinski P, Bindschedler LV, Both M, Brewer MT, Cadle-Davidson L, Cadle-Davidson MM, Collemare J, Cramer R, Frenkel O, Godfrey D, Harriman J, Hoede C, King BC, Klages S, Kleemann J, Knoll D, Koti PS, Kreplak J, López-Ruiz FJ, Lu X, Maekawa T, Mahanil S, Micali C, Milgroom MG, Montana G, Noir S, O'Connell RJ, Oberhaensli S, Parlange F, Pedersen C, Quesneville H, Reinhardt R, Rott M, Sacristán S, Schmidt SM, Schön M, Skamnioti P, Sommer H, Stephens A, Takahara H, Thordal-Christensen H, Vigouroux M, Wessling R, Wicker T, Panstruga R.
Science. 2010 Dec 10;330(6010):1543-6. PubMed PMID: 21148392.

真菌（担子菌類）Sporisorium reilianum
Pathogenicity determinants in smut fungi revealed by
genome comparison.
Schirawski J, Mannhaupt G, Münch K, Brefort T, Schipper K, Doehlemann G, Di Stasio M, Rössel N, Mendoza-Mendoza A, Pester D, Müller O, Winterberg B, Meyer E, Ghareeb H, Wollenberg T, Münsterkötter M, Wong P, Walter M, Stukenbrock E, Güldener U, Kahmann R.
Science. 2010 Dec 10;330(6010):1546-8. PubMed PMID: 21148393.

卵菌Hyaloperonospora arabidopsidis
Signatures of adaptation to obligate biotrophy in the Hyaloperonospora arabidopsidis genome.
Baxter L, Tripathy S, Ishaque N, Boot N, Cabral A, Kemen E, Thines M, Ah-Fong A, Anderson R, Badejoko W, Bittner-Eddy P, Boore JL, Chibucos MC, Coates M, Dehal P, Delehaunty K, Dong S, Downton P, Dumas B, Fabro G, Fronick C, Fuerstenberg SI, Fulton L, Gaulin E, Govers F, Hughes L, Humphray S, Jiang RH, Judelson H, Kamoun S, Kyung K, Meijer H, Minx P, Morris P, Nelson J, Phuntumart V, Qutob D, Rehmany A, Rougon-Cardoso A, Ryden P, Torto-Alalibo T, Studholme D, Wang Y, Win J, Wood J, Clifton SW, Rogers J, Van den Ackerveken G, Jones JD, McDowell JM, Beynon J, Tyler BM.
Science. 2010 Dec 10;330(6010):1549-51. PubMed PMID:21148394.

上原海外留学助成金リサーチフェローシップ

落選通知が来た｡研究が医学系ではないので期待しすぎてはいなかったつもりだがやはりへこむ｡orz
もっと誰もが重要性を認めるような研究をすべきだと痛感。重箱の隅をつつく研究はオリジナルな研究ではない｡自戒の意味を込めてあえてブログで公開。

トナカイ

Stanford Shopping Centerでトナカイ（Rangifer tarandus）を発見(^^)！

第3の人類ゲノム

現生人類、ネアンデルタール人に次ぐ第3の人類ゲノムが解読されました。
Genetic history of an archaic hominin group from Denisova Cave in Siberia
Reich D, Green RE, Kircher M, Krause J, Patterson N, Durand EY, Viola B, Briggs AW, Stenzel U, Johnson PL, Maricic T, Good JM, Marques-Bonet T, Alkan C, Fu Q, Mallick S, Li H, Meyer M, Eichler EE, Stoneking M, Richards M, Talamo S, Shunkov MV, Derevianko AP, Hublin JJ, Kelso J, Slatkin M, Pääbo S.
Nature. 2010 Dec 23;468(7327):1053-60. PubMed PMID: 21179161.

Natureの日本語要約によると「デニソワ人」となっていますが、この名称でいいのだろうか？要約や紹介記事を読んだところ､ネアンデルタール人の姉妹群で、一部の現生人類に遺伝子流入が観察されるようです。

Bornavirus

もう1年近く前の論文になるが、
Endogenous non-retroviral RNA virus elements in mammalian genomes.
Horie M, Honda T, Suzuki Y, Kobayashi Y, Daito T, Oshida T, Ikuta K, Jern P, Gojobori T, Coffin JM, Tomonaga K.
Nature. 2010 Jan 7;463(7277):84-7.
を改めて読んだ｡
確かに興味深い論文だが、JSTのプレスリリースを参照していていくつか誤りに気づいたのでコメントする。論文では正確に書かれているからプレスリリース作成時の誤りだろう。
この研究で見つかってきた物はRNAウイルスの断片（より厳密にはゲノムRNAを鋳型にして合成されたmRNAの逆転写産物の一部）がゲノム中に挿入されているものであって、全長が挿入されている内在性レトロウイルスとは性質が異なる｡そして断片が挿入されている例は今回のBornavirusだけでなく、Caulimovirus、Flavirus、Dicistrovirus、Potyvirusなど既にいくつか報告されている。これらは昆虫と植物での報告である。だからプレスリリース中の
「レトロウイルス以外にも「ウイルス化石」がヒトのゲノム内に存在することを初めて明らかにした」
は正しいのだが､
「レトロウイルス以外のウイルスが生物のゲノムに内在化することは知られていなかった」
「レトロウイルス以外のウイルスが生物のゲノムに系統的に取り込まれ、内在化することを明らかにした初の報告」
等の文章は正しくない。

科研費繰越

ニュースによると科研費の次年度への繰り越しがやりやすくなるらしい。
http://www.yomiuri.co.jp/science/news/20101221-OYT1T00172.htm
これまでも繰り越し自体はできることになっていたが、手続きが面倒なのが難でした。といっても私はやったことがないので詳しくは知りませんが...
とりあえず思いつくメリットは2つです。一つは年度末の無駄遣いがなくなるということ。年度末の大量購入用に研究機器メーカーがパンフレットを作ってたりするのもなくなるのかもしれません。もう一つは、年度の初めに使えるお金ができるということ。年度末前の2月ぐらいにこの先数ヶ月に使いそうな消耗品を買い込んでおくという無駄な作業がなくなるかもしれません。新しい年度のお金が使えるようになるのはたとえ内定していても手続き上6月だったりするので、繰り越しで研究の効率化が図れそうです｡

オタマボヤのゲノム

尾索動物3番目の種としてオタマボヤOikopleuraのゲノムが解読されました｡

Plasticity of animal genome architecture unmasked by rapid evolution of a pelagic tunicate.

Denoeud F, Henriet S, Mungpakdee S, Aury JM, Da Silva C, Brinkmann H, Mikhaleva J, Olsen LC, Jubin C, Cañestro C, Bouquet JM, Danks G, Poulain J, Campsteijn C, Adamski M, Cross I, Yadetie F, Muffato M, Louis A, Butcher S, Tsagkogeorga G, Konrad A, Singh S, Jensen MF, Cong EH, Eikeseth-Otteraa H, Noel B, Anthouard V, Porcel BM, Kachouri-Lafond R, Nishino A, Ugolini M, Chourrout P, Nishida H, Aasland R, Huzurbazar S, Westhof E, Delsuc F, Lehrach H, Reinhardt R, Weissenbach J, Roy SW, Artiguenave F, Postlethwait JH, Manak JR, Thompson EM, Jaillon O, Du Pasquier L, Boudinot P, Liberles DA, Volff JN, Philippe H, Lenhard B, Roest Crollius H, Wincker P, Chourrout D.

Science. 2010 Dec 3;330(6009):1381-5. Epub 2010 Nov 18.PMID: 21097902 [PubMed - in process]

Free access to Chromosome Research

12/31までChromosome Researchの論文が無料でdownloadできます。
http://www.springer.com/life+sciences/cell+biology/journal/10577

以下の論文も無料で落とせますので試しに読んでみてください｡
ちょっと宣伝です。^ ^;

Telomere-specific non-LTR retrotransposons and telomere maintenance in the silkworm, Bombyx mori
Haruhiko Fujiwara, Mizuko Osanai, Takumi Matsumoto and Kenji K. Kojima
2005, Volume 13, Number 5, Pages 455-467

Whole chromosome elimination and chromosome terminus elimination both contribute to somatic differentiation in Taiwanese hagfish Paramyxine sheni
Noriko F. Kojima, Kenji K. Kojima, Shuichi Kobayakawa, Naoki Higashide and Chiemi Hamanaka, et al.
2010, Volume 18, Number 3, Pages 383-400

2本同時掲載

今年8月にAcceptされた論文が2本ともMolecular Biology and Evolutionの来年1月号に掲載されているのを発見｡

Kenji K. Kojima
Alu Monomer Revisited: Recent Generation of Alu Monomers
Mol Biol Evol (2011) 28(1): 13-15 first published online August 16, 2010 doi:10.1093/molbev/msq218

Kenji K. Kojima, Vladimir V. Kapitonov, and Jerzy Jurka
Recent Expansion of a New Ingi-Related Clade of Vingi non-LTR Retrotransposons in Hedgehogs
Mol Biol Evol (2011) 28(1): 17-20 first published online August 17, 2010 doi:10.1093/molbev/msq220

溜まっていた論文を大量に処理したらしく、この1月号だけで900ページ近くあります。

日本分子生物学会 若手研究助成

分子生物学会の新しい若手研究助成が来年から始まるそうです｡
http://wwwsoc.nii.ac.jp/mbsj/admins/tomizawafund/index.html
富澤純一博士が私財を寄付されて設立されたとのこと。

応募資格は、
（１）分子生物学に関連する生命科学の基礎的な領域において独創的な研究を行い、将来の発展を期待し得る39歳以下の若手研究者を対象とします。ただし、研究経歴において特別な事情がある場合は39歳を超えていても応募を受け付けます。
（２）日本分子生物学会会員・非会員は問いません。
（３）申請者の単独研究、または申請者が中心になって行っている共同研究を対象とします。

だそうです。
アメリカでは年齢で制限がかかることはありませんが、日本ではやはり年齢制限があるのですね。

WGS BLAST

最近､TBLASTNをするときにWGSの種名を制限するオプションが無くなって困っていたが、今日、WGS BLASTなるものがあることを発見｡
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&BLAST_SPEC=WGS&SHOW_DEFAULTS=on&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&PAGE_TYPE=BlastSearch
11月22日からあったらしいが、気づかなかった｡

Awakenings

週に一日ほど英語の勉強のためにDVDを見ることにしている。
先日見たのは20年前の映画「Awakenings」。awakeningは目覚め, 覚醒（かくせい）, 認識などといった意味がある｡邦題は「レナードの朝」。レナードは主人公格の患者の名前。もう一人の主人公は主治医。実話を元に描かれた作品だ。
内容を要約すると、反射は起こるが意識が見られない嗜眠性脳炎の患者に、当時パーキンソン病の治療薬として開発されたばかりのL-DOPAを投与すると意識が回復するが､やがて薬が効かなくなり再び元の状態に戻ってしまうという話だ。L-DOPAは神経伝達物質ドーパミンの前駆体である。ドーパミンは血液から脳へ送り込むことができないため、L-DOPAが投与される。Wikipediaによると、嗜眠性脳炎の原因は海馬でのドーパミンの枯渇にあるようで、やがて薬の効果がなくなるのは抵抗性ができるからだろう。あるいはドーパミンへの変換酵素の枯渇か？
原作となったOliver Sacksの本が発表されたのは1973年、映画は1990年のものだが、未だに治療法は開発されていないらしい。

Non-LTR retrotransposonのcladeとgroupのリスト

約1年ぶりのホームページの記事の更新｡
http://www.geocities.jp/selfish_genetic_elements/index.html
新しい項目を作ってみたりしているけれど、論文紹介は最近できていない。小さい研究所なので最新の論文を入手するのに一苦労。ということで今回は備忘録代わりの資料をUp。

鳩

2010/09/03のScience Update Podcast Weekly Editionで聴いた情報をメモ｡
鳩は歩いているときに首を前後に振っているように見えるが、実は目の錯覚｡
本当は体が前に動いても頭は動かず、後で頭だけ動く。体を基準にして見るから首を前後に振って歩いているように見える｡というのも、鳥は普通頭全体を動かして物を見るので、歩いているときに頭を動かして眼が動いてしまうと物が見にくいのだそうだ。

FESEB Conference

2007年と2009年に参加したFASEB Summer Research Conferenceの"Mobile DNA in Mammalian Genomesの来年の予定がHomepageに載っていた｡
2011/08/07から。
https://secure.faseb.org/FASEB/meetings/summrconf/selectTopic.aspx?Sortfrom=2011
前回の大会の話し合いでは今回はイタリアでやろうという話だったが､残念ながら（？）前回と同じSnowmass Village, Colorado。
他にも関連分野では､
Genetic Recombination & Genome Rearrangementsが2011/07/24からSteamboat Springs, Coloradoで、
Epigenetics, Chromatin & Transcriptionが2011/07/31からSnowmass Village, Coloradoで。
京都であるSMBEの年会と日時が近い。

ブログはじめました

最近ホームページを更新できてないので、敷居が低いブログでも始めようかと思います｡
とにかくおっくうにならない程度に更新していきたいですね｡