下の写真は､最近購入したNikon D3100の試し撮りで妻が撮影したものです。やっぱり一眼レフは良いですねぇ。
2011/04/30撮影｡
2011年5月31日火曜日
American Avocet
American Avocet（学名Recurvirostra americana）はここシリコンバレーでは普通に見かける鳥です｡和名はアメリカソリハシセイタカシギ。夏の羽根の色がとても鮮やかで印象的です｡
下の写真は､最近購入したNikon D3100の試し撮りで妻が撮影したものです。やっぱり一眼レフは良いですねぇ。
2011/04/30撮影｡
下の写真は､最近購入したNikon D3100の試し撮りで妻が撮影したものです。やっぱり一眼レフは良いですねぇ。
2011/04/30撮影｡
2011年5月30日月曜日
DDE transposaseの分類
2ヶ月ほど解析していた内容を先に出されてしまいました。まだ様子が見えてきたばかりでこれから総説でも書こうかという段階だったので、実害は全くないです。それよりもGeneに出すかあるいは総説として盛り込むかという程度の新規性の研究内容がPNASに出るというのは正直雑誌の質を疑う悲しい現実です｡
The catalytic domain of all eukaryotic cut-and-paste transposase superfamilies.
Yuan YW, Wessler SR.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2011 May 10;108(19):7884-9. Epub 2011 Apr 25.
内容は転移因子のDDE-transposaseを比較して類似性を元に系統樹を書いたというもの。その類似性とは、2番目のDとEの間にC/DxxHがあるグループ（MuDR, Rehavkus, hAT, P, Kolobok）と、C-C-H-Hがあるグループ（Chapaev, EnSpm, Transib）があるということなど。これは私がMAFFTでアラインメントをしたら見えてきたくらいなのでそれほど目新しいものではないですが、論文として報告されるのは初めて。論文ではAcademやもDDE-transposaseを持っているとしていますが､アラインメントを見る限りでははっきりと活性残基が認識できる状態ではなく、相当疑わしい｡この点は先入観ありき。類似性を元にした系統樹というのも信頼性が低く、上記のグループがあることだけが支持出来る内容です｡
と散々こき下ろしてみましたが、PNASに出た以上は、今後もDDE-transposaseの話を書くときにはほぼ必ず引用される（or しなければいけない）ような便利な論文になるのは確かでしょう｡
正直、SupplementのAlignmentは便利。
The catalytic domain of all eukaryotic cut-and-paste transposase superfamilies.
Yuan YW, Wessler SR.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2011 May 10;108(19):7884-9. Epub 2011 Apr 25.
内容は転移因子のDDE-transposaseを比較して類似性を元に系統樹を書いたというもの。その類似性とは、2番目のDとEの間にC/DxxHがあるグループ（MuDR, Rehavkus, hAT, P, Kolobok）と、C-C-H-Hがあるグループ（Chapaev, EnSpm, Transib）があるということなど。これは私がMAFFTでアラインメントをしたら見えてきたくらいなのでそれほど目新しいものではないですが、論文として報告されるのは初めて。論文ではAcademやもDDE-transposaseを持っているとしていますが､アラインメントを見る限りでははっきりと活性残基が認識できる状態ではなく、相当疑わしい｡この点は先入観ありき。類似性を元にした系統樹というのも信頼性が低く、上記のグループがあることだけが支持出来る内容です｡
と散々こき下ろしてみましたが、PNASに出た以上は、今後もDDE-transposaseの話を書くときにはほぼ必ず引用される（or しなければいけない）ような便利な論文になるのは確かでしょう｡
正直、SupplementのAlignmentは便利。
2011年5月29日日曜日
Yosemite
5月4日から5日にツアーバスを利用してYosemite National Parkに行ってきました｡今年は雪が遅くまで残っていたこともあり、Glacier Pointへの道はまだ開通しておらず、Yosemite Valley内だけの観光になりましたが､春先の雪解け水で滝の水量が最も多い時期なので大小様々な滝を見ることができ、とても良い旅になりました。
幸い（残念ながら？）クマ（American black bear、学名Ursus americanus）には出会いませんでしたが、Mule deer（ミュールジカ、学名Odocoileus hemionus）には出会うことが出来ました｡
2011/05/05撮影｡
幸い（残念ながら？）クマ（American black bear、学名Ursus americanus）には出会いませんでしたが、Mule deer（ミュールジカ、学名Odocoileus hemionus）には出会うことが出来ました｡
2011/05/05撮影｡
2011年5月28日土曜日
植物病原菌2種のゲノム
互いに近縁な植物病原菌2種のゲノムが解読されました。Open Access。
解読された種は、Puccinia graminisとMelampsora larici-populinaです。Puccinia graminisは小麦の茎のサビ病の病原体、Melampsora larici-populinaはポプラの葉のサビ病の病原体です。
互いに近縁で、担子菌門サビキン目に属す絶対寄生性の真菌類です。
転移因子についても解析されているようですが、配列が全く公表されていない（公開されているはずのDatasetが見あたらない）ので不明。
Obligate biotrophy features unraveled by the genomic analysis of rust fungi
Duplessis S, Cuomo CA, Lin YC, Aerts A, Tisserant E, Veneault-Fourrey C, Joly DL, Hacquard S, Amselem J, Cantarel BL, Chiu R, Coutinho PM, Feau N, Field M, Frey P, Gelhaye E, Goldberg J, Grabherr MG, Kodira CD, Kohler A, Kües U, Lindquist EA, Lucas SM, Mago R, Mauceli E, Morin E, Murat C, Pangilinan JL, Park R, Pearson M, Quesneville H, Rouhier N, Sakthikumar S, Salamov AA, Schmutz J, Selles B, Shapiro H, Tanguay P, Tuskan GA, Henrissat B, Van de Peer Y, Rouzé P, Ellis JG, Dodds PN, Schein JE, Zhong S, Hamelin RC, Grigoriev IV, Szabo LJ, Martin F.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2011 May 2. [Epub ahead of print]
サビ菌の画像データベースを見つけたのでリンクしておきます。
さび菌類標本データベース
解読された種は、Puccinia graminisとMelampsora larici-populinaです。Puccinia graminisは小麦の茎のサビ病の病原体、Melampsora larici-populinaはポプラの葉のサビ病の病原体です。
互いに近縁で、担子菌門サビキン目に属す絶対寄生性の真菌類です。
転移因子についても解析されているようですが、配列が全く公表されていない（公開されているはずのDatasetが見あたらない）ので不明。
Obligate biotrophy features unraveled by the genomic analysis of rust fungi
Duplessis S, Cuomo CA, Lin YC, Aerts A, Tisserant E, Veneault-Fourrey C, Joly DL, Hacquard S, Amselem J, Cantarel BL, Chiu R, Coutinho PM, Feau N, Field M, Frey P, Gelhaye E, Goldberg J, Grabherr MG, Kodira CD, Kohler A, Kües U, Lindquist EA, Lucas SM, Mago R, Mauceli E, Morin E, Murat C, Pangilinan JL, Park R, Pearson M, Quesneville H, Rouhier N, Sakthikumar S, Salamov AA, Schmutz J, Selles B, Shapiro H, Tanguay P, Tuskan GA, Henrissat B, Van de Peer Y, Rouzé P, Ellis JG, Dodds PN, Schein JE, Zhong S, Hamelin RC, Grigoriev IV, Szabo LJ, Martin F.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2011 May 2. [Epub ahead of print]
サビ菌の画像データベースを見つけたのでリンクしておきます。
さび菌類標本データベース
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