マルミミゾウ

読売オンラインでマルミミゾウがサバンナゾウと別種というニュースを見たが､出典が無かったので調べたところ､時事ドットコムで発見｡PLoS Biologyだった。出典がないと真偽が確かめられないのでニュースでは出典を明記して欲しいものだ｡

Genomic DNA Sequences from Mastodon and Woolly Mammoth Reveal Deep Speciation of Forest and Savanna Elephants

著者らは化石種アメリカマストドンMammut americanumの5万年から13万年前の歯から、核ゲノムを次世代シーケンサーとPCRを使って配列決定｡39763 bp 375 lociを5種のゾウ（上記に加えて化石種ウーリーマンモスMammuthus primigeniusと現生種3種。サバンナゾウLoxodonta africana、マルミミゾウLoxodonta cyclotis、アジアゾウElephas maximus）で比較している。
アメリカマストドンを外群にして近隣結合法で系統解析すると、サバンナゾウとマルミミゾウ、アジアゾウとウーリーマンモスがそれぞれ近縁だった。多型を利用してマルコフ連鎖モンテカルロ法で集団遺伝学的に解析を行い、それぞれの組が同程度に遺伝的に離れていることを見つけた｡これら4種の共通祖先の化石記録からサバンナゾウ／マルミミゾウとアジアゾウ／ウーリーマンモスの分岐年代を400万年から900万円前とするとサバンナゾウとマルミミゾウの分岐は約190万年から710万年前になる。（時事ドットコムの580万年から780万年前の記述は著者らの2007年のミトコンドリアゲノムの解析によるアジアゾウとマンモスの分岐年代推定の結果で今回の結果ではない。）
化石ゲノムをメインの解析対象ではなく、外群にしてしまうところについにそこまで来たかという感慨深いものがある。

Tsunami of Genome Science

進化学会のメールから情報を引用｡
第９回国際ゲノム会議（The 9th International Workshop on Advanced Genomics）が2011年7月12～14日の3日間学術総合センター・一橋記念講堂（東京、神保町）で開催。
大会ホームページ（英語）
大会ホームページ（日本語）

卵菌と真菌のゲノム解読

Science 330(6010)に4本連続で植物病原体のゲノム解読の論文。

卵菌Phytophthora infestans2株（PIC99189, 90128）と近縁種3種（Phytophthora ipomoeae strain PIC99167, Phytophthora mirabilis strain PIC99114 and Phytophthora phaseoli strain F18）。以前報告されたゲノムは､Phytophthora infestans strain T30-4のもの。
Genome evolution following host jumps in the Irish potato famine pathogen lineage.
Raffaele S, Farrer RA, Cano LM, Studholme DJ, MacLean D, Thines M, Jiang RH, Zody MC, Kunjeti SG, Donofrio NM, Meyers BC, Nusbaum C, Kamoun S.
Science. 2010 Dec 10;330(6010):1540-3. PubMed PMID: 21148391.

真菌（子嚢菌類。うどんこ病の病原体）Blumeria graminis f.sp. hordei他2種（Erysiphe pisi, Golovinomyces orontii）。
Genome expansion and gene loss in powdery mildew fungi reveal tradeoffs in extreme parasitism.
3: Spanu PD, Abbott JC, Amselem J, Burgis TA, Soanes DM, Stüber K, Ver Loren van Themaat E, Brown JK, Butcher SA, Gurr SJ, Lebrun MH, Ridout CJ, Schulze-Lefert P, Talbot NJ, Ahmadinejad N, Ametz C, Barton GR, Benjdia M, Bidzinski P, Bindschedler LV, Both M, Brewer MT, Cadle-Davidson L, Cadle-Davidson MM, Collemare J, Cramer R, Frenkel O, Godfrey D, Harriman J, Hoede C, King BC, Klages S, Kleemann J, Knoll D, Koti PS, Kreplak J, López-Ruiz FJ, Lu X, Maekawa T, Mahanil S, Micali C, Milgroom MG, Montana G, Noir S, O'Connell RJ, Oberhaensli S, Parlange F, Pedersen C, Quesneville H, Reinhardt R, Rott M, Sacristán S, Schmidt SM, Schön M, Skamnioti P, Sommer H, Stephens A, Takahara H, Thordal-Christensen H, Vigouroux M, Wessling R, Wicker T, Panstruga R.
Science. 2010 Dec 10;330(6010):1543-6. PubMed PMID: 21148392.

真菌（担子菌類）Sporisorium reilianum
Pathogenicity determinants in smut fungi revealed by
genome comparison.
Schirawski J, Mannhaupt G, Münch K, Brefort T, Schipper K, Doehlemann G, Di Stasio M, Rössel N, Mendoza-Mendoza A, Pester D, Müller O, Winterberg B, Meyer E, Ghareeb H, Wollenberg T, Münsterkötter M, Wong P, Walter M, Stukenbrock E, Güldener U, Kahmann R.
Science. 2010 Dec 10;330(6010):1546-8. PubMed PMID: 21148393.

卵菌Hyaloperonospora arabidopsidis
Signatures of adaptation to obligate biotrophy in the Hyaloperonospora arabidopsidis genome.
Baxter L, Tripathy S, Ishaque N, Boot N, Cabral A, Kemen E, Thines M, Ah-Fong A, Anderson R, Badejoko W, Bittner-Eddy P, Boore JL, Chibucos MC, Coates M, Dehal P, Delehaunty K, Dong S, Downton P, Dumas B, Fabro G, Fronick C, Fuerstenberg SI, Fulton L, Gaulin E, Govers F, Hughes L, Humphray S, Jiang RH, Judelson H, Kamoun S, Kyung K, Meijer H, Minx P, Morris P, Nelson J, Phuntumart V, Qutob D, Rehmany A, Rougon-Cardoso A, Ryden P, Torto-Alalibo T, Studholme D, Wang Y, Win J, Wood J, Clifton SW, Rogers J, Van den Ackerveken G, Jones JD, McDowell JM, Beynon J, Tyler BM.
Science. 2010 Dec 10;330(6010):1549-51. PubMed PMID:21148394.

上原海外留学助成金リサーチフェローシップ

落選通知が来た｡研究が医学系ではないので期待しすぎてはいなかったつもりだがやはりへこむ｡orz
もっと誰もが重要性を認めるような研究をすべきだと痛感。重箱の隅をつつく研究はオリジナルな研究ではない｡自戒の意味を込めてあえてブログで公開。

トナカイ

Stanford Shopping Centerでトナカイ（Rangifer tarandus）を発見(^^)！