ナミハダニのゲノム

ナミハダニ（Tetranychus urticae）のゲノムが解読されました。節足動物の4大グループ（鋏角類、多足類、甲殻類、昆虫類）の内､鋏角類では初めての報告です。

鋏角類といえば、以前やっていたテロメア反復配列の研究で､昆虫型のTTAGGでも動物普遍型のTTAGGGでも線虫型のTTACGGでもないことが示唆されており、どのような構造をしているのか気になっていました。この論文では、TTAGGタイプのテロメアを持っていると書かれています。しかもTTAGGタイプのテロメア反復配列の間にTRASに似たnon-LTR retrotransposonが挿入されているそうです。カイコとその近縁種で見つかったTRASはテロメア反復配列と同じ向き、つまり(TTAGG)nの向きに挿入され、別のグループSARTは逆向き、(CCTAA)nに挿入されています。ナミハダニのTRASはカイコのTRASと同じ向きに挿入されています。TRASは系統解析から元々起源が古いことが予測されていたので順当な結果ではあります。

The genome of Tetranychus urticae reveals herbivorous pest adaptations
Grbić M, Van Leeuwen T, Clark RM, Rombauts S, Rouzé P, Grbić V, Osborne EJ, Dermauw W, Thi Ngoc PC, Ortego F, Hernández-Crespo P, Diaz I, Martinez M, Navajas M, Sucena E, Magalhães S, Nagy L, Pace RM, Djuranović S, Smagghe G, Iga M, Christiaens O, Veenstra JA, Ewer J, Villalobos RM, Hutter JL, Hudson SD, Velez M, Yi SV, Zeng J, Pires-Dasilva A, Roch F, Cazaux M, Navarro M, Zhurov V, Acevedo G, Bjelica A, Fawcett JA, Bonnet E, Martens C, Baele G, Wissler L, Sanchez-Rodriguez A, Tirry L, Blais C, Demeestere K, Henz SR, Gregory TR, Mathieu J, Verdon L, Farinelli L, Schmutz J, Lindquist E, Feyereisen R, Van de Peer Y.
Nature. 2011 Nov 23;479(7374):487-92. doi: 10.1038/nature10640.

父親の年齢が子供の突然変異に及ぼす影響

Rate of de novo mutations and the importance of father’s age to disease risk
Kong A, Frigge ML, Masson G, Besenbacher S, Sulem P, Magnusson G, Gudjonsson SA, Sigurdsson A, Jonasdottir A, Jonasdottir A, Wong WS, Sigurdsson G, Walters GB, Steinberg S, Helgason H, Thorleifsson G, Gudbjartsson DF, Helgason A, Magnusson OT, Thorsteinsdottir U, Stefansson K.
Nature. 2012 Aug 23;488(7412):471-5. doi: 10.1038/nature11396.
PMID: 22914163 [PubMed - in process]

アイスランドの78組の親子のゲノムを解析したところ、受精時の父親の年齢が１歳上がるごとに新規の塩基置換が２つ増えることが示された。

脊椎動物では卵の形成に比べて精子の形成の方が遥かに多くの細胞分裂を経ます。このため、より多くの突然変異が父親からもたらされることが予測されます。これが雄駆動進化説です。上記の結果は当然といえば当然のものですが、母親側の出産年齢だけが大きく問題とされている現状に一石を投じるものでしょう。

三日熱マラリア原虫の多様性

既に数種のマラリア原虫のゲノムが読まれていますが、今回更に１種４系統の配列が報告されました。今回読まれたのは、三日熱マラリア原虫Plasmodium vivax。マラリアは現在５種に分類されるマラリア原虫、すなわち、熱帯熱マラリア原虫（P. falciparum）、三日熱マラリア原虫（P. vivax）、四日熱マラリア原虫（P. malariae）、卵形マラリア原虫（P. ovale）、サルマラリア原虫（P. knowlesi）、によって引き起こされる感染症です。

The malaria parasite Plasmodium vivax exhibits greater genetic diversity than Plasmodium falciparum
Neafsey DE, Galinsky K, Jiang RH, Young L, Sykes SM, Saif S, Gujja S, Goldberg JM, Young S, Zeng Q, Chapman SB, Dash AP, Anvikar AR, Sutton PL, Birren BW, Escalante AA, Barnwell JW, Carlton JM.
Nat Genet. 2012 Aug 5. doi: 10.1038/ng.2373. [Epub ahead of print]
PMID: 22863733 [PubMed - as supplied by publisher]

著者らは４系統のPlasmodium vivaxのゲノム配列を読んだ。SNPでの多様性で見ると、Plasmodium vivaxの多様性はPlasmodium falciparumの２倍程度にもなった。

Repbase Reports Volume 12, Issue 8

Repbase Reportsの今年第8号が出版されました。今号では､ショウジョウバエ５種（Drosophila simulans、Drosophila rhopaloa、Drosophila takahashii、Drosophila persimilis、Drosophila sechellia）、カイコBombyx mori、擬態の研究材料にされている蝶の一種Heliconius melpomene、霊芝Ganoderma lucidum、ギンザメの一種Callorhinchus milii、Arabidopsisに近縁な耐塩性植物Eutrema parvulumの転移因子を報告しています｡

Repbase Reports Volume 12, Issue 8

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され､配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

2012年第11回BAS年次合同セミナー

過去２回参加しているＢＡＳ年次合同セミナーの案内を見つけたのでリンク。

2012年第11回ＢＡＳ年次合同セミナーの開催と演題募集のお知らせ

会期：１０月６日（土曜日）
研究発表：　午後１時から
懇親会：　 午後５時頃から(懇親会のみの参加も可）
場所：UCSF-Mission Bay Campus Genentech Hall Auditorium
参加費：１人１０ドル（当日集めます。懇親会費を含みます） 発表者と学生は無料