Gamble Gardenの桜

パロアルトのElizabeth Gamble Gardenの桜です。去年は4月2日に見に行って満開でした。今年もほとんど変わらない時期に満開になりました。2012/04/04撮影｡

冬虫夏草のゲノム

冬虫夏草の仲間Cordyceps militarisのゲノムが解読されました。グループとしては子嚢菌です。

Genome sequence of the insect pathogenic fungus Cordyceps militaris, a valued traditional Chinese medicine.
Zheng P, Xia Y, Xiao G, Xiong C, Hu X, Zhang S, Zheng H, Huang Y, Zhou Y, Wang S, Zhao GP, Liu X, St Leger RJ, Wang C.
Genome Biol. 2011 Nov 23;12(11):R116. [Epub ahead of print]

菌類で見つかったテロメア特異的non-LTR retrotransposon

特定の反復配列だけに挿入される転移因子は主にnon-LTR retrotransposonで見つかっています。中でもリボソームRNA遺伝子に挿入されるものは多数知られています。また、マイクロサテライトに挿入されるものも、マイクロサテライトの種類は様々ですが多数見つかって来ています。一方、不思議な事にテロメア反復配列に挿入されるものとしては、これまでTRASとSARTの２グループが昆虫から見つかっているだけでした。ようやく今回、別のテロメア反復配列特異的non-LTR retrotransposonが菌類で報告されました。

Telomere-targeted Retrotransposons in the Rice Blast Fungus Magnaporthe oryzae: Agents of Telomere Instability.
Starnes JH, Thornbury DW, Novikova OS, Rehmeyer CJ, Farman ML.
Genetics. 2012 Mar 23. [Epub ahead of print]
PMID: 22446319 [PubMed - as supplied by publisher]

イネいもち病菌Magnaporthe oryzaeで見つかり、MoTeRと名付けられたこのnon-LTR retrotransposonは系統的にはスプライスリーダー配列に挿入されるCRE/SLACS/CZARと近縁で、制限酵素様のエンドヌクレアーゼをコードしています。これはTRASとSARTがapurinic-like endonucleaseを持っているのと異なり、全く異なる起源であることを示しています。またCnl1を含む、より近縁な菌類のnon-LTR retrotransposonは詳細に調べるとテロメア反復配列由来の配列を両側に持っている事がわかり、これらを含めたグループがテロメア反復配列への標的特異性を持っている事が示されました。

テロメア反復配列は数が多い一方で、遺伝子ではないので挿入しても問題が起こらないという、まさに理想的な標的だと思うのですが、これまでTRASとSARTしか見つかっていないのが長らく謎でした。この研究によりようやく別のグループでもテロメアを標的とするnon-LTR retrotransposonが進化して来た事がわかりました。

Repbase Reports Volume 12, Issue 3

Repbase Reportsの今年第3号が出版されました。今号では､先月に引き続いて、大豆（Glycine max）の配列、それから２種のショウジョウバエ (Drosophila ananassae, Drosophila erecta)の転移因子、ウサギ（Oryctolagus cuniculus）の反復配列を１つ報告しています｡

Repbase Reports Volume 12, Issue 3

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され､配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

シーラカンスのHarbinger

タイトルは面白いが．．．

A living fossil in the genome of a living fossil: Harbinger transposons in the coelacanth genome
Smith JJ, Sumiyama K, Amemiya CT.
Mol Biol Evol. 2012 Mar;29(3):985-93. Epub 2011 Oct 31.
PMID: 22045999 [PubMed - in process]

シーラカンスのゲノム中からHarbingerを見つけ、その転写とエンハンサー活性を調べた論文。これまで知られていたharbi1とnaif1に加えて、tsnare1もHarbinger由来の遺伝子らしい。