N(6)-methyladenine DNA modification in Drosophila.

PubMed
Cell

Histone H3.3 is required for endogenous retroviral element silencing in embryonic stem cells.

おもしろそうな論文のメモ。
PubMed
Nature

周辺配列により変化するModA11メチル化酵素のメチル化効率

研究室の論文紹介より。

Specificity of the ModA11, ModA12 and ModD1 epigenetic regulator N6-adenine DNA methyltransferases of Neisseria meningitidis.
Seib KL, Jen FE, Tan A, Scott AL, Kumar R, Power PM, Chen LT, Wu HJ, Wang AH, Hill DM, Luyten YA, Morgan RD, Roberts RJ, Maiden MC, Boitano M, Clark TA, Korlach J, Rao DN, Jennings MP.
Nucleic Acids Res. 2015 Apr 30;43(8):4150-62. doi: 10.1093/nar/gkv219. Epub 2015 Apr 6. PubMed PMID:25845594.

病原細菌の遺伝子の中には、タンパク質のN末領域に相当する位置に短い反復配列があり、増殖中にたびたびフレームシフトが起こるものがある。これをphasevarionと呼ぶ。髄膜炎菌Neisseria meningitidisの2座位(modA, modD)のメチル化酵素遺伝子には、phasevarionがある。また、同じ座位でありながら、modAでは、2種類の異なるメチル化酵素(ModA11, ModA12)がコードされている。PacBio sequencingによりそれぞれのメチル化酵素の標的配列が、CGYmAG(ModA11), ACmACC(ModA12), CCmAGC(ModD1)であることがわかった。ModA11によるメチル化の効率は周辺配列によって影響を受ける。傾向として上流にA,下流にTがあるとメチル化効率が良い。
研究当初はphasevarionによる影響を期待して始められたようだが、論文では、周辺配列によりModA11によるメチル化の効率が影響を受ける点が強調されている。

連鎖球菌がピロリ菌の増殖を抑制する？

研究室の論文紹介より。

ピロリ菌は胃がんの原因となることが知られている細菌である。胃は酸性が強く他の細菌は生息していないと考えられてきたが、口腔細菌のStreptococcus mitisや乳酸菌Lactobacillus fermentumが生息していることがわかってきた。著者らはStreptococcus mitisとの共培養（直接接触はしないが膜を介して小分子は移動する環境）によりピロリ菌が螺旋状から球菌状に変化し、増殖できなくなることを明らかにした。が、培養は弱酸性条件。条件や解析にいろいろと難があり信頼性は低いか。

Streptococcus mitis Induces Conversion of Helicobacter pylori to Coccoid Cells during Co-Culture In Vitro
Khosravi Y, Dieye Y, Loke MF, Goh KL, Vadivelu J.
PLoS One. 2014 Nov 11;9(11):e112214. doi: 10.1371/journal.pone.0112214.

原核生物の新規免疫システムBREX

研究室の論文紹介で紹介した論文のまとめ。

BREX is a novel phage resistance system widespread in microbial genomes.
Goldfarb T, Sberro H, Weinstock E, Cohen O, Doron S, Charpak-Amikam Y, Afik S, Ofir G, Sorek R.
EMBO J. 2015 Jan 13;34(2):169-83. doi: 10.15252/embj.201489455. Epub 2014 Dec 1.
PMID: 25452498 [PubMed - indexed for MEDLINE]

知られていたPglシステムに似た遺伝子クラスターを発見し、BREX(bacteriophage exclusion) systemと命名した。解析したBREX systemはATPase, alkaline phosphatase, Lon-like protease, DNA methyltransferaseとRNA結合タンパク質をコードする。炭疽菌(Bacillus cereus H3081.97)の系を枯草菌(Bacillus subtilis BEST7003)に導入し、各種のファージに対する耐性を調べたところ、以下のような結果が得られた。
・多くのファージには１０の５乗程度の抑制効果が見られた。
・一部のファージには効果がない。
・プラスミドに対しても弱いながらも抑制効果（１０倍程度）がある。
・ファージの侵入は妨げない
・ファージの侵入した細胞を自殺させる(abortive infection)システムではない。
・BREXが効く場合には、ファージの複製増殖は起こらない。
・ファージDNAの切断は起こらない。
・BREXは宿主ゲノムを特定の配列（この場合はTAGGAG）でメチル化するが、ファージゲノムはメチル化しない。

さらにバイオインフォマティクスの結果からは、
・調べられた原核生物の内１０％程度に存在する。（種単位であって株単位ではない）
・遺伝子組成により６グループに分けられる。
・ある種のグループは特定の生物群にしか見られない。

面白いのは遺伝子組成で、
・Lon proteaseはtype 2, 3, 5, 6には存在しない。type 2, 3, 5, 6では代わりにhelicaseがある。
・DNA methyltransferaseはtype 4には存在しないが、type 4には代わりにphosphoadenylyl-sulfate(PAPS) reductaseがある。PAPS reductaseはDNAのバックボーンを修飾するdnd systemの構成遺伝子にも見られる。
などの多様性が見られる。多様性はCRISPR-Cas systemほどではないが、作用機序との相関は興味深い。

おそらくは宿主のゲノムDNAを修飾し、外来の非修飾のDNAを認識して攻撃するのだろうが、制限修飾系とは異なり、DNAの切断は起こらず、もっと後のプロセスが阻害されるらしい。

プロリン過剰環境での酸化耐性向上

研究室の論文紹介から。

Proline Metabolism Increases katG Expression and Oxidative Stress Resistance in Escherichia coli.
Zhang L, Alfano JR, Becker DF.
J Bacteriol. 2015 Feb 1;197(3):431-40. doi: 10.1128/JB.02282-14. Epub 2014 Nov 10.
PMID: 25384482 [PubMed - in process]

グラム陰性細菌においてプロリンからグルタミン酸への酸化変換はPutAにより触媒される。PutA変異株では酸化ストレスへの耐性が低下する。プロリンとPutA遺伝子がある場合には、過酸化水素の分解能が向上する。これはhydroperoxidase IをコードするkatG遺伝子の転写上昇を通して起こる。プロリン酸化分解は過酸化水素を生成するのでこの機能は適応として理解できる。

Rich Roberts講演会

真核生物の分断構造を持つ遺伝子の発見（エクソンイントロン構造の発見）により1993年にノーベル医学生理学賞を受賞したRichard John Robertsが東京大学医科学研究所で講演をします。
「Bacterial Methylomes」
2 March 2015
11:00–12:30
Auditorium at The Institute of Medical Science, The University of Tokyo

Repbase Reports 14(3)

今年のRepbase Reports第3号が出版されました。この号では､ハキリアリ2種（Acromyrmex echinatior, Atta cephalotes、アカシュウカクアリPogonomyrmex barbatus）の転移因子を報告しています｡また、テロメア反復配列に特異的に挿入されるレトロトランスポゾンのTRASとSARTをいくつかの節足動物から報告しています。
Repbase Reports Volume 14, Issue 3

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され､配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

Repbase Reports 14(2)

今年のRepbase Reports第2号が出版されました。この号では､アリ２種（アルゼンチンアリLinepithema humile、ヒアリSolenopsis invicta）の転移因子を報告しています｡
Repbase Reports Volume 14, Issue 2

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され､配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

Repbase Reports 14(1)

今年のRepbase Reports第1号が出版されました。この号では､紅藻ヤハズツノマタChondrus crispusの転移因子を報告しています｡
Repbase Reports Volume 14, Issue 1

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され､配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

紅藻ゲノム論文

The First Symbiont-Free Genome Sequence of Marine Red Alga, Susabi-nori (Pyropia yezoensis).
Nakamura Y, Sasaki N, Kobayashi M, Ojima N, Yasuike M, Shigenobu Y, Satomi M, Fukuma Y, Shiwaku K, Tsujimoto A, Kobayashi T, Nakayama I, Ito F, Nakajima K, Sano M, Wada T, Kuhara S, Inouye K, Gojobori T, Ikeo K.
PLoS One. 2013;8(3):e57122. doi: 10.1371/journal.pone.0057122. Epub 2013 Mar 11.
PMID: 23536760 [PubMed - in process] Free PMC Article
海苔のゲノム報告論文。この海苔は紅藻類。転移因子の報告はなし。

Genome structure and metabolic features in the red seaweed Chondrus crispus shed light on evolution of the Archaeplastida.
Collén J, Porcel B, Carré W, Ball SG, Chaparro C, Tonon T, Barbeyron T, Michel G, Noel B, Valentin K, Elias M, Artiguenave F, Arun A, Aury JM, Barbosa-Neto JF, Bothwell JH, Bouget FY, Brillet L, Cabello-Hurtado F, Capella-Gutiérrez S, Charrier B, Cladière L, Cock JM, Coelho SM, Colleoni C, Czjzek M, Da Silva C, Delage L, Denoeud F, Deschamps P, Dittami SM, Gabaldón T, Gachon CM, Groisillier A, Hervé C, Jabbari K, Katinka M, Kloareg B, Kowalczyk N, Labadie K, Leblanc C, Lopez PJ, McLachlan DH, Meslet-Cladiere L, Moustafa A, Nehr Z, Nyvall Collén P, Panaud O, Partensky F, Poulain J, Rensing SA, Rousvoal S, Samson G, Symeonidi A, Weissenbach J, Zambounis A, Wincker P, Boyen C.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2013 Mar 26;110(13):5247-52. doi: 10.1073/pnas.1221259110. Epub 2013 Mar 15.
PMID: 23503846 [PubMed - indexed for MEDLINE] Free PMC Article
同じく紅藻のヤハズツノマタのゲノム報告論文。この種は大量の転移因子を含んでいる。その一部は既にRepbase Reportsで報告済み。

Genome of the red alga Porphyridium purpureum
Bhattacharya D, Price DC, Xin Chan C, Qiu H, Rose N, Ball S, Weber AP, Cecilia Arias M, Henrissat B, Coutinho PM, Krishnan A, Zäuner S, Morath S, Hilliou F, Egizi A, Perrineau MM, Yoon HS.
Nat Commun. 2013 Jun 17;4:1941. doi: 10.1038/ncomms2931.
PMID: 23770768 [PubMed - in process]
同じく紅藻のPorphyridium purpureumのゲノム報告論文。

ゲノム報告論文（その他）

Pan genome of the phytoplankton Emiliania underpins its global distribution
Read BA, Kegel J, Klute MJ, Kuo A, Lefebvre SC, Maumus F, Mayer C, Miller J, Monier A, Salamov A, Young J, Aguilar M, Claverie JM, Frickenhaus S, Gonzalez K, Herman EK, Lin YC, Napier J, Ogata H, Sarno AF, Shmutz J, Schroeder D, de Vargas C, Verret F, von Dassow P, Valentin K, Van de Peer Y, Wheeler G; Emiliania huxleyi Annotation Consortium, Dacks JB, Delwiche CF, Dyhrman ST, Glöckner G, John U, Richards T, Worden AZ, Zhang X, Grigoriev IV.
Nature. 2013 Jul 11;499(7457):209-13. doi: 10.1038/nature12221. Epub 2013 Jun 12.
PMID: 23760476 [PubMed - indexed for MEDLINE]
円石藻Emiliania huxleyiのゲノム報告論文。

Draft Assembly of the Symbiodinium minutum Nuclear Genome Reveals Dinoflagellate Gene Structure.
Shoguchi E, Shinzato C, Kawashima T, Gyoja F, Mungpakdee S, Koyanagi R, Takeuchi T, Hisata K, Tanaka M, Fujiwara M, Hamada M, Seidi A, Fujie M, Usami T, Goto H, Yamasaki S, Arakaki N, Suzuki Y, Sugano S, Toyoda A, Kuroki Y, Fujiyama A, Medina M, Coffroth MA, Bhattacharya D, Satoh N.
Curr Biol. 2013 Jul 9. doi:pii: S0960-9822(13)00687-8. 10.1016/j.cub.2013.05.062. [Epub ahead of print]
PMID: 23850284 [PubMed - as supplied by publisher]
渦虫藻Symbiodinium minutumのゲノム報告論文。遺伝子が全て同じ方向を向いているというのは面白い。

Genomic evidence for ameiotic evolution in the bdelloid rotifer Adineta vaga
Flot JF, Hespeels B, Li X, Noel B, Arkhipova I, Danchin EG, Hejnol A, Henrissat B, Koszul R, Aury JM, Barbe V, Barthélémy RM, Bast J, Bazykin GA, Chabrol O, Couloux A, Da Rocha M, Da Silva C, Gladyshev E, Gouret P, Hallatschek O, Hecox-Lea B, Labadie K, Lejeune B, Piskurek O, Poulain J, Rodriguez F, Ryan JF, Vakhrusheva OA, Wajnberg E, Wirth B, Yushenova I, Kellis M, Kondrashov AS, Mark Welch DB, Pontarotti P, Weissenbach J, Wincker P, Jaillon O, Van Doninck K.
Nature. 2013 Aug 22;500(7463):453-7. doi: 10.1038/nature12326. Epub 2013 Jul 21.
PMID: 23873043 [PubMed - indexed for MEDLINE]
ヒルガタワムシのゲノム報告論文。無性生殖をする動物として転移因子の挙動が気になります。Arkhipovaのラボが転移因子同定に関わっているので多分しっかり解析されているはず。

The Genome of Anopheles darlingi, the main neotropical malaria vector
Marinotti O, Cerqueira GC, de Almeida LG, Ferro MI, Loreto EL, Zaha A, Teixeira SM, Wespiser AR, Almeida E Silva A, Schlindwein AD, Pacheco AC, Silva AL, Graveley BR, Walenz BP, Lima Bde A, Ribeiro CA, Nunes-Silva CG, de Carvalho CR, Soares CM, de Menezes CB, Matiolli C, Caffrey D, Araújo DA, de Oliveira DM, Golenbock D, Grisard EC, Fantinatti-Garboggini F, de Carvalho FM, Barcellos FG, Prosdocimi F, May G, Azevedo Junior GM, Guimarães GM, Goldman GH, Padilha IQ, Batista Jda S, Ferro JA, Ribeiro JM, Fietto JL, Dabbas KM, Cerdeira L, Agnez-Lima LF, Brocchi M, de Carvalho MO, Teixeira Mde M, Diniz Maia Mde M, Goldman MH, Cruz Schneider MP, Felipe MS, Hungria M, Nicolás MF, Pereira M, Montes MA, Cantão ME, Vincentz M, Rafael MS, Silverman N, Stoco PH, Souza RC, Vicentini R, Gazzinelli RT, Neves Rde O, Silva R, Astolfi-Filho S, Maciel TE, Urményi TP, Tadei WP, Camargo EP, de Vasconcelos AT.
Nucleic Acids Res. 2013 Aug;41(15):7387-400. doi: 10.1093/nar/gkt484. Epub 2013 Jun 12.
PMID: 23761445 [PubMed - indexed for MEDLINE] Free PMC Article
マラリアベクターのAnopheles darlingiのゲノム報告論文。Anopheles gambiaeとは１億年ほど前に分岐した蚊で、新大陸に適応したグループだそうです。反復配列の量はAnopheles gambiaeに比べるとずいぶんと少ない。

The locust genome provides insight into swarm formation and long-distance flight
Wang X, Fang X, Yang P, Jiang X, Jiang F, Zhao D, Li B, Cui F, Wei J, Ma C, Wang Y, He J, Luo Y, Wang Z, Guo X, Guo W, Wang X, Zhang Y, Yang M, Hao S, Chen B, Ma Z, Yu D, Xiong Z, Zhu Y, Fan D, Han L, Wang B, Chen Y, Wang J, Yang L, Zhao W, Feng Y, Chen G, Lian J, Li Q, Huang Z, Yao X, Lv N, Zhang G, Li Y, Wang J, Wang J, Zhu B, Kang L.
Nat Commun. 2014 Jan 14;5:2957. doi: 10.1038/ncomms3957.
PMID: 24423660 [PubMed - in process]
トノサマバッタLocusta migratoriaのゲノム報告論文。6.5GBのゲノムはこれまで読まれた動物ゲノムで最大。この大きさは転移因子の増殖による。

緑色植物ゲノム論文

The high-quality draft genome of peach (Prunus persica) identifies unique patterns of genetic diversity, domestication and genome evolution
The International Peach Genome Initiative, Verde I, Abbott AG, Scalabrin S, Jung S, Shu S, Marroni F, Zhebentyayeva T, Dettori MT, Grimwood J, Cattonaro F, Zuccolo A, Rossini L, Jenkins J, Vendramin E, Meisel LA, Decroocq V, Sosinski B, Prochnik S, Mitros T, Policriti A, Cipriani G, Dondini L, Ficklin S, Goodstein DM, Xuan P, Fabbro CD, Aramini V, Copetti D, Gonzalez S, Horner DS, Falchi R, Lucas S, Mica E, Maldonado J, Lazzari B, Bielenberg D, Pirona R, Miculan M, Barakat A, Testolin R, Stella A, Tartarini S, Tonutti P, Arús P, Orellana A, Wells C, Main D, Vizzotto G, Silva H, Salamini F, Schmutz J, Morgante M, Rokhsar DS.
Nat Genet. 2013 May;45(5):487-94. doi: 10.1038/ng.2586. Epub 2013 Mar 24.
PMID: 23525075 [PubMed - indexed for MEDLINE]
桃のゲノム報告論文｡

The Norway spruce genome sequence and conifer genome evolution
Nystedt B, Street NR, Wetterbom A, Zuccolo A, Lin YC, Scofield DG, Vezzi F, Delhomme N, Giacomello S, Alexeyenko A, Vicedomini R, Sahlin K, Sherwood E, Elfstrand M, Gramzow L, Holmberg K, Hällman J, Keech O, Klasson L, Koriabine M, Kucukoglu M, Käller M, Luthman J, Lysholm F, Niittylä T, Olson A, Rilakovic N, Ritland C, Rosselló JA, Sena J, Svensson T, Talavera-López C, Theißen G, Tuominen H, Vanneste K, Wu ZQ, Zhang B, Zerbe P, Arvestad L, Bhalerao R, Bohlmann J, Bousquet J, Garcia Gil R, Hvidsten TR, de Jong P, MacKay J, Morgante M, Ritland K, Sundberg B, Thompson SL, Van de Peer Y, Andersson B, Nilsson O, Ingvarsson PK, Lundeberg J, Jansson S.
Nature. 2013 May 30;497(7451):579-84. doi: 10.1038/nature12211. Epub 2013 May 22.
PMID: 23698360 [PubMed - indexed for MEDLINE]
針葉樹オウシュウトウヒのゲノム報告論文。20GBという巨大なゲノムは最近のゲノム重複によってではなく、LTRレトロトランスポゾンを主とする転移因子の蓄積による。

Architecture and evolution of a minute plant genome
Ibarra-Laclette E, Lyons E, Hernández-Guzmán G, Pérez-Torres CA, Carretero-Paulet L, Chang TH, Lan T, Welch AJ, Juárez MJ, Simpson J, Fernández-Cortés A, Arteaga-Vázquez M, Góngora-Castillo E, Acevedo-Hernández G, Schuster SC, Himmelbauer H, Minoche AE, Xu S, Lynch M, Oropeza-Aburto A, Cervantes-Pérez SA, de Jesús Ortega-Estrada M, Cervantes-Luevano JI, Michael TP, Mockler T, Bryant D, Herrera-Estrella A, Albert VA, Herrera-Estrella L.
Nature. 2013 Jun 6;498(7452):94-8. doi: 10.1038/nature12132. Epub 2013 May 12.
PMID: 23665961 [PubMed - indexed for MEDLINE]
たった82MBの極小ゲノムを持つ被子植物タヌキモのゲノム報告論文。レトロトランスポゾンはほとんどないらしい。

上記の２論文はちょうど良い対比ですね。

Genome sequence of the date palm Phoenix dactylifera L
Al-Mssallem IS, Hu S, Zhang X, Lin Q, Liu W, Tan J, Yu X, Liu J, Pan L, Zhang T, Yin Y, Xin C, Wu H, Zhang G, Ba Abdullah MM, Huang D, Fang Y, Alnakhli YO, Jia S, Yin A, Alhuzimi EM, Alsaihati BA, Al-Owayyed SA, Zhao D, Zhang S, Al-Otaibi NA, Sun G, Majrashi MA, Li F, Tala, Wang J, Yun Q, Alnassar NA, Wang L, Yang M, Al-Jelaify RF, Liu K, Gao S, Chen K, Alkhaldi SR, Liu G, Zhang M, Guo H, Yu J.
Nat Commun. 2013;4:2274. doi: 10.1038/ncomms3274.
PMID: 23917264 [PubMed - in process] Free PMC Article
ナツメヤシのゲノム報告論文｡2011年にAl-Dous EKらが報告していますが、それが全体で382Mbだったのに対して，今回のものは、508MBでより完全になっています。
CopiaがGypsyよりも多いのがヤシの特徴だと書いてあるが、強調するようなものなのか？

Oil palm genome sequence reveals divergence of interfertile species in Old and New worlds
Singh R, Ong-Abdullah M, Low ET, Manaf MA, Rosli R, Nookiah R, Ooi LC, Ooi SE, Chan KL, Halim MA, Azizi N, Nagappan J, Bacher B, Lakey N, Smith SW, He D, Hogan M, Budiman MA, Lee EK, DeSalle R, Kudrna D, Goicoechea JL, Wing RA, Wilson RK, Fulton RS, Ordway JM, Martienssen RA, Sambanthamurthi R.
Nature. 2013 Aug 15;500(7462):335-9. doi: 10.1038/nature12309. Epub 2013 Jul 24.
PMID: 23883927 [PubMed - indexed for MEDLINE]
アブラヤシElaeis guineensisのゲノム報告論文｡反復配列の解析はただ既知の配列に対してBLASTしただけで、何もされていない不完全なものです。この種特有の反復配列の解析がまったくされていません。

Repbase Reports 13(12)

今年のRepbase Reports第12号が出版されました。この号では､シーラカンスLatimeria chalumnaeの転移因子を報告しています｡
Repbase Reports Volume 13, Issue 12

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され､配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

Repbase Reports 13(11)

今年のRepbase Reports第11号が出版されました。この号でも引き続き､紅藻のヤハズツノマタChondrus crispusの転移因子を報告しています｡
Repbase Reports Volume 13, Issue 11

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され､配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

Repbase Reports 13(10)

今年のRepbase Reports第10号が出版されました。この号では､紅藻のヤハズツノマタChondrus crispusの転移因子を報告しています｡
Repbase Reports Volume 13, Issue 10

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され､配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

Repbase Reports 13(9)

今年のRepbase Reports第9号が出版されました。この号では､ニシキガメChrysemys picta、ヨウスコウアリゲーターAlligator sinensis、オウシュウトウヒPicea abiesの転移因子を報告しています｡
Repbase Reports Volume 13, Issue 9

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され､配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

Repbase Reports 13(8)

今年のRepbase Reports第8号が出版されました。この号でも､ニシキガメChrysemys pictaの転移因子を報告しています｡
Repbase Reports Volume 13, Issue 8

Repbase ReportsはGIRIが発行している、真核生物の反復配列を報告するオンラインの科学雑誌です。配列、分類と簡単な特徴の報告だけですが、反復配列の一次情報源として論文でも引用されています。Repbase Reportsに掲載された配列は、反復配列データベースであるRepbase Updateに収録され､配布されます。学術研究者はユーザー登録することでどちらも無料で閲覧できます。

Keystone Symposia 2014

Flyerが来ていたので紹介。
Keystone Symposia 2014 "Mobile Genetic Elements and Genome Evolution" が2014年3月9日から14日までNew Mexico州Santa Feで開催されます。

Keystone Symposia 2014 "Mobile Genetic Elements and Genome Evolution"

生物系フリーソフトウェアインストール

私用で使っているMacBook Airが故障し、OSを再インストールした後、アプリケーションを再インストールしました。ちなみにOSはMacOSX 10.7.5 (Lion)。

以下は備忘録代わりのフリーソフトのリスト。

FigTree v.1.4.0
系統樹のビューワー。加工しやすいので重宝している。今回落としたのは、MacOSX executable version。

Mendeley Desktop v.1.9.2
文献管理ソフト。Web上に保存しておけるのは無料版では2GBまでなので以下のToGoDoc Clientと併用している。やがてはEndNoteを代替できるのか期待しているが…

ToGoDocClient v.1.2.5
同じく文献管理ソフト。iPapersが壊れたときに昔のファイルを移行したのでMendeleyと並行して使っている。

Skype v.6.8.0
ウェブ電話ソフト。電話会議やビデオ会議で必要。

DropBox v.2.0.26
クラウド。複数のコンピュータで仕事のファイルを見るために使用。

mi v.2.1.12r3
エディタ。改行なしの表示のためには、TextEditでは代用できないので。改行コード変換にも利用。


Evernote v.5.2.1（App Storeよりダウンロード＆インストール）
なんでも記録ソフト。たまに生物系の論文のニュースなどをクリップする。